<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Pourquoi le calcul génomique JMP de seulement 20000 marqueurs au lieu de 40000 marqueurs par traits ordinaux avec effet aléatoire, fixe et covariance (Proc Grimmix).
Cher Doug
Merci pour la réponse rapide. Je pense que mon fichier de paramètres est OK. Je vous envoie un fichier journal SAS qui calcule seulement 30000 marqueurs au lieu de 48909 marqueurs de 300 échantillons. Je pense que cela peut être dû au manque de mémoire de mon ordinateur.
Puis-je utiliser JMP Genomic à partir de mon ordinateur et SAS à partir d’autres serveurs plus importants.
Voici par exemple une coupe du fichier journal.
REMARQUE: 48909 observations ont été lues à partir du jeu de données WORK.TEMP1.
Remarque: l'ensemble de données WORK.TEMP a 48909 observations et 3 variables.
REMARQUE: PROCÉDURE PSMOOTH utilisée (durée totale du processus):
temps réel 0.03 secondes
temps CPU 0.04 secondes
AVERTISSEMENT: l'argument 2 de la fonction macro% SUBSTR est hors limites.
AVERTISSEMENT: l'argument 3 de la fonction macro% SUBSTR est hors limites.
REMARQUE: 48909 observations ont été lues à partir du jeu de données WORK.TEMP1.
REMARQUE: 48909 observations ont été lues à partir du jeu de données WORK.TEMP.
REMARQUE: L'ensemble de données OUTLIB.WT5_26_DMG_IBD_KC_QKM contient 48909 observations et 29 variables.
REMARQUE: instruction DATA utilisée (durée totale du processus):
temps réel 0.04 secondes
temps CPU 0.04 secondes
AVERTISSEMENT: Un argument de la fonction LOG10 référencé par la fonction macro% SYSFUNC ou% QSYSFUNC
est hors de portée.
REMARQUE: les opérations mathématiques n'ont pas pu être effectuées lors de l'exécution de la fonction% SYSFUNC. le
Le résultat des opérations a été défini sur une valeur manquante.
REMARQUE: Les valeurs manquantes ont été générées à la suite de l'exécution d'une opération sur les valeurs manquantes.
lors de l'évaluation de l'expression% SYSEVALF.
REMARQUE: 48909 observations ont été lues à partir du fichier OUTLIB.WT5_26_DMG_IBD_KC_QKM.
REMARQUE: L'ensemble de données OUTLIB.WT5_26_DMG_IBD_KC_QKM contient 48909 observations et 28 variables.
REMARQUE: instruction DATA utilisée (durée totale du processus):
temps réel 0.03 secondes
temps CPU 0.03 secondes
Meilleur,
Siriluck
Von: DougR
Gesendet: lundi 13 octobre 2014 16h38
An: Wimmers, Siriluck
Betreff: Re: - Pourquoi le calcul génomique JMP de seulement 20000 marqueurs au lieu de 40000 marqueurs par traits ordinaux avec effet aléatoire, correction et covariance (Proc Grimmix).
Communauté d'utilisateurs JMP <>
Pourquoi le calcul génomique JMP de seulement 20000 marqueurs au lieu de 40000 marqueurs par traits ordinaux avec effet aléatoire, fixe et covariance (Proc Grimmix).
réponse de Doug Robinson <> dans Discussions - Afficher la discussion en intégralité <>
Je pense que nous avons besoin d'un peu plus d'informations à ce sujet. Y a-t-il des erreurs? Notre hypothèse initiale est que le type de marqueur a été coché "Allélique" alors qu’il s’agit d’un génotype ou d’un génotype non délimité (les deux allèles sont représentés dans une seule colonne pour chaque marqueur du tableau de données). Si vous pouviez envoyer le fichier de paramètres, cela aiderait.
