SNP Map file help ... 여러 파일에 Illumina SNP 데이터를 가져 오는 JMP Genomics<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />JMP Genomics 6.0의 새로운 초보자 Illumina studio 소프트웨어에서 생성 한 SNP 최종 보고서 데이터가 있습니다. 데이터 세트에는 약 1E6 마커가있는 총 512 개의 샘플이 포함되어 있습니다. 최종 Report.txt 파일은 13 개 이상의 txt 파일로 분할되었습니다. 또한 탭으로 구분 된 파일로 변환 된 샘플 Table.csv가 있으므로 "샘플 파일"선택을 만족한다고 가정합니다.
Illumina의 데이터 가져 오기는 여러 genotype 파일을 지원하지만 여러 genotype 파일을 선택하는 경우 SNP Map 파일이 필요하다는 것을 명확하게 나타냅니다. 내 생각 엔 여러 파일을 함께 조합하는 것입니다.
SNP 맵 파일의 예제를 찾지 못했습니다 (또는 샘플 파일에 포함 된 내용을 다시 확인). 도움을받을 샘플 데이터가 있는지 확인하려고했지만 찾았습니다.
어떤 도움이라도 대단히 감사합니다!
감사!
홍옥
Re : SNP Map file help ... 여러 파일에 Illumina SNP 데이터를 가져 오는 JMP Genomics우리는이 모든 것을 살펴 봤는데 샘플과 맵 파일에 문제가있는 것 같습니다. 모든 것을 해결할 수있는 방법은 다음과 같습니다. 먼저 최종 보고서를 가져오고 옵션 탭에서 샘플 ID 길이 열을 32로 설정합니다. 가져 오기에 대해 Top과 rs 값을 사용했지만, 모든 마커를 원한다면 모두 선택할 수 있습니다 - 공통 접두사를 유지해야합니다. 필요합니다. 가져 오기를 실행하십시오. 그러면 열 ID (밑줄이 있음)와 초기 ID (대시가 있음)가있는 맵 파일이 생성됩니다.
txt 맵 파일과 파일> SAS 데이터 세트로 저장을 엽니 다. 원본 열 이름을 일치 변수로 사용하여 가져 오기로 만든 맵 파일과 병합 (또는 테이블> JMP에서 조인)합니다. Genomics 데이터 세트 유틸리티 병합 기능이 아닌 JMP에서 조인을 수행 한 경우 결과를 SAS 데이터 세트로 저장하십시오.
샘플 txt 파일을 열고 sas 데이터 세트로 저장하십시오. Data Set Utilities Merge 기능을 사용하여 가져온 마커 파일과 병합하십시오. 샘플 데이터 세트는 병합 된 데이터의 왼쪽에 원하는대로 대화 상자 창의 첫 번째 항목이어야합니다.
그런 다음 Genetics 유틸리티에서 Subset / Reorder를 실행하십시오. 데이터 집합을 가져오고 순서대로 파일을 매핑합니다. List-Style 사양으로 공통 접두어가있는 표식을 지정하게됩니다. 예 : SNP_ : (거기에 콜론이 있습니다).
네가 붙어 있다면 저에게 직접 연락하십시오.
Re : SNP Map file help ... 여러 파일에 Illumina SNP 데이터를 가져 오는 JMP Genomics다음은 최종 보고서 파일 중 하나에 대한 링크입니다.
https://www.dropbox.com/s/wguj9t6wdnra0re/EA07060_2013-01-25_FinalReport1.txt
하지만 최종 보고서 파일에 문제가 있다고 생각하지 않습니다 ... 개별 파일 중 하나에서 JMP 유전체 프로젝트를 만들 수 있습니다 (샘플 테이블 또는 SNP 맵 파일을 포함 할 필요가 없습니다) . 그래서 13 개의 최종 보고서가 모두 포함 된 프로젝트를 만들 때이 두 파일 중 하나가 문제로 간주됩니다.
최종 보고서 파일이 도움이되는지 알려주세요.
고맙습니다 dougR !!
Re : SNP Map file help ... 여러 파일에 Illumina SNP 데이터를 가져 오는 JMP Genomics내가 알 수있는 한 맵 파일은 괜찮아 보인다.
Re : SNP Map file help ... 여러 파일에 Illumina SNP 데이터를 가져 오는 JMP Genomics좋아, 최종 보고서 파일 중 하나를 보낼 수 있습니다 (보관함을 통해).
