Hilfe zur SNP-Map-Datei ... JMP Genomics importiert Illumina SNP-Daten in mehreren Dateien<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Gesamtneuling in JMP Genomics 6.0. Ich habe die SNP-Abschlussberichtdaten, die von der Illumina Studio-Software generiert wurden. Der Datensatz enthält insgesamt 512 Samples mit jeweils etwa 1E6-Markern. Die Final Report.txt-Dateien wurden auf 13 TXT-Dateien aufgeteilt. Ich habe auch die Samples Table.csv, die ich in eine durch Tabulatoren getrennte Datei konvertiert habe, daher gehe ich davon aus, dass ich die Auswahl "Beispieldateien" zufrieden gestellt habe.
Der Datenimport für Illumina unterstützt mehrere Genotypdateien, deutet jedoch eindeutig darauf hin, dass eine SNP-Zuordnungsdatei erforderlich ist, wenn mehrere Genotypdateien ausgewählt werden. Meine Vermutung ist, beim Zusammenstellen der mehreren Dateien zu helfen?
Ich kann kein Beispiel finden, was die SNP-Zuordnungsdatei enthält (oder um zu überprüfen, was die Beispieldateien enthalten sollen). Ich habe versucht zu sehen, ob es einen Beispieldatensatz gibt, der hilft, aber ich habe einen gefunden.
Jede Hilfe wird sehr geschätzt!
Vielen Dank!
Jonathan
Betreff: Hilfe zur SNP-Map-Datei ... JMP Genomics importiert Illumina SNP-Daten in mehreren DateienWir haben uns all das angesehen und es scheint ein Problem mit dem Beispiel und den Map-Dateien zu geben. So können Sie das umgehen. Importieren Sie zuerst den Abschlussbericht und setzen Sie die Spalte Länge der Proben-ID auf der Registerkarte Optionen auf 32. Ich habe Top- und rs-Werte für den Import verwendet, aber Sie können alle auswählen, wenn Sie alle Markierungen verwenden möchten. Achten Sie darauf, dass Sie das allgemeine Präfix beibehalten. Sie werden es brauchen. Führen Sie den Import aus. Dadurch wird eine Zuordnungsdatei mit den Spalten-IDs (mit Unterstrichen) und der Anfangs-ID (mit Strichen) erstellt.
Öffnen Sie die TXT-Map-Datei und wählen Sie Datei> Als SAS-Datensatz speichern. Zusammenführen (oder Tabellen> Join in JMP) mit der durch den Import erstellten Zuordnungsdatei, wobei die ursprünglichen Spaltennamen als übereinstimmende Variable verwendet werden. Speichern Sie das Ergebnis als SAS-Datensatz, wenn Sie in JMP und nicht in der Zusammenführungsfunktion der Genomics-Datensatz-Dienstprogramme beigetreten sind.
Öffnen Sie die Beispieltextdatei und speichern Sie sie als sas-Datensatz. Verwenden Sie die Funktion zum Zusammenführen der Datensatz-Dienstprogramme, um diese mit der importierten Markierungsdatei zusammenzuführen. Der Beispieldatensatz sollte der erste Eintrag in das Dialogfenster sein, der sich links neben den zusammengeführten Daten befindet.
Führen Sie dann das Subset / Reorder von den Genetics-Dienstprogrammen aus. um den Datensatz und die Kartendatei zu ordnen. Beachten Sie, dass Sie die Markierungen mit dem allgemeinen Präfix als List-Style-Spezifikation angeben. ZB SNP_: (dort ist ein Doppelpunkt).
Kontaktieren Sie mich direkt, wenn Sie nicht weiterkommen.
Betreff: Hilfe zur SNP-Map-Datei ... JMP Genomics importiert Illumina SNP-Daten in mehreren DateienHier ist ein Link zu einer der Abschlussberichtdateien:
https://www.dropbox.com/s/wguj9t6wdnra0re/EA07060_2013-01-25_FinalReport1.txt
Ich glaube nicht, dass mit den endgültigen Berichtsdateien irgendetwas nicht stimmt. Ich kann aus jeder einzelnen Datei ein JMP-Genomics-Projekt erstellen (und ich muss weder eine Beispieltabelle noch eine SNP-Zuordnungsdatei hinzufügen.) . Ich ging also davon aus, dass es sich um eine dieser beiden Dateien handelte, wenn man versuchte, ein Projekt mit allen 13 Abschlussberichten zu erstellen.
Lassen Sie mich wissen, ob diese Abschlussberichtdatei hilfreich ist!
Vielen Dank, dass Sie !!
