Ayuda de archivo de mapa SNP ... JMP Genomics importando datos de Illumina SNP a través de múltiples archivos<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Novato total a JMP Genomics 6.0. Tengo los datos del informe final SNP generados por el software de estudio Illumina. El conjunto de datos contiene 512 muestras totales, cada una con alrededor de 1E6 marcadores. Los archivos Final Report.txt se dividieron en 13 archivos txt. También tengo la tabla de ejemplos.csv que convertí en un archivo delimitado por tabulaciones, por lo que asumo que tengo la selección de "archivos de muestra" satisfecha.
La importación de datos para Illumina admite la extensión de múltiples archivos de genotipos, sin embargo, indica claramente que un archivo de mapa SNP es necesario cuando se seleccionan varios archivos de genotipos. Mi conjetura es ayudar a ensamblar los archivos múltiples juntos?
No puedo encontrar un ejemplo de lo que el archivo de mapas SNP (o para verificar, lo que se supone que contienen los archivos de muestra). Traté de ver si había un conjunto de datos de muestra para ayudar, pero encontré uno.
¡Cualquier ayuda es muy apreciada!
¡Gracias!
Jonathan
Re: SNP Map file help ... JMP Genomics importando datos de Illumina SNP a través de múltiples archivosHemos echado un vistazo a todo esto y parece que hay algún problema con la muestra y los archivos de mapas. Aquí es cómo puedes trabajar alrededor de todo eso. Primero, importe el informe final y establezca la columna Longitud de la identificación de la muestra en 32 en la pestaña de opciones. Usé los valores Top y rs para la importación, pero puede seleccionarlos todos si desea todos los marcadores; asegúrese de mantener el prefijo común, lo necesitará. Ejecutar la importación. Esto generará un archivo de mapa con las ID de columna (que tendrán guiones bajos) y la ID inicial (que tendrá guiones).
Abra el archivo de mapa txt y Archivo> Guardar como conjunto de datos SAS. Combinar (o Tablas> Unirse en JMP) con el archivo de mapa creado por la importación usando los nombres de columna originales como la variable coincidente. Guarde el resultado como un conjunto de datos SAS si realizó la unión en JMP y no la función de combinación de utilidades del conjunto de datos de Genomics.
Abra el archivo txt de muestras y guárdelo como un conjunto de datos sas. Use la función de combinación de utilidades del conjunto de datos para combinar esto con el archivo de marcador importado. El conjunto de datos de muestra debe ser la primera entrada en la ventana de diálogo, ya que desea que esté a la izquierda de los datos combinados.
Luego ejecute el Subconjunto / Reordenar desde Genetics Utilities. para obtener el conjunto de datos y el archivo de mapa ordenados. Tenga en cuenta que especificará los marcadores con el prefijo común como una especificación de estilo de lista. Por ejemplo, SNP_: (hay dos puntos allí).
Ponte en contacto conmigo directamente si te quedas atascado.
Re: SNP Map file help ... JMP Genomics importando datos de Illumina SNP a través de múltiples archivosAquí hay un enlace a uno de los archivos de informe final:
https://www.dropbox.com/s/wguj9t6wdnra0re/EA07060_2013-01-25_FinalReport1.txt
Sin embargo, no creo que haya ningún problema con los archivos del informe final ... Puedo crear un proyecto genómico JMP a partir de cualquiera de los archivos individuales (y no tengo que incluir una tabla de muestra ni un archivo de mapa SNP) . Así que asumí que era uno de estos dos archivos como el problema al intentar crear un proyecto con los 13 informes finales.
Déjame saber si este archivo de informe final ayuda!
Gracias dougR !!
Re: SNP Map file help ... JMP Genomics importando datos de Illumina SNP a través de múltiples archivosEl archivo de mapa se ve bien hasta donde puedo decir.
