<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Warum JMP-Genomik-Berechnung von nur 20000 Markern statt von 40000 Markern nach ordinalen Merkmalen mit Zufalls-, Fix- und Kovarianzeffekt (Proc Grimmix).
Lieber Doug
Vielen Dank für die schnelle Antwort. Ich denke, meine Einstellungsdatei ist in Ordnung. Ich sende Ihnen eine SAS-Protokolldatei, deren Berechnung von nur 30000 Markern statt von 48909 Markern von 300 Proben erfolgt. Ich denke, es kann das Problem sein, dass nicht genügend Arbeitsspeicher in meinem Computer vorhanden ist.
Kann ich JMP-Genomic von meinem Computer und SAS von anderen größeren Servern verwenden?
Hier zum Beispiel ein Teil der Protokolldatei.
HINWEIS: Es wurden 48909 Beobachtungen aus dem Datensatz WORK.TEMP1 gelesen.
HINWEIS: Der Datensatz WORK.TEMP enthält 48909 Beobachtungen und 3 Variablen.
HINWEIS: Verwendeter Prozess PSMOOTH (Gesamtprozesszeit):
Echtzeit 0,03 Sekunden
CPU-Zeit 0,04 Sekunden
WARNUNG: Argument 2 für Makrofunktion% SUBSTR liegt außerhalb des Bereichs.
WARNUNG: Argument 3 der Makrofunktion% SUBSTR liegt außerhalb des Bereichs.
HINWEIS: Es wurden 48909 Beobachtungen aus dem Datensatz WORK.TEMP1 gelesen.
HINWEIS: Es wurden 48909 Beobachtungen aus dem Datensatz WORK.TEMP gelesen.
HINWEIS: Der Datensatz OUTLIB.WT5_26_DMG_IBD_KC_QKM enthält 48909 Beobachtungen und 29 Variablen.
HINWEIS: Verwendete DATA-Anweisung (Gesamtverarbeitungszeit):
Echtzeit 0,04 Sekunden
CPU-Zeit 0,04 Sekunden
WARNUNG: Ein Argument für die Funktion LOG10, auf das von der Makrofunktion% SYSFUNC oder% QSYSFUNC verwiesen wird
ist außerhalb des Bereichs.
HINWEIS: Während der Ausführung der% SYSFUNC-Funktion konnten keine mathematischen Operationen ausgeführt werden. Das
Ergebnis der Operationen wurde auf einen fehlenden Wert gesetzt.
HINWEIS: Fehlende Werte wurden als Ergebnis der Durchführung einer Operation für fehlende Werte generiert
während der Auswertung des% SYSEVALF-Ausdrucks.
HINWEIS: Es wurden 48909 Beobachtungen aus dem Datensatz OUTLIB.WT5_26_DMG_IBD_KC_QKM gelesen.
HINWEIS: Der Datensatz OUTLIB.WT5_26_DMG_IBD_KC_QKM enthält 48909 Beobachtungen und 28 Variablen.
HINWEIS: Verwendete DATA-Anweisung (Gesamtverarbeitungszeit):
Echtzeit 0,03 Sekunden
CPU-Zeit 0,03 Sekunden
Beste,
Siriluck
Von: dougR
Gesendet: Montag, 13. Oktober 2014, 16:38 Uhr
An: Wimmer, Siriluck
Betreff: Re: - Warum JMP-Genomics-Berechnung von nur 20000 Markern anstelle von 40000 Markern nach ordinalen Merkmalen mit Zufalls-, Fix- und Kovarianzeffekt (Proc Grimmix).
JMP-Benutzer-Community <>
Warum JMP-Genomik-Berechnung von nur 20000 Markern statt von 40000 Markern nach ordinalen Merkmalen mit Zufalls-, Fix- und Kovarianzeffekt (Proc Grimmix).
Antwort von Doug Robinson <> in Diskussionen - Siehe die vollständige Diskussion <>
Ich denke, wir brauchen etwas mehr Informationen dazu. Gab es Fehler? Unsere erste Vermutung ist, dass der Typ des Markers als "allelisch" geprüft wurde, obwohl es sich dabei entweder um einen Genotyp oder einen nicht begrenzten Genotyp handelt (beide Allele sind in einer einzelnen Spalte für jeden Marker in der Datentabelle dargestellt). Wenn Sie die Einstellungsdatei senden könnten, wäre das hilfreich.
