Zeitverlaufsdaten im MikrotiterplattenformatKann mir jemand mit dem Graph Builder helfen, die Zeitverlaufsdaten zu erstellen, die mit einem Mikrotiterplatten-Lesegerät aufgezeichnet werden?
Ich habe den Beitrag über die Sache mit der Mikrotiterplattenkarte gelesen.Dies gilt zwar für zweidimensionale Daten. Wie kann man mit den Zeitdaten die Kartenrollendaten definieren? Danke
Betreff: Zeitverlaufsdaten im MikrotiterplattenformatIch habe es mit der Wrap-Funktion gemacht!Betreff: Zeitverlaufsdaten im MikrotiterplattenformatVielen Dank für die Demonstration! Ich bin fast da. Die Stapelspalte ist wirklich ein Schlüssel.
Durch den lokalen Datenfilter kann ich bestimmte Spalten zur Anzeige auswählen, sie aber immer noch nicht einzeln anzeigen.
Als neuer Benutzer schätze ich die Hilfe von Ihnen und Mark sehr.
Betreff: Zeitverlaufsdaten im MikrotiterplattenformatDie Daten wurden gestapelt: Die ersten „n“ Zeilen entsprechen den Zeitverlaufsdaten für den ersten Bioreaktorbehälter, die folgenden „n“ entsprechen dem nächsten Bioreaktorbehälter usw. Var ist auf der y-Achse, Alter oder Zeitstempel auf der x-Achse -axis, bireactor ist die Wrapping-Variable und/oder Datenfiltervariable.
Um Ihre Datentabelle in diese Form zu bringen, müssten Sie zunächst die Daten transponieren und dann die Spalten stapeln.
Betreff: Zeitverlaufsdaten im MikrotiterplattenformatEs sieht so aus, als ob die Datentabelle transponiert wurde. Sie möchten drei Spalten haben: Ort, Zeit und Antwort. Sie könnten also die erste Zeile aus dem Beispiel streichen und die Spalten umbenennen Standort , 562 , 1162 , usw. Das heißt, der Name für die vorletzte Spalte ist der Zeitwert. Dann stapeln Sie alle Spalten außer der erste ( Standort ). Benennen Sie die neue Datenspalte Antwort und die neue Beschriftungsspalte Zeit . Ändern Sie den Datentyp in „Numerisch“ und den Modellierungstyp in „Kontinuierlich für“. Zeit . Diese Änderungen sollten Ihnen das richtige Layout für diese Übung geben.
Betreff: Zeitverlaufsdaten im MikrotiterplattenformatHallo Dave,
Würde es Ihnen etwas ausmachen, mir Ihre Datentabelle zu zeigen? Wenn Sie den lokalen Datenfilter verwenden, welche Spalte verwenden Sie für den Filter?
Wie gruppiert man die verschiedenen Säulen und definiert sie als Bioreaktoren? Ich habe den Reaktornamen in die Spalte „Info“ eingetragen. Jede Spalte enthält also die Daten für diesen Reaktor. Für jeden Zeitpunkt sind die Daten eine Zeile für eine Gruppe von Reaktoren. Zusammenfassend habe ich eine Zeitreihenspalte und alle Reaktorspalten. Ich habe keine Spalte, die ich für den Filter auswählen kann. Ich stecke an diesem Punkt fest. Danke
Betreff: Zeitverlaufsdaten im MikrotiterplattenformatVielen Dank für Ihre geduldigen Antworten. Ich verstehe die Art und Weise, wie man Graph Build verwendet, um dies theoretisch mit Ihrer Beschreibung zu tun.
Ich glaube, ich stecke immer noch in einem Punkt fest, nämlich der Art und Weise, wie Sie die Daten in die Tabelle eingeben. Da mein Datenformat eine Dimension der Zeitreihen nach hh:mm:ss und eine Dimension der Bohrlochposition (A1, B2 usw.) hat. Wenn Sie die Well-ID in eine Spalte eingeben, werden die Zeitdaten in der Zeile angezeigt. Während meine genauen Zeitinformationen in einer separaten Zeile, also unter einer Spalte, angezeigt werden, sind die Daten durcheinander. Wie gehen Sie damit um? Danke
Betreff: Zeitverlaufsdaten im MikrotiterplattenformatDanke David. Das könnte eine Lösung sein.
