données d'évolution dans le temps au format de plaque de microtitrationquelqu'un peut-il m'aider avec le générateur de graphiques pour construire les données de cours de temps qui sont enregistrées à l'aide d'un lecteur de plaque de microtitrage ?
J'ai lu le post sur la carte des microplaques.Alors que c'est pour les données en 2 dimensions. Avec les données temporelles, comment peut-on définir les données de rôle de la carte ? Merci
Re : données d'évolution dans le temps au format de plaque de microtitrationJe l'ai fait en utilisant la fonction wrap!Re : données d'évolution dans le temps au format de plaque de microtitrationMerci beaucoup pour la démonstration ! J'y suis presque. La colonne Stack est vraiment une clé.
Par filtre de données local, je peux choisir certaines colonnes à afficher alors que je ne peux toujours pas les afficher individuellement.
En tant que nouvel utilisateur, j'apprécie vraiment l'aide de vous et de Mark.
Re : données d'évolution dans le temps au format de plaque de microtitrationLes données ont été empilées : les premières « n » lignes correspondent aux données de l'évolution temporelle du premier récipient du bioréacteur, les « n » suivants correspondent au prochain récipient du bioréacteur, etc. Var est sur l'axe des y, l'âge ou l'horodatage sur le x -axis, bireactor est la variable d'emballage et/ou la variable de filtre de données.
En regardant votre tableau de données, pour lui donner cette forme, vous devez d'abord transposer les données, puis empiler les colonnes.
Re : données d'évolution dans le temps au format de plaque de microtitrationIl semble que le tableau de données ait été transposé. Vous voulez avoir trois colonnes : Emplacement, Heure et Réponse. Vous pouvez donc éliminer la première ligne de l'exemple et renommer les colonnes en Emplacement , 562 , 1162 , et ainsi de suite. Autrement dit, le nom de l'avant-dernière colonne est la valeur temporelle. Empilez ensuite toutes les colonnes sauf le premier ( Emplacement ). Nommez la nouvelle colonne de données Réponse et la nouvelle colonne d'étiquette Temps . Changez le type de données en Numérique et le type de modélisation en Continu pour Temps . Ces changements devraient vous donner la disposition appropriée pour cet exercice.
Re : données d'évolution dans le temps au format de plaque de microtitrationSalut Dave,
Pouvez-vous me montrer votre tableau de données ? Lorsque vous utilisez le filtre de données local, quelle colonne utilisez-vous pour effectuer le filtre ?
Comment regrouper les différentes colonnes et les définir comme bioréacteurs ? J'ai mis le nom du réacteur dans la colonne info. Ainsi, chaque colonne contient les données de ce réacteur. Pour chaque instant, les données sont une ligne pour un ensemble de réacteurs. En résumé, j'ai une colonne de séries chronologiques et toutes les colonnes de réacteurs. Je n'ai aucune colonne à sélectionner pour le filtre. Je suis bloqué à ce stade. Merci
Re : données d'évolution dans le temps au format de plaque de microtitrationMerci beaucoup pour vos réponses patientes. Je comprends la façon d'utiliser la construction de graphes pour le faire avec votre description théoriquement.
Je pense que je suis toujours bloqué sur un point concernant la manière dont vous saisissez les données dans le tableau. Étant donné que mon format de données a une dimension de série chronologique par hh: mm: ss et une dimension de position de puits (A1, B2, etc.). Si vous mettez l'ID du puits dans une colonne, les données temporelles seront en ligne. Alors que mes informations de temps exactes seront sur une ligne séparée, ce qui signifie sous une colonne, les données sont mélangées. Comment gérez-vous cela? Merci
Re : données d'évolution dans le temps au format de plaque de microtitrationMerci David. Cela pourrait être une solution.
Re : données d'évolution dans le temps au format de plaque de microtitrationComme je l'ai déjà dit, vous pouvez utiliser un filtre de données local avec Graph Builder pour animer l'affichage avec votre variable de temps. Déposez la colonne de données avec les emplacements des puits dans la zone Carte. Déposez la colonne de données avec les réponses dans le canevas. C'est la même chose que le « modèle ». Cliquez maintenant sur le triangle rouge et sélectionnez Filtre de données local. Sélectionnez la colonne de données avec vos heures et cliquez sur Ajouter. Modifiez l'intervalle pour le rendre suffisamment petit pour être, puis faites glisser l'intervalle ou cliquez sur le triangle rouge à côté de Filtre de données local et sélectionnez Animer.
Re : données d'évolution dans le temps au format de plaque de microtitrationJe ne suis pas sûr que vous ayez besoin d'utiliser la carte. Je tracerais simplement mes variables en fonction du temps, enveloppées ou filtrées par navire
Re : données d'évolution dans le temps au format de plaque de microtitrationJe peux vous envoyer un échantillon de données si vous le souhaitez.
Merci,
Hui
Re : données d'évolution dans le temps au format de plaque de microtitrationOui. J'ai utilisé ce modèle pour comprendre. Mon application est que si vous avez un ensemble de données pour un puits, il s'agit de données temporelles.
Comment as-tu pu dessiner ça ?
