<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Perché il calcolo della genomica JMP di soli 20000 marker invece di 40000 marker per tratti ordinali con effetto casuale, correzione e covarianza (Proc Grimmix).
Caro Doug
Grazie per la risposta veloce. Penso che il mio file delle impostazioni sia OK. Vi mando un file di log SAS che calcola solo 30000 marker invece di 48909 marker di 300 campioni. Penso che possa essere il problema di non avere abbastanza memoria nel mio computer.
Posso usare JMP genomic dal mio computer e SAS da altri server più grandi.
Qui per esempio di qualche taglio del file di registro.
NOTA: sono state lette 48909 osservazioni dal set di dati WORK.TEMP1.
NOTA: il set di dati WORK.TEMP ha 48909 osservazioni e 3 variabili.
NOTA: PROCEDURE PSMOOTH utilizzato (Tempo di processo totale):
tempo reale 0,03 secondi
tempo di cpu 0.04 secondi
ATTENZIONE: l'argomento 2 della funzione macro% SUBSTR non è compreso nell'intervallo.
ATTENZIONE: l'argomento 3 della funzione macro% SUBSTR non è compreso nell'intervallo.
NOTA: sono state lette 48909 osservazioni dal set di dati WORK.TEMP1.
NOTA: sono state lette 48909 osservazioni dal set di dati WORK.TEMP.
NOTA: il set di dati OUTLIB.WT5_26_DMG_IBD_KC_QKM ha 48909 osservazioni e 29 variabili.
NOTA: istruzione DATA utilizzata (tempo di elaborazione totale):
tempo reale 0,04 secondi
tempo di cpu 0.04 secondi
AVVISO: argomento della funzione LOG10 a cui fa riferimento la funzione macro% SYSFUNC o% QSYSFUNC
è fuori portata.
NOTA: le operazioni matematiche non possono essere eseguite durante l'esecuzione della funzione% SYSFUNC. Il
risultato delle operazioni sono state impostate su un valore mancante.
NOTA: i valori mancanti sono stati generati in seguito all'esecuzione di un'operazione sui valori mancanti
durante la valutazione delle espressioni% SYSEVALF.
NOTA: sono state lette 48909 osservazioni dal set di dati OUTLIB.WT5_26_DMG_IBD_KC_QKM.
NOTA: il set di dati OUTLIB.WT5_26_DMG_IBD_KC_QKM ha 48909 osservazioni e 28 variabili.
NOTA: istruzione DATA utilizzata (tempo di elaborazione totale):
tempo reale 0,03 secondi
tempo di CPU 0,03 secondi
Migliore,
Siriluck
Von: dougR
Gesendet: lunedì 13 ottobre 2014 16:38
An: Wimmers, Siriluck
Betreff: Re: - Perché il calcolo della genomica JMP di soli 20000 marker invece di 40000 marker per tratti ordinali con effetto random, fix e covariance (Proc Grimmix).
Community utente JMP <>
Perché il calcolo della genomica JMP di soli 20000 marker invece di 40000 marker per tratti ordinali con effetto casuale, correzione e covarianza (Proc Grimmix).
risposta da Doug Robinson <> in Discussions - Visualizza la discussione completa <>
Penso che abbiamo bisogno di un po 'più di informazioni su questo. Ci sono stati errori? La nostra ipotesi iniziale è che il tipo di marcatore è stato controllato come "Allelico" quando in realtà si tratta di un genotipo o di un genotipo non delimitato (entrambi gli alleli rappresentati in una singola colonna per ciascun marcatore nella tabella dati). Se potessi inviare il file delle impostazioni, sarebbe utile.
