Come è possibile rimuovere la variazione di un fattore dalle risposte dei dati in un disegno fattoriale?Carissimi,
Ho condotto un esperimento fattoriale. I miei fattori sono A (4 livelli), B (2 livelli) e C (2 livelli) in 4 blocchi. Il fattore A rappresenta i diversi genotipi di una pianta. Ho misurato diversi tratti in questo esperimento.
Voglio inserire le mie misurazioni in un modello e voglio rimuovere la variazione del fattore A dalla mia risposta ai dati. Posso farlo?
Ho visto un metodo al riguardo in un articolo. Hanno analizzato la risposta dei dati (es. Biomassa) al Fattore A. Quindi hanno salvato i residui e li hanno utilizzati come nuove variabili (biomassa senza variazione del fattore A). Ho eseguito lo stesso metodo in JMP, ma non sono sicuro, è corretto o no?È possibile statisticamente?
Grazie mille
Meelad
Progettazione di esperimentiRe: Come è possibile rimuovere la variazione di un fattore dalle risposte dei dati in un disegno fattoriale?Caro Phil,
Grazie mille, non sono perfetto in statistica e SEM, sono solo un principiante. Il tuo consiglio mi è stato utile.
Il link che mi hai inviato è stato utile. Ho eseguito il SEM senza residui perché non sono sicuro di poterli utilizzare nel modello in base al mio scopo. Penso di aver bisogno di saperne di più sui residui. Naturalmente ho trovato alcuni documenti in cui si utilizzavano i residui nel modello.
Ho imparato più cose dai tuoi consigli.
Grazie mille per il tuo tempo,
Cordiali saluti,
Milad
Ri: Come è possibile rimuovere la variazione di un fattore dalle risposte dei dati in un disegno fattoriale?Ok, Mild. Lascerò a te decidere come utilizzarlo nella tua analisi. Presumo che tu sappia cosa stai facendo e perché devi applicare il SEM, ma mi sembra un approccio insolito. Ho studiato SEM nell'ambito del mio Master in Statistica e ho trovato difficoltà a comprenderne il metodo e l'applicazione.Re: Come è possibile rimuovere la variazione di un fattore dalle risposte dei dati in un disegno fattoriale?Caro Phil,
Grazie per il vostro messaggio.
Intendo i residui che li ho salvati dal modello che ho eseguito per "Genotipo" e "Blocco" in modo casuale.
Credo che dovrei lavorarci di più finché non li userò.
Voglio eseguire un sem con R, voglio solo calcolare e preparare i dati in JMP.
Grazie mille,
Milad
Ri: Come è possibile rimuovere la variazione di un fattore dalle risposte dei dati in un disegno fattoriale?Non sono sicuro di quali residui stai parlando adesso. Non vorrai utilizzare i residui del modello che ho suggerito perché quei residui ti direbbero solo della variazione che non è spiegata da Blocco, Genotipo e Variabili 1 e 2.
La modellazione di equazioni strutturali è una metodologia piuttosto difficile da comprendere (e attualmente non è possibile in JMP). Non sono sicuro di come applicheresti il SEM qui, ma ti suggerisco di assicurarti prima di sentirti a tuo agio nella comprensione del modello di regressione.
Re: Come è possibile rimuovere la variazione di un fattore dalle risposte dei dati in un disegno fattoriale?Caro Marco,
Grazie mille per il tuo consiglio,
Ho cercato " Profilo di previsione". Sembra buona. Credo che sarebbe utile.
Grazie,
Distinti saluti,
Milad
Re: Come è possibile rimuovere la variazione di un fattore dalle risposte dei dati in un disegno fattoriale?Caro Phil,
Grazie mille per il tuo tempo, è stato fantastico.
Sì, per me l'effetto del "Genotipo" non è importante. Voglio rimuoverlo dai miei dati. Penso che forse posso valutare le variabili in una condizione migliore. Penso che la tua soluzione sia ottima.
Pensi che io possa usare questi residui come nuove variabili per ridurre l'effetto "Genotipo"? Perché voglio usarli nel modello di equazioni strutturali.
Distinti saluti,
Milad
Re: Come è possibile rimuovere la variazione di un fattore dalle risposte dei dati in un disegno fattoriale?Voglio solo che la base per la soluzione di Phil sia che un modello lineare possa tenere conto simultaneamente di tutti i contributi a ciascuna risposta. Hai progettato un esperimento a più fattori ma lo stai analizzando un fattore alla volta. Non è un approccio non valido, ma puoi fare di più con il modello proposto da Phil. Ad esempio, puoi utilizzare il Prediction Profiler per visualizzare la dipendenza da tutti i fattori.
Re: Come è possibile rimuovere la variazione di un fattore dalle risposte dei dati in un disegno fattoriale?CIAO,
Ho provato ad allegare il tuo esperimento come tabella .jmp ma ho riscontrato lo stesso problema. Lo farò sapere al community manager così spero che il problema venga risolto presto.
Ho valutato il progetto ed è quasi completamente ortogonale per gli effetti principali e le interazioni a 2 fattori (qualche leggera correlazione dovuta alle esecuzioni "anomale" escluse).
Non ho esaminato in dettaglio l'approccio che hai adottato. Penso che probabilmente vada bene, ma non sarebbe raccomandato da uno statistico.
Il mio approccio sarebbe quello di adattare un modello che includa Genotype. Lo definisco un effetto casuale. Questo perché, a quanto mi risulta, è un fattore che ti aspetti possa influenzare le risposte. Ma in realtà non ti interessa quale sia l'effetto di Genotyope. Devi solo tenere conto dell’effetto in modo che non cambi la tua stima degli effetti che ti interessano: i nutrienti 1 e 2 e la loro interazione. Ho ragione in questo?
