SNP Mapファイルのヘルプ... JMP Genomicsが複数のファイルにまたがるIllumina SNPデータをインポートする<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />JMP Genomics 6.0を初心者に。私はSNPの最終報告書データをIllumina studio softwareによって生成しています。データセットには全部で512個のサンプルがあり、それぞれ約1E6のマーカーがあります。Final Report.txtファイルは13個のtxtファイルに分割されました。私はタブ区切りファイルに変換したSamples Table.csvも持っているので、"sample files"の選択を満足していると思います。
Illuminaのデータインポートは複数の遺伝子型ファイルにまたがることをサポートしていますが、複数の遺伝子型ファイルが選択されている場合はSNPマップファイルが必要であることを明確に示しています。私の推測は、複数のファイルをまとめて組み立てるのを助けることですか？
SNPマップファイルの例（またはサンプルファイルに含まれていると思われるもの）を確認できません。私は助けとなるサンプルデータセットがあるかどうか確かめようとしましたが、それを見つけました。
任意の助けは大歓迎です！
ありがとうございます。
ジョナサン
再：SNPマップファイルのヘルプ...複数のファイルにわたってイルミナのSNPデータをインポートするJMPゲノミクスこれらすべてを見てきましたが、サンプルファイルとマップファイルに問題があるようです。これがあなたがすべてのことを回避する方法です。まず、最終レポートをインポートし、オプションタブで[サンプルIDの長さ]列を32に設定します。インポートにはTopとrsの値を使用しましたが、すべてのマーカーが必要な場合はallを選択できます - 必ず共通のプレフィックスを付けてください - 必要に応じて.. インポートを実行します。これにより、列ID（アンダースコア）と初期ID（ダッシュ）が含まれたマップファイルが生成されます。
TXTマップファイルを開き、[ファイル]> [SASとして保存]データセットを選択します。元の列名をマッチング変数として使用して、インポートによって作成されたマップファイルとマージ（または[テーブル]> [JMPで結合]）します。Genomicsデータセットユーティリティのマージ機能ではなく、JMPで結合を行った場合は、結果をSASデータセットとして保存します。
サンプルのtxtファイルを開き、sasデータセットとして保存します。これをインポートしたマーカーファイルとマージするには、Data Set Utilities Merge機能を使用します。サンプルデータセットは、結合データの左側に表示するため、ダイアログウィンドウの最初のエントリになります。
次に、Genetics Utilitiesからサブセット/並べ替えを実行します。データセットとマップファイルを順番に並べます。List-Style指定として共通の接頭辞を使用してマーカーを指定することに注意してください。たとえば、SNP_ :（コロンがあります）
あなたが動けなくなったら直接私に連絡してください。
再：SNPマップファイルのヘルプ...複数のファイルにわたってイルミナのSNPデータをインポートするJMPゲノミクスこれが最終的なレポートファイルの1つへのリンクです。
https://www.dropbox.com/s/wguj9t6wdnra0re/EA07060_2013-01-25_FinalReport1.txt
最終的なレポートファイルに問題があるとは思わないが...個々のファイルからJMPゲノミクスプロジェクトを作成することができます（そしてサンプルテーブルまたはSNPマップファイルを含める必要はありません）。。そのため、13個の最終レポートすべてを含むプロジェクトを作成しようとしたときに問題になるのは、これら2つのファイルのうちの1つであると私は思いました。
この最終レポートファイルが役立つかどうかを教えてください。
ありがとうございます。
再：SNPマップファイルのヘルプ...複数のファイルにわたってイルミナのSNPデータをインポートするJMPゲノミクス私が言うことができる限り、マップファイルは素晴らしく見えます。
再：SNPマップファイルのヘルプ...複数のファイルにわたってイルミナのSNPデータをインポートするJMPゲノミクスさて、私はあなたに（dropbox経由で）最終的なレポートファイルの一つを送ることができます
最終レポートファイルには、すべての遺伝子型呼び出しがあります。
| SNP名 | サンプルID | アレル1 - トップ | アレル2 - トップ | GCスコア | サンプル名 | アレル1 - フォワード | アレル2 - フォワード | バツ | Y | X生 | Y生 |
| exm-rs10067427 | 1969-01A_02-008-1 | A | A | 0.9536 | 1969-01A_02-008-1 | A | A | 1.2 | 0.03 | 8235 | 199 |