Re: SNP Map file help ... JMP Genomics importando datos de Illumina SNP a través de múltiples archivosEstá bien, puedo enviarte uno de los archivos de informe finales (a través de Dropbox)
Los archivos del informe final tienen todas las llamadas de genotipo:
| Nombre SNP | ejemplo de identificacion | Alelo1 - Arriba | Alelo2 - Arriba | Puntuación GC | Nombre de la muestra | Alelo1 - Delantero | Allele2 - Delantero | X | Y | X Raw | Y Raw |
| exm-rs10067427 | 1969-01A_02-008-1 | UNA | UNA | 0.9536 | 1969-01A_02-008-1 | UNA | UNA | 1.2 | 0.03 | 8235 | 199 |
| exm-rs10068788 | 1969-01A_02-008-1 | UNA | UNA | 0.9073 | 1969-01A_02-008-1 | UNA | UNA | 0.352 | 0.015 | 2445 | 99 |
| exm-rs1006899 | 1969-01A_02-008-1 | UNA | UNA | 0.9335 | 1969-01A_02-008-1 | UNA | UNA | 1.049 | 0.03 | 7204 | 193 |
| exm-rs10069397 | 1969-01A_02-008-1 | UNA | UNA | 0.897 | 1969-01A_02-008-1 | T | T | 0.514 | 0.049 | 3676 | 295 |
| exm-rs10071490 | 1969-01A_02-008-1 | UNA | UNA | 0.914 | 1969-01A_02-008-1 | UNA | UNA | 0.677 | 0.065 | 4664 | 321 |
| exm-rs1007358 | 1969-01A_02-008-1 | UNA | sol | 0.9287 | 1969-01A_02-008-1 | T | do | 0.675 | 0.617 | 4678 | 2626 |
Sin embargo, JMP solicita que para un conjunto de datos que abarque varios informes finales (tengo 13 en total) necesito incluir una Tabla de muestra ... Supongo que para ayudar a asignar qué archivo de informe final contiene qué muestras, ya que los archivos de FinalReport tienen los genotipos , no el archivo de muestra.
¿El archivo SNP_Map se ve bien?
Re: SNP Map file help ... JMP Genomics importando datos de Illumina SNP a través de múltiples archivosDefinitivamente necesitas los genotipos. A menudo son de formato AA, AB, BB. Además, me di cuenta de que solo hay una línea por persona. Este archivo debe contener todas las llamadas con el ID de SNP y el ID individual.
El informe final es otra opción y puede tener el formato necesario. Si desea enviarme uno por Dropbox o algún otro método, envíeme un correo electrónico directamente con la información y lo comprobaré.
Re: SNP Map file help ... JMP Genomics importando datos de Illumina SNP a través de múltiples archivosGracias doug ¿Qué valores se supone que aparecen en esa columna?
Puedo pedirle al núcleo que vuelva a exportar la tabla de muestras, pero también hay otras columnas vacías allí, ¿entonces todas necesitan valores?
Re: SNP Map file help ... JMP Genomics importando datos de Illumina SNP a través de múltiples archivosParece que la columna Genotipo no contiene ningún valor en la Tabla de muestras. Ese podría ser el problema.
Re: SNP Map file help ... JMP Genomics importando datos de Illumina SNP a través de múltiples archivos¡Cosa segura!
Puedo hacer arreglos para enviar un informe final si es necesario, 13 informes finales a 3.2 gb por informe.
Re: SNP Map file help ... JMP Genomics importando datos de Illumina SNP a través de múltiples archivosHola Jonathan, ¿hay alguna forma en que puedas compartir algunos de estos archivos para que podamos echar un vistazo?
Re: SNP Map file help ... JMP Genomics importando datos de Illumina SNP a través de múltiples archivosHola Doug
Actualicé el archivo de mapas para que solo contenga tres columnas: SNP_Name, Chr y Position. La primera fila contiene esos encabezados, las restantes 953891 filas tienen todos los datos del mapa SNP. Este es un archivo delimitado por texto, al igual que mis 13 archivos de informe final y mi archivo de tabla de muestra.
Intentando importar los datos, sigo recibiendo el mismo error:
Starting skip_header_import_2
DataFile = E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt
DataType = TAB
VarNameRow = 1
VarLabelRow = 0
UniqueVarNameFlag = 1
NOTE: UNBUFFERED is the default with RECFM=N.
NOTE: The infile "E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt" is:
Filename=E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt,
RECFM=N,LRECL=32767,File Size (bytes)=23782301,
Last Modified=18Oct2013:15:47:43,
Create Time=18Oct2013:15:47:43
NOTE: Unexpected end of file for binary input.
