マイクロタイタープレート形式の経時データマイクロタイタープレートリーダーを使用して記録される時間経過データを構築するためのグラフビルダーを手伝ってくれる人はいますか?
マイクロプレートマップに関する投稿を読みました。これは 2 次元データの場合です。 時間データを使用して、マップの役割データをどのように定義できるでしょうか? ありがとう
Re: マイクロタイター プレート形式の経時データラップ機能を使って作ってみました！Re: マイクロタイター プレート形式の経時データデモンストレーションをしていただきありがとうございました！ もうすぐそこです。 スタック列は実際にはキーです。
ローカル データ フィルターを使用すると、特定の列を選択して表示できますが、個別に表示することはできません。
新しいユーザーとして、あなたとマークの助けに本当に感謝しています。
Re: マイクロタイター プレート形式の経時データデータは積み重ねられています。最初の「n」行は最初のバイオリアクター容器の時間経過データに対応し、次の「n」は次のバイオリアクター容器などに対応します。Var は y 軸にあり、年齢またはタイムスタンプは x 軸にあります。 -axis、bireactor はラッピング変数および/またはデータ フィルター変数です。
データテーブルを見ると、この形状にするには、まずデータを転置し、次に列を積み重ねる必要があります。
Re: マイクロタイター プレート形式の経時データデータテーブルが転置されたようです。 場所、時間、応答の 3 つの列が必要です。 したがって、例から最初の行を削除し、列の名前を次のように変更できます。位置、 562 、 1162 、 等々。 つまり、最後から 2 番目の列の名前は時間値です。 次に、すべての列を積み上げますを除外する最初の1つ （位置）。 新しいデータ列に名前を付けます応答そして新しいラベル列時間。 データ タイプを数値に変更し、モデリング タイプを連続に変更します。時間。 これらの変更により、この演習に適切なレイアウトが提供されるはずです。
Re: マイクロタイター プレート形式の経時データこんにちは、デイブ
データテーブルを見せていただいてもよろしいでしょうか？ ローカル データ フィルターを使用する場合、どの列を使用してフィルターを実行しますか?
さまざまなカラムをグループ化し、バイオリアクターとして定義するにはどうすればよいでしょうか? 列情報にリアクター名を入れます。 したがって、各列はこのリアクターのデータです。 各時点のデータは、一連のリアクターの行になります。 要約すると、時系列の列があり、すべてのリアクターが列を成しています。 フィルターとして選択する列がありません。 この時点で行き詰まっています。 ありがとう
Re: マイクロタイター プレート形式の経時データ患者様にご回答いただきまして誠にありがとうございます。 グラフビルドを使用してあなたの説明でそれを行う方法を理論的に理解しました。
テーブルにデータをどのように入力するかという点でまだ引っかかっていると思います。 私のデータ形式には、hh:mm:ss による時系列の 1 次元と井戸の位置 (A1、B2 など) の 1 次元があるためです。 列に井戸IDを入れると時間データが並びます。 正確な時間情報は別の行、つまり列の下に表示されますが、データは混在しています。 これにどう対処しますか? ありがとう
Re: マイクロタイター プレート形式の経時データありがとうデイビッド。 これが解決策になるかもしれません。
Re: マイクロタイター プレート形式の経時データ前に述べたように、グラフ ビルダーでローカル データ フィルターを使用すると、時間変数で表示をアニメーション化できます。 井戸の位置を含むデータ列をマップ ゾーンにドロップします。 応答を含むデータ列をキャンバスにドロップします。 ここまでは「テンプレート」と同じです。 次に、赤い三角形をクリックして、ローカル データ フィルターを選択します。 時間を含むデータ列を選択し、「追加」をクリックします。間隔を十分小さくなるように変更し、間隔をドラッグするか、ローカル データ フィルターの横にある赤い三角形をクリックして [アニメーション] を選択します。
Re: マイクロタイター プレート形式の経時データ地図を使う必要があるかどうかはわかりません。 血管ごとにラップまたはフィルタリングして、変数と時間をプロットするだけです
Re: マイクロタイター プレート形式の経時データご希望であればサンプルデータをお送りします。
ありがとう、
回
Re: マイクロタイター プレート形式の経時データはい。 理解のためにこのテンプレートを使用しました。 私の用途は、1 つの井戸の時間経過データである一連のデータがある場合です。
どうやってそれを描くことができますか？
回
Re: マイクロタイター プレート形式の経時データグラフ ビルダーでマイクロタイター プレートの形状 (ウェル) を使用する場合は、列と行を X と Y にドラッグしないでください。 代わりに、位置を含む列のみをマップ ゾーンにドラッグします。 図形 (8 行 x 12 列) が表示されるはずです。 次に、応答を含む列を図形の中央にドラッグします。
JMP コミュニティの File Exchange セクションの次のエントリを参照してください。マイクロタイタープレートの形状
それらの使用方法を説明し、意図したとおりに動作することを確認できる例も示します。 この例を使用して、希望する結果が得られることを確認することもできます。
Re: マイクロタイター プレート形式の経時データお返事をありがとうございます。 私の特別なデータ分析は酵素反応速度アッセイです。
96 個のウェルの各ウェルの時間経過データがあります。 プレートリーダーからのレイアウトは通常、列方向では時間が異なり、行では異なるウェルになります。
実際の読み出しデータはテーブル内にあります。 グラフビルダーでは、読み取り値を Y として、時間を X として描画できます。 96 ウェル プレート レイアウトで、96 セットのデータすべてを Y 対 X 曲線として描くにはどうすればよいでしょうか?
