Guida ai file SNP Map ... JMP Genomics che importa dati SNP Illumina su più file<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Newbie totale a JMP Genomics 6.0. Ho i dati del rapporto finale SNP generati dal software di studio Illumina. Il set di dati contiene 512 campioni totali, ciascuno con circa 1e6 marker. I file Final Report.txt sono stati suddivisi su 13 file txt. Ho anche gli esempi Table.csv che ho convertito in un file delimitato da tabulazioni, quindi presumo di avere la selezione dei "file di esempio" soddisfatta.
L'importazione dei dati per Illumina supporta più file di genotipo, tuttavia indica chiaramente che un file di mappa SNP è necessario quando vengono selezionati più file di genotipo. La mia ipotesi è di aiutare a assemblare i file multipli insieme?
Non riesco a trovare un esempio di cosa sia il file Mappa SNP (o per ricontrollare ciò che i File di Esempio dovrebbero contenere). Ho provato a vedere se c'era un set di dati di esempio da aiutare, ma ne ho trovato uno.
Qualsiasi aiuto è molto apprezzato!
Grazie!
Jonathan
Ri: Guida ai file SNP Map ... JMP Genomics che importa dati SNP Illumina su più fileAbbiamo dato un'occhiata a tutto questo e sembra esserci qualche problema con l'esempio ei file della mappa. Ecco come puoi risolvere tutto ciò. Innanzitutto, importare il report finale e impostare la colonna Length of Sample ID su 32 nella scheda delle opzioni. Ho usato Top e i valori rs per l'importazione, ma puoi selezionare tutto se vuoi tutti i marcatori - assicurati solo di mantenere il prefisso comune - ne avrai bisogno .. Esegui l'importazione. Questo genererà un file di mappa con gli ID di colonna (che avranno underscore) e l'ID iniziale (che avrà trattini).
Aprire il file della mappa txt e File> Salva come set di dati SAS. Unisci (o Tabelle> Unisci in JMP) con il file di mappa creato dall'importazione utilizzando i nomi delle colonne originali come variabile corrispondente. Salva il risultato come set di dati SAS se hai eseguito il join in JMP e non la funzione di unione di utilità di set di dati Genomics.
Apri il file txt di esempio e salva come set di dati sas. Utilizzare la funzione Unisci Utilità set di dati per unire questo con il file marker importato. Il set di dati di esempio dovrebbe essere la prima voce nella finestra di dialogo come desideri quella a sinistra dei dati uniti.
Quindi esegui il sottoinsieme / riordino da Genetics Utilities. per ottenere il set di dati e il file di mappa ordinato. Si noti che si specificheranno i marcatori con il prefisso comune come una specifica stile elenco. Ad esempio, SNP_: (c'è un colon lì).
Contattami direttamente se rimani bloccato.
Ri: Guida ai file SNP Map ... JMP Genomics che importa dati SNP Illumina su più fileEcco un link a uno dei file di rapporto finali:
https://www.dropbox.com/s/wguj9t6wdnra0re/EA07060_2013-01-25_FinalReport1.txt
Non penso che ci sia qualcosa di sbagliato nei file di rapporto finali, anche se ... Posso creare un progetto di genomica JMP da uno qualsiasi dei singoli file (e non devo includere né una tabella di esempio né un file di mappa SNP) . Quindi stavo assumendo che fosse uno di questi due file come il problema quando si cercava di creare un progetto con tutti e 13 i report finali.
Fammi sapere se questo file di report finale aiuta!
Grazie dougR !!
Ri: Guida ai file SNP Map ... JMP Genomics che importa dati SNP Illumina su più fileIl file della mappa sembra a posto per quanto posso dire.