NOTE: DATA statement used (Total process time):
real time 1.62 seconds
cpu time 0.01 seconds
22: LINE and COLUMN cannot be determined.
17 The SAS System 15:50 Friday, October 18, 2013
NOTE 242-205: NOSPOOL is on. Rerunning with OPTION SPOOL might allow recovery of the LINE and COLUMN where the error has occurred.
ERROR 22-322: Syntax error, expecting one of the following: a name, a quoted string, a numeric constant, a datetime constant,
a missing value, INPUT, PUT.
NOTE: The SAS System stopped processing this step because of errors.
NOTE: DATA statement used (Total process time):
real time 0.03 seconds
cpu time 0.00 seconds
skipbyte to scan column name line: 0
NOTE: UNBUFFERED is the default with RECFM=N.
NOTE: The infile "E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt" is:
Filename=E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt,
RECFM=N,LRECL=256,File Size (bytes)=23782301,
Last Modified=18Oct2013:15:47:43,
Create Time=18Oct2013:15:47:43
flag=1 VarName=SNP_name columnpt=10
flag=2 VarName=Chr columnpt=14
flag=3 VarName=Position columnpt=23
flag=4 VarName=200610-179 columnpt=34
flag=5 VarName=chrY columnpt=39
flag=6 VarName=18097249 columnpt=48
flag=7 VarName=200610-298 columnpt=59
flag=8 VarName=chrY columnpt=64
flag=9 VarName=14926202 columnpt=73
flag=10 VarName=200610-303 columnpt=84
flag=11 VarName=chrY columnpt=89
flag=12 VarName=23497067 columnpt=98
Ugggh, no estoy seguro de lo que me estoy perdiendo. ¿Algunas ideas?
Si solo uso el motor de importación para un solo informe final (que no requiere un archivo de mapa SNP) funciona bien, pero necesito cargar los 13 informes finales ... así que esto me hace pensar que todavía tengo algo mal con el Archivo de mapa SNP.
¡Gracias!
Jonathan
Re: SNP Map file help ... JMP Genomics importando datos de Illumina SNP a través de múltiples archivosHola johnathan
Usted nombra las variables, SNP_Name, Chr y Position. Solo necesitas una columna de posición. Por favor, también asegúrese de que el delimitador Es el mismo que el archivo de genotipo.
Doug
Re: SNP Map file help ... JMP Genomics importando datos de Illumina SNP a través de múltiples archivosQuería proporcionar una actualización ... acercarse, creo.
Ahora tengo un archivo SNP-Map.txt, pero creo que falta algo en el archivo porque aparece el siguiente error:
ERROR 22-322: Syntax error, expecting one of the following: a name, a quoted string, a numeric constant, a datetime constant,
a missing value, INPUT, PUT.
En el archivo SNP_Map.txt desde el núcleo, no parece que haya encabezados de columna, simplemente:
line1: nombre de pista = "HumanOmniExpressExome-8v1_B"
line2: chr14 35173623 35173624 exm-rs10139660
y todos los otros SNPs en el chip.
¿Debo reordenar y poner en una línea de cabecera con algo? SNP, Chr ... ¿Cómo titularía los dos encabezados de posición?
Creo que estoy cerca
Re: SNP Map file help ... JMP Genomics importando datos de Illumina SNP a través de múltiples archivosHola Doug
Suena genial. ¡He pedido el archivo que contiene esa información y le daré una oportunidad! Además, estoy revisando esas guías ... debería ser de gran ayuda. Informará lo antes posible.
Mejor,
Jonathan
Re: SNP Map file help ... JMP Genomics importando datos de Illumina SNP a través de múltiples archivosHola johnathan
El archivo de mapa de SNP es un archivo de texto que contiene las variables de Nombre, Posición y Posición de SNP. Debería poder obtener el archivo de mapa completo para su chip en el laboratorio central.
Puede encontrar una serie de guías paso a paso para JMP Genomics aquí:
http://www.jmp.com/lifesciences-resources/resources.shtml?tab=1
Doug Robinson
JMP Especialista en Ciencias de la Vida