최종 보고서 파일에는 모든 유전자형 호출이 있습니다.
| SNP 이름 | 샘플 ID | Allele1 - 위로 | Allele2 - 위로 | GC 점수 | 샘플 이름 | Allele1 - 공격수 | Allele2 - 공격수 | 엑스 | 와이 | X Raw | Y Raw |
| exm-rs10067427 | 1969-01A_02-008-1 | 에이 | 에이 | 0.9536 | 1969-01A_02-008-1 | 에이 | 에이 | 1.2 | 0.03 | 8235 | 199 |
| exm-rs10068788 | 1969-01A_02-008-1 | 에이 | 에이 | 0.9073 | 1969-01A_02-008-1 | 에이 | 에이 | 0.352 | 0.015 | 2445 | 99 |
| exm-rs1006899 | 1969-01A_02-008-1 | 에이 | 에이 | 0.9335 | 1969-01A_02-008-1 | 에이 | 에이 | 1.049 | 0.03 | 7204 | 193 |
| exm-rs10069397 | 1969-01A_02-008-1 | 에이 | 에이 | 0.897 | 1969-01A_02-008-1 | 티 | 티 | 0.514 | 0.049 | 3676 | 295 |
| exm-rs10071490 | 1969-01A_02-008-1 | 에이 | 에이 | 0.914 | 1969-01A_02-008-1 | 에이 | 에이 | 0.677 | 0.065 | 4664 | 321 |
| exm-rs1007358 | 1969-01A_02-008-1 | 에이 | 지 | 0.9287 | 1969-01A_02-008-1 | 티 | 기음 | 0.675 | 0.617 | 4678 | 2626 |
그러나 JMP는 여러 개의 최종 보고서에 걸쳐있는 데이터 집합 (총 13 개가 있음)에 대해 예제 테이블을 포함해야한다고 요청합니다 ... 최종 보고서 파일에 FinalReport 파일에 genotype이 있으므로 어떤 샘플이 포함되어 있는지 지정하고 있습니다 , 샘플 파일이 아닙니다.
SNP_Map 파일이 제대로 보이나요?
Re : SNP Map file help ... 여러 파일에 Illumina SNP 데이터를 가져 오는 JMP Genomics당신은 확실히 유전자형이 필요합니다. 그들은 종종 AA, AB, BB 형식입니다. 또한, 개인당 한 줄만있는 것으로 나타났습니다. 이 파일에는 SNP ID 및 개별 ID가있는 모든 호출이 포함되어야합니다.
최종 보고서는 또 다른 옵션이며 필요한 형식을 가질 수 있습니다. 보관 용 계정이나 다른 방법으로 저를 보내려는 경우 정보로 나와 직접 이메일을 보내면 확인하겠습니다.
Re : SNP Map file help ... 여러 파일에 Illumina SNP 데이터를 가져 오는 JMP Genomics감사합니다 doug! 이 열에 어떤 값이 나타 납니까?
코어에 샘플 테이블을 다시 내보내기하라고 요청할 수 있지만 거기에 다른 빈 열도 있습니다. 그래서 모두 값이 필요합니까?
Re : SNP Map file help ... 여러 파일에 Illumina SNP 데이터를 가져 오는 JMP GenomicsGenotype 열에 샘플 테이블에 값이없는 것처럼 보입니다. 그것은 문제 일 수 있습니다.
Re : SNP Map file help ... 여러 파일에 Illumina SNP 데이터를 가져 오는 JMP Genomics확실한 것!
필자는 필요한 경우 최종 보고서를 제출할 수 있습니다. 보고서 당 3.2GB의 최종 보고서가 13 개 있습니다.
Re : SNP Map file help ... 여러 파일에 Illumina SNP 데이터를 가져 오는 JMP Genomics안녕하세요, Jonathan -이 파일 중 일부를 공유 할 수있는 방법이 있습니까?
Re : SNP Map file help ... 여러 파일에 Illumina SNP 데이터를 가져 오는 JMP Genomics하이 더그,
SNP_Name, Chr 및 Position의 세 열만 포함하도록 맵 파일을 업데이트했습니다. 첫 번째 행에는 해당 헤더가 포함되고 나머지 953891 행에는 모든 SNP 맵 데이터가 있습니다. 이것은 13 개의 최종 보고서 파일과 샘플 테이블 파일과 마찬가지로 텍스트 구분 파일입니다.
데이터를 가져 오려고해도 여전히 동일한 오류가 발생합니다.
Starting skip_header_import_2
DataFile = E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt
DataType = TAB
VarNameRow = 1
VarLabelRow = 0
UniqueVarNameFlag = 1
NOTE: UNBUFFERED is the default with RECFM=N.