Ri: Guida ai file SNP Map ... JMP Genomics che importa dati SNP Illumina su più fileOk, posso inviarti uno dei file di rapporto finali (via dropbox)
I file di report finali hanno tutte le chiamate genotype:
| Nome SNP | ID campione | Allele1 - Top | Allele2 - Top | Punteggio GC | Nome del campione | Allele1 - Avanti | Allele2 - Avanti | X | Y | X Raw | Y Raw |
| EXM-rs10067427 | 1969-01A_02-008-1 | UN | UN | 0,9536 | 1969-01A_02-008-1 | UN | UN | 1.2 | 0.03 | 8235 | 199 |
| EXM-rs10068788 | 1969-01A_02-008-1 | UN | UN | 0,9073 | 1969-01A_02-008-1 | UN | UN | 0,352 | 0,015 | 2445 | 99 |
| EXM-rs1006899 | 1969-01A_02-008-1 | UN | UN | 0,9335 | 1969-01A_02-008-1 | UN | UN | 1.049 | 0.03 | 7204 | 193 |
| EXM-rs10069397 | 1969-01A_02-008-1 | UN | UN | 0,897 | 1969-01A_02-008-1 | T | T | 0,514 | 0,049 | 3676 | 295 |
| EXM-rs10071490 | 1969-01A_02-008-1 | UN | UN | 0,914 | 1969-01A_02-008-1 | UN | UN | 0,677 | 0,065 | 4664 | 321 |
| EXM-rs1007358 | 1969-01A_02-008-1 | UN | sol | 0,9287 | 1969-01A_02-008-1 | T | C | 0.675 | 0,617 | 4678 | 2626 |
Tuttavia, JMP chiede che per un set di dati che si estende su più report finali (ho un totale di 13) ho bisogno di includere una tabella di esempio ... presumo che contribuisca ad assegnare quale file di report finale contiene quali campioni poiché i file di FinalReport hanno i genotipi , non il file di esempio.
Il file SNP_Map sembra a posto?
Ri: Guida ai file SNP Map ... JMP Genomics che importa dati SNP Illumina su più fileHai decisamente bisogno dei Genotypes. Sono spesso in formato AA, AB, BB. Inoltre, ho notato che c'è solo una riga per individuo. Questo file dovrebbe contenere tutte le chiamate con l'ID SNP e il singolo ID.
Il report finale è un'altra opzione e potrebbe avere il formato necessario. Se vuoi inviarne uno a me tramite dropbox o un altro metodo, invia un'email a me direttamente con le informazioni e io verificherò.
Ri: Guida ai file SNP Map ... JMP Genomics che importa dati SNP Illumina su più fileGrazie doug! Quali valori dovrebbero apparire in quella colonna?
Posso chiedere al core di riesportare la Tabella degli esempi, ma ci sono anche altre colonne vuote, quindi hanno tutti bisogno di valori?
Ri: Guida ai file SNP Map ... JMP Genomics che importa dati SNP Illumina su più fileSembra che la colonna Genotype non contenga alcun valore nella tabella degli esempi. Quello potrebbe essere il problema.
Ri: Guida ai file SNP Map ... JMP Genomics che importa dati SNP Illumina su più fileCosa certa!
Posso organizzare l'invio di una relazione finale, se necessario, 13 rapporti finali a 3,2 gb per rapporto.
Ri: Guida ai file SNP Map ... JMP Genomics che importa dati SNP Illumina su più fileCiao Jonathan: c'è un modo per condividere alcuni di questi file in modo da poter dare un'occhiata?
Ri: Guida ai file SNP Map ... JMP Genomics che importa dati SNP Illumina su più fileCiao Doug,
Ho aggiornato il file della mappa per contenere solo tre colonne: SNP_Name, Chr e Posizione. La prima riga contiene quelle intestazioni, le restanti 953891 righe hanno tutti i dati della mappa SNP. Questo è un file delimitato da testo come lo sono i miei 13 file di rapporto finali e il mio file di tabella di esempio.
Cercando di importare i dati, ho ancora lo stesso errore:
Starting skip_header_import_2
DataFile = E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt
DataType = TAB
VarNameRow = 1
VarLabelRow = 0
UniqueVarNameFlag = 1
NOTE: UNBUFFERED is the default with RECFM=N.
NOTE: The infile "E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt" is:
Filename=E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt,
RECFM=N,LRECL=32767,File Size (bytes)=23782301,
Last Modified=18Oct2013:15:47:43,
Create Time=18Oct2013:15:47:43
NOTE: Unexpected end of file for binary input.