Betreff: Zeitverlaufsdaten im MikrotiterplattenformatWie ich bereits sagte, können Sie mit Graph Builder einen lokalen Datenfilter verwenden, um die Anzeige mit Ihrer Zeitvariablen zu animieren. Legen Sie die Datenspalte mit den Bohrlochstandorten in der Kartenzone ab. Legen Sie die Datenspalte mit den Antworten im Canvas ab. Dies ist dasselbe wie die „Vorlage“. Klicken Sie nun auf das rote Dreieck und wählen Sie Lokaler Datenfilter. Wählen Sie die Datenspalte mit Ihren Zeiten aus und klicken Sie auf Hinzufügen. Ändern Sie das Intervall, um es klein genug zu machen, und ziehen Sie dann entweder das Intervall oder klicken Sie auf das rote Dreieck neben „Lokaler Datenfilter“ und wählen Sie „Animieren“.
Betreff: Zeitverlaufsdaten im MikrotiterplattenformatIch bin nicht sicher, ob Sie die Karte verwenden müssen. Ich würde einfach meine Variablen gegen die Zeit grafisch darstellen, verpackt oder gefiltert nach Gefäß
Betreff: Zeitverlaufsdaten im MikrotiterplattenformatWenn Sie möchten, kann ich Ihnen Beispieldaten zusenden.
Danke,
Hui
Betreff: Zeitverlaufsdaten im MikrotiterplattenformatJa. Zum Verständnis habe ich diese Vorlage verwendet. Meine Anwendung besteht darin, dass es sich bei einem Datensatz für ein Bohrloch um Zeitverlaufsdaten handelt.
Wie konntest du das zeichnen?
Hui
Betreff: Zeitverlaufsdaten im MikrotiterplattenformatWenn Sie die Mikrotiterplattenformen (Wells) im Graph Builder verwenden möchten, ziehen Sie die Spalte und Zeile NICHT auf X und Y. Ziehen Sie stattdessen nur die Spalte mit dem Standort in die Kartenzone. Sie sollten dann die Formen sehen (8 Zeilen mal 12 Spalten). Ziehen Sie dann die Spalte mit der Antwort in die Mitte der Formen.
Bitte sehen Sie sich diesen Eintrag im Abschnitt „File Exchane“ der JMP-Community an: Mikrotiterplatten-Formen
Es erklärt die Verwendung und enthält ein Beispiel, damit Sie überprüfen können, ob es wie vorgesehen funktioniert. Sie können das Beispiel auch verwenden, um zu bestätigen, dass Sie damit das gewünschte Ergebnis erhalten.
Betreff: Zeitverlaufsdaten im MikrotiterplattenformatDanke für deine Antwort. Meine spezielle Datenanalyse betrifft einen Enzymkinetik-Assay.
Ich habe in jedem Bohrloch Zeitverlaufsdaten für 96 Bohrlöcher. Das Layout des Plattenlesegeräts sieht normalerweise so aus, dass es in der Spaltenrichtung unterschiedliche Zeiten und in der Reihe unterschiedliche Vertiefungen gibt.
dann stehen die echten Auslesedaten in der Tabelle. Ich kann die Anzeige als Y und die Zeit als X im Graph Builder zeichnen. Wie könnten Sie alle 96 Datensätze als Y-gegen-X-Kurve im 96-Well-Plattenlayout zeichnen?
Am besten,
Hui
Betreff: Zeitverlaufsdaten im MikrotiterplattenformatDie Antwort hängt davon ab, was Sie mit diesen Daten machen möchten. Wenn Sie beispielsweise die Änderung der Reaktion über die Zeit untersuchen möchten, während Sie auf das Display der Mikrotiterplatte schauen, können Sie eine Animation durch einen Datenfilter verwenden, der so eingestellt ist, dass er nach der Zeitvariablen filtert, und einfach eine neue hinzufügen Spalte für Zeit. Ziehen Sie die Spalte mit der Bohrlochposition in die Kartenzone, um die Form zu erhalten. Ziehen Sie die Spalte mit der Antwort auf die Leinwand, um die mittlere Antwort zu erhalten. Klicken Sie nun auf das rote Dreieck neben Graph Builder und wählen Sie Skript > Wiederherstellen > Lokaler Datenfilter. Wählen Sie die Spalte mit der Zeit für den Filter aus.
