<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Por qué el cálculo genómico de JMP de solo 20000 marcadores en lugar de 40000 marcadores por rasgos ordinales con efecto aleatorio, fijo y de covarianza (Proc Grimmix).
Querido Doug
Gracias por la respuesta rápida. Creo que mi archivo de configuración está bien. Le envío un archivo de registro SAS que calcula solo 30000 marcadores en lugar de 48909 marcadores de 300 muestras. Creo que puede ser el problema de no tener suficiente memoria en mi computadora.
¿Puedo usar JMP genomic desde mi computadora y SAS desde otros servidores más grandes?
Aquí por ejemplo de algún corte de archivo de registro.
NOTA: Hubo 48909 observaciones leídas del conjunto de datos WORK.TEMP1.
NOTA: El conjunto de datos WORK.TEMP tiene 48909 observaciones y 3 variables.
NOTA: PROCEDIMIENTO PSMOOTH utilizado (Tiempo total de proceso):
tiempo real 0.03 segundos
tiempo de CPU 0.04 segundos
ADVERTENCIA: El argumento 2 a la función de macro% SUBSTR está fuera de rango.
ADVERTENCIA: El argumento 3 a la función de macro% SUBSTR está fuera de rango.
NOTA: Hubo 48909 observaciones leídas del conjunto de datos WORK.TEMP1.
NOTA: Hubo 48909 observaciones leídas del conjunto de datos WORK.TEMP.
NOTA: El conjunto de datos OUTLIB.WT5_26_DMG_IBD_KC_QKM tiene 48909 observaciones y 29 variables.
NOTA: declaración de datos utilizada (tiempo total de proceso):
tiempo real 0.04 segundos
tiempo de CPU 0.04 segundos
ADVERTENCIA: un argumento de la función LOG10 a la que hace referencia la función de macro% SYSFUNC o% QSYSFUNC
esta fuera de rango
NOTA: Las operaciones matemáticas no se pudieron realizar durante la ejecución de la función% SYSFUNC. los
El resultado de las operaciones se ha establecido en un valor faltante.
NOTA: Los valores faltantes se generaron como resultado de realizar una operación en valores perdidos
durante la evaluación de la expresión% SYSEVALF.
NOTA: Hubo 48909 observaciones leídas del conjunto de datos OUTLIB.WT5_26_DMG_IBD_KC_QKM.
NOTA: El conjunto de datos OUTLIB.WT5_26_DMG_IBD_KC_QKM tiene 48909 observaciones y 28 variables.
NOTA: declaración de datos utilizada (tiempo total de proceso):
tiempo real 0.03 segundos
tiempo de CPU 0.03 segundos
Mejor,
Siriluck
Von: dougR
Gesendet: lunes, 13 de octubre de 2014 4:38 PM
An: Wimmers, Siriluck
Betreff: Re: - Por qué la genómica JMP calcula solo 20000 marcadores en lugar de 40000 marcadores por rasgos ordinales con efecto aleatorio, fijo y de covarianza (Proc Grimmix).
Comunidad de usuarios de JMP <>
Por qué el cálculo genómico de JMP de solo 20000 marcadores en lugar de 40000 marcadores por rasgos ordinales con efecto aleatorio, fijo y de covarianza (Proc Grimmix).
respuesta de Doug Robinson <> en Discusiones: vea la discusión completa <>
Creo que necesitamos un poco más de información sobre esto. ¿Hubo algún error? Nuestra estimación inicial es que el tipo de marcador se marcó como "Alélico" cuando, de hecho, es un genotipo o un genotipo no delimitado (ambos alelos representados en una sola columna para cada marcador en la tabla de datos). Si pudieras enviar el archivo de configuración, eso ayudaría.