NOTE: DATA statement used (Total process time):
real time 1.62 seconds
cpu time 0.01 seconds
22: LINE and COLUMN cannot be determined.
17 The SAS System 15:50 Friday, October 18, 2013
NOTE 242-205: NOSPOOL is on. Rerunning with OPTION SPOOL might allow recovery of the LINE and COLUMN where the error has occurred.
ERROR 22-322: Syntax error, expecting one of the following: a name, a quoted string, a numeric constant, a datetime constant,
a missing value, INPUT, PUT.
NOTE: The SAS System stopped processing this step because of errors.
NOTE: DATA statement used (Total process time):
real time 0.03 seconds
cpu time 0.00 seconds
skipbyte to scan column name line: 0
NOTE: UNBUFFERED is the default with RECFM=N.
NOTE: The infile "E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt" is:
Filename=E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt,
RECFM=N,LRECL=256,File Size (bytes)=23782301,
Last Modified=18Oct2013:15:47:43,
Create Time=18Oct2013:15:47:43
flag=1 VarName=SNP_name columnpt=10
flag=2 VarName=Chr columnpt=14
flag=3 VarName=Position columnpt=23
flag=4 VarName=200610-179 columnpt=34
flag=5 VarName=chrY columnpt=39
flag=6 VarName=18097249 columnpt=48
flag=7 VarName=200610-298 columnpt=59
flag=8 VarName=chrY columnpt=64
flag=9 VarName=14926202 columnpt=73
flag=10 VarName=200610-303 columnpt=84
flag=11 VarName=chrY columnpt=89
flag=12 VarName=23497067 columnpt=98
Ugggh, non sono sicuro di cosa mi manchi. Qualche idea?
Se utilizzo il motore di importazione solo per un singolo report finale (che non richiede un file di mappa SNP) funziona correttamente, ma ho bisogno di caricare tutti i 13 rapporti finali ... quindi questo mi fa pensare ancora a qualcosa di sbagliato File di mappa SNP.
Grazie!
Jonathan
Ri: Guida ai file SNP Map ... JMP Genomics che importa dati SNP Illumina su più fileCiao Johnathan
Tu dai il nome alle variabili, SNP_Name, Chr e Posizione. Hai solo bisogno di una colonna di posizione. Assicurati anche che il delimitatore è uguale al file genotype.
Doug
Ri: Guida ai file SNP Map ... JMP Genomics che importa dati SNP Illumina su più fileVolevo fornire un aggiornamento ... avvicinandomi, penso.
Ora ho un file SNP-Map.txt, ma penso che manchi qualcosa nel file quando ottengo il seguente errore:
ERROR 22-322: Syntax error, expecting one of the following: a name, a quoted string, a numeric constant, a datetime constant,
a missing value, INPUT, PUT.
Nel file SNP_Map.txt dal nucleo non sembra che ci siano intestazioni di colonna, semplicemente:
line1: track name = "HumanOmniExpressExome-8v1_B"
line2: chr14 35173623 35173624 exm-rs10139660
e tutti gli altri SNP sul chip.
Devo riordinare e inserire una riga di intestazione con qualcosa? SNP, Chr ... cosa dovrei intitolare le due intestazioni di posizione?
Penso di essere vicino
Ri: Guida ai file SNP Map ... JMP Genomics che importa dati SNP Illumina su più fileCiao Doug,
Sembra fantastico. Ho chiesto il file che contiene quelle informazioni e gli daremo un colpo! Inoltre, sto controllando quelle guide ... dovrebbe essere di grande aiuto. Segnalerà al più presto.
Migliore,
Jonathan
Ri: Guida ai file SNP Map ... JMP Genomics che importa dati SNP Illumina su più fileCiao Johnathan.
Il file di mappa SNP è un file txt che contiene le variabili Nome SNP, Chr e Posizione. Dovresti essere in grado di ottenere il file di mappa completo per il tuo chip dal laboratorio principale.
Qui puoi trovare una serie di guide dettagliate per Genomics JMP:
http://www.jmp.com/lifesciences-resources/resources.shtml?tab=1
Doug Robinson
Specialista in scienze biologiche di JMP