Hilft dieses Beispiel oder versuchen Sie etwas ganz anderes zu machen?
Betreff: Zeitverlaufsdaten im MikrotiterplattenformatGute Frage, die Visualisierung von Zeitverlaufsdaten in einem 96-Well-Format kann definitiv schwierig sein, insbesondere wenn man versucht, sowohl die Kinetik als auch die räumliche Anordnung der Platte beizubehalten.
Ein bewährter Ansatz besteht darin, die Rohdaten zunächst in ein langes Format umzuwandeln, in dem jede Zeile Zeit, Well-ID (z. B. A1, A2 usw.) und den entsprechenden Messwert enthält. Anschließend können Sie im Graph Builder die Zeit der X-Achse und die Antwort der Y-Achse zuordnen. Um das Plattenlayout visuell zu erhalten, verwenden Sie die Well-ID, um die Daten räumlich abzubilden. Ziehen Sie die Well-ID in den Kartenbereich, der die physische Position jedes Wells auf der Platte widerspiegelt.
Um die vollständige Kinetik aller 96 Wells gleichzeitig zu sehen, können Sie auch Facettendiagramme verwenden. Jedes Panel zeigt den zeitlichen Verlauf eines einzelnen Wells, sodass Sie Ausreißer, Trends oder Muster auf der gesamten Platte erkennen können. Sofern Ihre Software dies zulässt, erleichtert die Facettendarstellung nach Zeilen und Spalten (basierend auf dem Plattenlayout) die Interpretation zusätzlich.
Für die Plattenzuordnung und eine effektivere Planung Ihrer Visualisierung könnte diese 96-Well-Plattenvorlage hilfreich sein. Sie ist eine praktische Referenz beim Anpassen Ihrer Datenstruktur an das physische Layout der Mikrotiterplatte.
Ich hoffe, das hilft! Melden Sie sich, wenn Sie Hilfe bei der Neugestaltung Ihres Datensatzes oder beim Einrichten der kleinen Vielfachen benötigen.
Betreff: Zeitverlaufsdaten im MikrotiterplattenformatEine bewährte Methode besteht darin, die Daten in ein langes (gestapeltes) Format umzuwandeln, anstatt für jede Vertiefung oder jeden Bioreaktor eine eigene Spalte zu verwenden. In dieser Struktur repräsentiert jede Zeile eine einzelne Messung mit Spalten wie Zeit, Vertiefungs-/Bioreaktor-ID, Reaktion und optional Behandlung oder Platten-ID. Anschließend können Sie die Zeit der X-Achse, die Reaktion der Y-Achse und Vertiefung/Bioreaktor als Gruppierungs-, Farb- oder Trennvariable zuweisen.
Betreff: Zeitverlaufsdaten im MikrotiterplattenformatHallo @choufree
Ich wollte dieser Diskussion noch etwas hinzufügen: Eine weitere nützliche Möglichkeit, Platten zu visualisieren, besteht darin, die Standard-Plattenauslesung (d. h. Max OD pro Well) und die Zeitreihe zusammen mit Hover-Labels zu kombinieren (siehe unten).
Erstellen Sie dazu Ihre Diagramme der Zeitreihen im Diagramm-Generator und klicken Sie anschließend auf die rote Schaltfläche „In Datentabelle umwandeln“. Dadurch wird aus den Diagrammen für jede Zeile ein Bild erstellt. Dieses Bild können Sie dann in Ihre ursprüngliche Tabelle einfügen (z. B. mit Join oder Update) und anschließend die Bildspalte als Beschriftung verwenden.
Anbei eine Datentabelle (Sie benötigen die Kartenshape-Dateien in Ihrem Kartenordner).
Danke,
Ben