NOTE: The infile "E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt" is:
Filename=E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt,
RECFM=N,LRECL=32767,File Size (bytes)=23782301,
Last Modified=18Oct2013:15:47:43,
Create Time=18Oct2013:15:47:43
NOTE: Unexpected end of file for binary input.
NOTE: DATA statement used (Total process time):
real time 1.62 seconds
cpu time 0.01 seconds
22: LINE and COLUMN cannot be determined.
17 The SAS System 15:50 Friday, October 18, 2013
NOTE 242-205: NOSPOOL is on. Rerunning with OPTION SPOOL might allow recovery of the LINE and COLUMN where the error has occurred.
ERROR 22-322: Syntax error, expecting one of the following: a name, a quoted string, a numeric constant, a datetime constant,
a missing value, INPUT, PUT.
NOTE: The SAS System stopped processing this step because of errors.
NOTE: DATA statement used (Total process time):
real time 0.03 seconds
cpu time 0.00 seconds
skipbyte to scan column name line: 0
NOTE: UNBUFFERED is the default with RECFM=N.
NOTE: The infile "E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt" is:
Filename=E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt,
RECFM=N,LRECL=256,File Size (bytes)=23782301,
Last Modified=18Oct2013:15:47:43,
Create Time=18Oct2013:15:47:43
flag=1 VarName=SNP_name columnpt=10
flag=2 VarName=Chr columnpt=14
flag=3 VarName=Position columnpt=23
flag=4 VarName=200610-179 columnpt=34
flag=5 VarName=chrY columnpt=39
flag=6 VarName=18097249 columnpt=48
flag=7 VarName=200610-298 columnpt=59
flag=8 VarName=chrY columnpt=64
flag=9 VarName=14926202 columnpt=73
flag=10 VarName=200610-303 columnpt=84
flag=11 VarName=chrY columnpt=89
flag=12 VarName=23497067 columnpt=98
Ugggh, 내가 무엇을 놓치고 있는지 확실하지 않습니다. 어떤 아이디어?
SNP 맵 파일이 필요없는 단일 최종 보고서에 가져 오기 엔진을 사용하면 정상적으로 작동하지만 13 개의 최종 보고서를 모두로드해야합니다. 이렇게하면 여전히 내가 잘못 생각한 것입니다. SNP 맵 파일.
감사!
홍옥
Re : SNP Map file help ... 여러 파일에 Illumina SNP 데이터를 가져 오는 JMP Genomics하이 존 다니
변수의 이름을 지정하면, SNP_Name, Chr 및 위치. 하나의 위치 열만 있으면됩니다. 또한 구분 기호가 유전자형 파일과 동일합니다.
더그
Re : SNP Map file help ... 여러 파일에 Illumina SNP 데이터를 가져 오는 JMP Genomics업데이 트를 제공하고자 ... 점점 가까이, 내 생각 엔.
이제 SNP-Map.txt 파일이 있지만 다음 오류가 발생하여 파일에 누락 된 부분이 있다고 생각합니다.
ERROR 22-322: Syntax error, expecting one of the following: a name, a quoted string, a numeric constant, a datetime constant,
a missing value, INPUT, PUT.
코어의 SNP_Map.txt 파일에는 열 머리글이없는 것처럼 보입니다.
line1 : 트랙 이름 = "HumanOmniExpressExome-8v1_B"
line2 : chr14 35173623 35173624 exm-rs10139660
그리고 칩상의 다른 모든 SNPs.
헤더 줄을 재정렬하고 뭔가 넣어야합니까? SNP, Chr ... 두 위치 머리글은 무엇이라고합니까?
나는 내가 가까이 있다고 생각한다.
Re : SNP Map file help ... 여러 파일에 Illumina SNP 데이터를 가져 오는 JMP Genomics하이 더그,
훌륭해. 나는 그 정보를 담고있는 파일을 요구했고 그 정보를 제공 할 것입니다! 더구나, 나는 그 가이드를 체크 아웃하고있다 ... 중대한 도움이어야한다. 최대한 빨리 다시보고 할 것입니다.
베스트,
홍옥
Re : SNP Map file help ... 여러 파일에 Illumina SNP 데이터를 가져 오는 JMP Genomics안녕하세요.
SNP 맵 파일은 SNP 이름, Chr 및 위치 변수가 들어있는 txt 파일입니다. 핵심 실험실에서 칩의 전체 맵 파일을 얻을 수 있어야합니다.
JMP Genomics에 대한 단계별 가이드는 다음에서 찾을 수 있습니다.
http://www.jmp.com/lifesciences-resources/resources.shtml?tab=1
더그 로빈슨
JMP 생명 과학 전문가