Hui
Re : données d'évolution dans le temps au format de plaque de microtitrationSi vous souhaitez utiliser les formes de plaques de microtitration (puits) dans Graph Builder, ne faites PAS glisser la colonne et la ligne vers X et Y. Au lieu de cela, faites uniquement glisser la colonne avec l'emplacement vers la zone Carte. Vous devriez alors voir les formes (8 lignes sur 12 colonnes). Faites ensuite glisser la colonne avec la réponse au milieu des formes.
Veuillez consulter cette entrée dans la section File Exchange de la communauté JMP : Formes de plaques de micro-titrage
Il expliquera comment les utiliser et il comprend un exemple afin que vous puissiez vérifier qu'il fonctionne comme prévu. Vous pouvez également utiliser l'exemple pour confirmer qu'il vous donnera le résultat souhaité.
Re : données d'évolution dans le temps au format de plaque de microtitrationMerci pour votre réponse. Mon analyse de données particulière concerne un test de cinétique enzymatique.
J'ai des données de cours de temps dans chaque puits pour 96 puits. La disposition du lecteur de plaque est généralement que dans la direction de la colonne, c'est l'heure différente, dans la rangée, il y aura des puits différents.
alors les vraies données de lecture sont dans le tableau. Je peux dessiner la lecture en Y et le temps en X dans le générateur de graphiques. Comment pourriez-vous dessiner tous les 96 ensembles de données sous forme de courbe Y vs X dans la disposition de la plaque à 96 puits ?
Meilleur,
Hui
Re : données d'évolution dans le temps au format de plaque de microtitrationLa réponse dépend de ce que vous voulez faire avec ces données. Par exemple, si vous souhaitez examiner l'évolution de la réponse au fil du temps tout en regardant l'affichage de la plaque de microtitration, vous pouvez utiliser une animation via un filtre de données, qui est configuré pour filtrer sur la variable de temps, et simplement ajouter un nouveau colonne pour le temps. Faites glisser la colonne avec l'emplacement du puits vers la zone Carte pour obtenir la forme. Faites glisser la colonne avec la réponse sur le canevas pour obtenir la réponse moyenne. Cliquez maintenant sur le triangle rouge à côté de Graph Builder et sélectionnez script > Redo > Local Data Filter. Sélectionnez la colonne avec le temps pour le filtre.
Cet exemple vous aide-t-il ou essayez-vous de faire quelque chose de très différent ?
Objet : données chronologiques au format de plaque de microtitrationExcellente question, la visualisation des données temporelles dans un format à 96 puits peut certainement devenir délicate, en particulier lorsque l'on essaie de préserver à la fois la cinétique et la disposition spatiale de la plaque.
Une approche qui a fonctionné pour moi consiste à remodeler les données brutes dans un format long, chaque ligne incluant : l'heure, l'identifiant du puits (par exemple, A1, A2…) et la mesure correspondante. Ensuite, dans le générateur de graphiques, vous pouvez affecter l'heure à l'axe des abscisses et la réponse à l'axe des ordonnées. Pour préserver visuellement la disposition de la plaque, utilisez l'identifiant du puits pour cartographier les données. Faites glisser l'identifiant du puits vers la zone Cartographie, qui doit refléter la position physique de chaque puits sur la plaque.
Pour visualiser simultanément la cinétique complète des 96 puits, vous pouvez également utiliser de petits multiples (graphiques à facettes). Chaque panneau affichera l'évolution temporelle d'un puits, vous permettant de détecter les valeurs aberrantes, les tendances ou les schémas sur la plaque. Si votre logiciel le permet, le facettage par lignes et colonnes (en fonction de la disposition de la plaque) facilitera encore davantage l'interprétation.
De plus, pour la cartographie des plaques et la planification plus efficace de votre visualisation, vous pourriez trouver ce modèle de plaque à 96 puits utile, c'est une référence pratique pour aligner votre structure de données avec la disposition physique de la plaque de microtitration.
J'espère que cela vous aidera ! N'hésitez pas à me contacter si vous avez besoin d'aide pour remodeler votre jeu de données ou configurer les petits multiples.
Re: Données cinétiques en format microplaqueUne méthode généralement efficace consiste à réorganiser les données sous forme de lignes empilées plutôt que de conserver une colonne par puits ou bioréacteur. Dans cette structure, chaque ligne représente une mesure, avec des colonnes telles que Temps, ID du puits/bioréacteur, Réponse et, éventuellement, Traitement ou ID de la plaque. Vous pouvez ensuite assigner le Temps à l'axe des abscisses, la Réponse à l'axe des ordonnées et utiliser le Puits/Bioréacteur comme variable de regroupement, de couleur ou de transition.
Re: Données cinétiques en format microplaqueSalut @choufree
Je voulais simplement ajouter un élément à cette conversation : une autre façon utile de visualiser les plaques consiste à combiner la lecture standard de la plaque (c.-à-d. la DO maximale par puits) et la série temporelle avec des étiquettes au survol (voir ci-dessous).
Pour ce faire, créez vos graphiques de séries temporelles dans Graph Builder, puis cliquez sur le bouton rouge > Convertir en tableau de données. Cela transforme les graphiques en une image pour chaque ligne. Importez ensuite ces images dans votre tableau d'origine (par exemple, à l'aide de Join ou Update), puis utilisez la colonne d'images comme étiquette.
Je joins un tableau de données pour que vous puissiez le consulter (vous aurez besoin des fichiers de formes de la carte dans votre dossier de cartes).
Merci,
Ben