一番、
回
Re: マイクロタイター プレート形式の経時データ答えは、このデータをどうしたいかによって異なります。 たとえば、マイクロタイター プレートの表示を見ながら、時間の経過に伴う応答の変化を調べたい場合は、時間変数でフィルター処理するように設定されているデータ ディルターを介してアニメーションを使用し、単純に新しいデータを追加することができます。時間の欄。 井戸の位置を含む列をマップ ゾーンにドラッグして、形状を取得します。 応答を含む列をキャンバスにドラッグして、平均応答を取得します。 ここで、「グラフ ビルダー」の横にある赤い三角をクリックし、「スクリプト」>「やり直し」>「ローカル データ フィルター」を選択します。 フィルターの時間を含む列を選択します。
この例は役に立ちますか? それともまったく異なることを行おうとしていますか?
マイクロタイタープレート形式の時間経過データについて素晴らしい質問です。96 ウェル形式で時間経過データを視覚化するのは、特にプレートの速度と空間レイアウトの両方を維持しようとすると、確かに難しくなります。
私の場合、うまくいった方法の一つは、まず生データを各行に時間、ウェルID（例：A1、A2…）、そして対応する測定値を含む長い形式に整形することです。次に、グラフビルダーでX軸に時間、Y軸にレスポンスを割り当てます。プレートのレイアウトを視覚的に維持するには、ウェルIDを使用してデータを空間的にマッピングします。ウェルIDをマップゾーンにドラッグすると、プレート上の各ウェルの物理的な位置が反映されます。
96ウェル全てのカイネティクスを一度に確認するには、スモールマルチプル（ファセットプロット）の使用も検討できます。各パネルには1つのウェルの時間経過が表示されるため、プレート全体の外れ値、傾向、パターンを検出できます。ソフトウェアでファセットプロットが可能な場合は、プレートレイアウトに基づいて行と列でファセットプロットを作成すると、さらに解析が容易になります。
また、プレート マッピングと視覚化をより効果的に計画するには、この96 ウェル プレート テンプレートが役立ちます。これは、データ構造をマイクロタイター プレートの物理的なレイアウトに合わせるときに便利なリファレンスになります。
これがお役に立てば幸いです！データセットの再構成やスモールマルチプルの設定についてサポートが必要な場合はお知らせください。
Re: マイクロタイタープレート形式の時間経過データ通常うまくいく設定は、ウェルやバイオリアクターごとに1列ずつ保持しようとするのではなく、データを長い（積み重ねた）形式に整形することです。この構造では、各行が単一の測定値を表し、列には時間、ウェル/バイオリアクターID、応答、そしてオプションで処理またはプレートIDが含まれます。その後、時間をX軸に、応答をY軸に割り当て、ウェル/バイオリアクターをグループ化、色、または折り返し変数として使用できます。
Re: マイクロタイタープレート形式の時間経過データこんにちは、 @choufree さん
この議論に少し付け加えたいのですが、プレートを視覚化するもう一つの便利な方法は、標準的なプレートの読み取り値（つまり、ウェルごとの最大OD値）と時系列データをホバーラベルと組み合わせることです（下記参照）。
これを行うには、Graph Builderで時系列グラフを作成し、赤いボタン > データテーブルに変換を選択します。これにより、グラフが各行の画像に変換されます。それを元のテーブルに戻し（結合または更新を使用）、画像列をラベルとして使用できます。
データテーブルを添付しますので、ご確認ください（マップフォルダにマップ形状ファイルが必要です）。
ありがとう、
ベン