| exm-rs10068788 | 1969-01A_02-008-1 | A | A | 0.9073 | 1969-01A_02-008-1 | A | A | 0.352 | 0.015 | 2445 | 99年 |
| exm-rs1006899 | 1969-01A_02-008-1 | A | A | 0.9335 | 1969-01A_02-008-1 | A | A | 1.049 | 0.03 | 7204 | 193 |
| exm-rs10069397 | 1969-01A_02-008-1 | A | A | 0.897 | 1969-01A_02-008-1 | T | T | 0.514 | 0.049 | 3676 | 295 |
| exm-rs10071490 | 1969-01A_02-008-1 | A | A | 0.914 | 1969-01A_02-008-1 | A | A | 0.677 | 0.065 | 4664 | 321 |
| exm-rs1007358 | 1969-01A_02-008-1 | A | G | 0.9287 | 1969-01A_02-008-1 | T | C | 0.675 | 0.617 | 4678 | 2626 |
しかし、JMPは複数の最終報告書（合計13の合計）にまたがるデータセットを要求しています。私はSample Tableを含める必要があります... FinalReportファイルには遺伝子型があるのでサンプルファイルではありません。
SNP_Mapファイルは問題ありませんか？
再：SNPマップファイルのヘルプ...複数のファイルにわたってイルミナのSNPデータをインポートするJMPゲノミクスあなたは間違いなく遺伝子型が必要です。彼らはしばしばAA、AB、BBフォーマットです。また、私は個人ごとに1行しかないことに気づきました。このファイルには、SNP IDと個々のIDを持つすべての呼び出しが含まれているはずです。
最終報告書は別の選択肢であり、必要な形式をとることができます。あなたがdropboxか他の方法で私にそれを送りたいならば、情報を私に直接メールを送ってください、そして私はそれをチェックアウトします。
再：SNPマップファイルのヘルプ...複数のファイルにわたってイルミナのSNPデータをインポートするJMPゲノミクスありがとうございます。その列にはどのような値が表示されますか？
サンプルテーブルを再エクスポートするようにコアに依頼できますが、その上に他の空の列もあります。それらすべてに値が必要ですか。
再：SNPマップファイルのヘルプ...複数のファイルにわたってイルミナのSNPデータをインポートするJMPゲノミクスサンプルテーブルのGenotype列に値が含まれていないように見えます。それが問題かもしれません。
再：SNPマップファイルのヘルプ...複数のファイルにわたってイルミナのSNPデータをインポートするJMPゲノミクス確実なこと！
私は必要ならば最終報告書、報告書あたり3.2 gbで13の最終報告書を送るように手配することができます。
再：SNPマップファイルのヘルプ...複数のファイルにわたってイルミナのSNPデータをインポートするJMPゲノミクスこんにちはジョナサン - 私たちが見てみることができるようにあなたがこれらのファイルのいくつかを共有することができる方法はありますか？
再：SNPマップファイルのヘルプ...複数のファイルにわたってイルミナのSNPデータをインポートするJMPゲノミクスこんにちはDoug、
SNP_Name、Chr、およびPositionの3つの列のみを含むようにマップファイルを更新しました。最初の行にこれらのヘッダーが含まれ、残りの953891行にすべてのSNPマップデータがあります。これは私の13の最終レポートファイルと私のサンプルテーブルファイルと同様にテキスト区切りファイルです。
データをインポートしようとしても、同じエラーが発生します。
Starting skip_header_import_2
DataFile = E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt
DataType = TAB
VarNameRow = 1
VarLabelRow = 0
UniqueVarNameFlag = 1
NOTE: UNBUFFERED is the default with RECFM=N.
NOTE: The infile "E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt" is:
Filename=E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt,
RECFM=N,LRECL=32767,File Size (bytes)=23782301,
Last Modified=18Oct2013:15:47:43,
Create Time=18Oct2013:15:47:43
NOTE: Unexpected end of file for binary input.