Dovresti anche definire il blocco come un effetto casuale per lo stesso motivo.
Quindi ho adattato un modello con Blocco e Genotipo come effetti casuali e Nutriente1, Nutriente2, Nutriente1*Nutriente2 come effetti fissi. Questo modello indica l'effetto dei fattori nutritivi tenendo conto della variazione nelle risposte dovute a Blocco e Genotipo.
Se provi questo, i risultati concordano ampiamente con la tua analisi? Sembra che il nutriente 1 abbia un effetto significativo sulla variabile 1 mentre per l'altra gli effetti non sono significativi.
Saluti,
Fil
Re: Come è possibile rimuovere la variazione di un fattore dalle risposte dei dati in un disegno fattoriale?Caro Phil,
Grazie mille per il tempo che mi hai dedicato per consigliarmi.
Ho allegato i fattori con una parte dei miei dati. Per favore, trovalo. Non sono riuscito ad allegare il file .jmp, ho visto questo messaggio: " Il contenuto dell'allegato non corrisponde al tipo di file. ". Quindi ho messo l'immagine dei passaggi e ho allegato il foglio Excel.
Questo esperimento è fattoriale sotto RCBD. Genotipo (4 livelli, A, B, C e D), Nutriente 1 (2 livelli, 10 e 40) e Nutriente 2 (2 livelli, 25 e 100) sono fattori in 4 blocchi. Inoltre, la "Variabile 1" e la "Variabile 2" sono variabili che ho misurato durante il periodo dell'esperimento. In questo file ho trasformato le variabili in logaritmo.
Ad esempio, diversi "Genotipi" avevano un effetto diverso sulla "Variabile 2". Mentre mi servono solo gli effetti di "Nutriente 1" e "Nutriente 2" nel modello. Quindi, voglio rimuovere l'effetto di "Genotipo" da "Variabile 1" e "Variabile 2". A questo scopo, prima ho utilizzato "Fit Y by X" per ciascuna variabile tramite "Genotype", quindi ho salvato i residui per ciascuna variabile.
Step 1. Fit y by x.Step 1. Fit y by x.Passo 1. Adatta y per x.
Nella seconda fase, ho utilizzato questi residui in "Fit model" per "Block, Nutrient 1, Nutrient 2, Nutrient 1*Nutrient 2" come fattoriale completo. Successivamente, ho salvato i residui ottenuti da questo metodo e li ho utilizzati come nuove variabili.
Ho menzionato "Passaggio 1" e "Passaggio 2" in "Tabella dati" in questo file. Inoltre, "Step () - Variable ()" sono residui che ho salvato da ogni passaggio per ciascuna variabile.(Non sono riuscito ad allegare il file .jmp). Per queste variabili, ho appena rimosso due valori anomali che puoi vedere in questo file (righe 20 e 61).
Step 2.Step 2.Passo 2. Di conseguenza, quando ho utilizzato questo metodo, la regressione tra alcune variabili è diversa. Ad esempio, la regressione tra due variabili verrebbe modificata da positiva a negativa.
Grazie mille,
Cordiali saluti,
Milad
Re: Come è possibile rimuovere la variazione di un fattore dalle risposte dei dati in un disegno fattoriale?CIAO,
È difficile rispondere dalla tua descrizione. Non sono sicuro dell'approccio che hai adottato. È possibile condividere i dati o una versione anonima? Oppure puoi illustrare cosa stai cercando di fare con uno dei set di dati di esempio JMP? Forse l'esempio "2x3x4" è simile:
Open("$SAMPLE_DATA/Design Experiment/2x3x4 Factorial.jmp")
Saluti,
Fil
Re: Come è possibile rimuovere la variazione di un fattore dalle risposte dei dati in un disegno fattoriale?Caro Phil,
Grazie mille per il tuo tempo e la chiara spiegazione.
Ho visto i link che hai citato. Penso che gli effetti di A*B e A*C e B*C sulle variabili nel mio esperimento assomiglino al progetto 2, quindi non sono ortogonali.
Potresti per favore controllare il processo che ho eseguito per rimuovere l'effetto di A dalle mie variabili?
1. Ho salvato i residui da A con ciascuna variabile.
2. Eseguo il fattoriale completo (B e C) sui residui salvati. Quindi ho salvato i residui come una nuova variabile.
Ora, l'effetto di A è stato rimosso dalle nuove variabili.
Pensi che sia corretto?
Grazie mille per il tuo tempo,
Saluti,
Milad
Re: Come è possibile rimuovere la variazione di un fattore dalle risposte dei dati in un disegno fattoriale?Sì, è possibile. Da qualsiasi modello in JMP è possibile salvare i residui, ad esempio da Stima Y per X: https://community.jmp.com/t5/Discussions/How-to-save-residuals-in-Fit-Y-by-X-platform-for-two-continuous/td-p/20608 .Puoi anche salvare i residui da Fit Model e altre piattaforme di modellazione.
È corretto? Beh, in realtà non c'è giusto o sbagliato. Devi pensare a cosa stai facendo qui. È inoltre necessario considerare quanto siano validi i dati per stimare separatamente l'effetto di A. Gli effetti di A, B e C sono ortogonali nel tuo disegno sperimentale? Vedere il mio recente post sul blog per capire cosa intendo.
Direi che è più comune includere A oltre a B e C in un modello di regressione multipla. In questo modo la variazione della biomassa dovuta ad A viene catturata dal modello e consentirà di comprendere l'effetto di B e C.
Spero che aiuti.
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