NOTE: DATA statement used (Total process time):
real time 1.62 seconds
cpu time 0.01 seconds
22: LINE and COLUMN cannot be determined.
17 The SAS System 15:50 Friday, October 18, 2013
NOTE 242-205: NOSPOOL is on. Rerunning with OPTION SPOOL might allow recovery of the LINE and COLUMN where the error has occurred.
ERROR 22-322: Syntax error, expecting one of the following: a name, a quoted string, a numeric constant, a datetime constant,
a missing value, INPUT, PUT.
NOTE: The SAS System stopped processing this step because of errors.
NOTE: DATA statement used (Total process time):
real time 0.03 seconds
cpu time 0.00 seconds
skipbyte to scan column name line: 0
NOTE: UNBUFFERED is the default with RECFM=N.
NOTE: The infile "E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt" is:
Filename=E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt,
RECFM=N,LRECL=256,File Size (bytes)=23782301,
Last Modified=18Oct2013:15:47:43,
Create Time=18Oct2013:15:47:43
flag=1 VarName=SNP_name columnpt=10
flag=2 VarName=Chr columnpt=14
flag=3 VarName=Position columnpt=23
flag=4 VarName=200610-179 columnpt=34
flag=5 VarName=chrY columnpt=39
flag=6 VarName=18097249 columnpt=48
flag=7 VarName=200610-298 columnpt=59
flag=8 VarName=chrY columnpt=64
flag=9 VarName=14926202 columnpt=73
flag=10 VarName=200610-303 columnpt=84
flag=11 VarName=chrY columnpt=89
flag=12 VarName=23497067 columnpt=98
うわー、私が欠けているものがわからない。何か案は？
単一の最終レポート（SNPマップファイルを必要としない）にインポートエンジンを使用するだけではうまくいきますが、13個すべての最終レポートをロードする必要があります。SNPマップファイル
ありがとうございます。
ジョナサン
再：SNPマップファイルのヘルプ...複数のファイルにわたってイルミナのSNPデータをインポートするJMPゲノミクスこんにちはジョナサン
あなたは変数に名前を付けます、 SNP_Name、Chr、およびPosition。ポジション列は1つだけ必要です。区切り文字も忘れずに遺伝子型ファイルと同じです。
ダグ
再：SNPマップファイルのヘルプ...複数のファイルにわたってイルミナのSNPデータをインポートするJMPゲノミクスアップデートを提供したいと思っていました…もっと近くなってきたと思います。
私は今SNP-Map.txtファイルを持っています、しかし、私は以下のエラーを受け取るので私はファイルに足りないものがあると思います：
ERROR 22-322: Syntax error, expecting one of the following: a name, a quoted string, a numeric constant, a datetime constant,
a missing value, INPUT, PUT.
コアのSNP_Map.txtファイルでは、列ヘッダーがあるようには見えません。
line1：トラック名= "HumanOmniExpressExome-8v1_B"
line2：chr14 35173623 35173624 exm-rs10139660
そしてチップ上の他のすべてのSNP。
並べ替えてヘッダー行を追加する必要がありますか。SNP、Chr ... 2つのポジションヘッダにタイトルを付けますか？
私は近いと思います
再：SNPマップファイルのヘルプ...複数のファイルにわたってイルミナのSNPデータをインポートするJMPゲノミクスこんにちはDoug、
いいね。私はその情報を含むファイルを要求しました。また、私はそれらのガイドをチェックしています...大きな助けになるはずです。できるだけ早く報告します。
ベスト、
ジョナサン
再：SNPマップファイルのヘルプ...複数のファイルにわたってイルミナのSNPデータをインポートするJMPゲノミクスこんにちはジョナサン。
SNPマップファイルは、SNP Name、Chr、およびPosition変数を含むtxtファイルです。あなたはあなたのチップの完全なマップファイルをコアラボから手に入れることができるはずです。
JMP Genomicsのステップバイステップガイドは、次のとおりです。
http://www.jmp.com/lifesciences-resources/resources.shtml?tab=1
ダグロビンソン
JMPライフサイエンススペシャリスト