Betreff: Hilfe zur SNP-Map-Datei ... JMP Genomics importiert Illumina SNP-Daten in mehreren DateienDie Kartendatei sieht gut aus, soweit ich das beurteilen kann.
Betreff: Hilfe zur SNP-Map-Datei ... JMP Genomics importiert Illumina SNP-Daten in mehreren DateienOkay, ich kann Ihnen eine der endgültigen Berichtsdateien senden (via Dropbox)
Die Abschlussberichtdateien enthalten alle Genotyp-Aufrufe:
| SNP-Name | Proben-ID | Allele1 - Spitze | Allele2 - Spitze | GC Score | Probenname | Allele1 - Weiterleiten | Allele2 - Weiterleiten | X | Y | X Raw | Y roh |
| exm-rs10067427 | 1969-01A_02-008-1 | EIN | EIN | 0,9536 | 1969-01A_02-008-1 | EIN | EIN | 1.2 | 0,03 | 8235 | 199 |
| exm-rs10068788 | 1969-01A_02-008-1 | EIN | EIN | 0,9073 | 1969-01A_02-008-1 | EIN | EIN | 0,352 | 0,015 | 2445 | 99 |
| exm-rs1006899 | 1969-01A_02-008-1 | EIN | EIN | 0,9335 | 1969-01A_02-008-1 | EIN | EIN | 1,049 | 0,03 | 7204 | 193 |
| exm-rs10069397 | 1969-01A_02-008-1 | EIN | EIN | 0,897 | 1969-01A_02-008-1 | T | T | 0,514 | 0,049 | 3676 | 295 |
| exm-rs10071490 | 1969-01A_02-008-1 | EIN | EIN | 0,914 | 1969-01A_02-008-1 | EIN | EIN | 0,677 | 0,065 | 4664 | 321 |
| exm-rs1007358 | 1969-01A_02-008-1 | EIN | G | 0,9287 | 1969-01A_02-008-1 | T | C | 0,675 | 0,617 | 4678 | 2626 |
JMP fragt jedoch, dass für ein Dataset, das mehrere Abschlussberichte umfasst (ich habe insgesamt 13), ich eine Beispieltabelle hinzufügen muss ... Ich gehe vermutlich davon aus, zu helfen, welche Abschlussberichtdatei welche Proben enthält, da die FinalReport-Dateien die Genotypen aufweisen , nicht die Beispieldatei.
Sieht die SNP_Map-Datei in Ordnung aus?
Betreff: Hilfe zur SNP-Map-Datei ... JMP Genomics importiert Illumina SNP-Daten in mehreren DateienDu brauchst definitiv die Genotypen. Sie haben oft das Format AA, AB, BB. Ich habe auch bemerkt, dass es nur eine Zeile pro Person gibt. Diese Datei sollte alle Anrufe mit der SNP-ID und der individuellen ID enthalten.
Der Abschlussbericht ist eine weitere Option und kann das erforderliche Format haben. Wenn Sie mir eine per Dropbox oder eine andere Methode senden möchten, senden Sie mir eine E-Mail mit den Informationen direkt an mich, und ich werde sie mir ansehen.
Betreff: Hilfe zur SNP-Map-Datei ... JMP Genomics importiert Illumina SNP-Daten in mehreren DateienDanke doug! Welche Werte sollen in dieser Spalte erscheinen?
Ich kann den Core bitten, die Samples-Tabelle erneut zu exportieren, aber gibt es auch andere leere Spalten dort, brauchen sie also alle Werte?
Betreff: Hilfe zur SNP-Map-Datei ... JMP Genomics importiert Illumina SNP-Daten in mehreren DateienEs sieht so aus, als ob die Genotype-Spalte keine Werte in der Samples Table enthält. Das könnte das Problem sein.
Betreff: Hilfe zur SNP-Map-Datei ... JMP Genomics importiert Illumina SNP-Daten in mehreren DateienSichere Sache!
Ich kann veranlassen, bei Bedarf einen Abschlussbericht zu senden, 13 Abschlussberichte zu 3,2 GB pro Bericht.
Betreff: Hilfe zur SNP-Map-Datei ... JMP Genomics importiert Illumina SNP-Daten in mehreren DateienHallo Jonathan, gibt es eine Möglichkeit, einige dieser Dateien zu teilen, damit wir einen Blick darauf werfen können?
Betreff: Hilfe zur SNP-Map-Datei ... JMP Genomics importiert Illumina SNP-Daten in mehreren DateienHi Doug,
Ich habe die Map-Datei so aktualisiert, dass sie nur drei Spalten enthält: SNP_Name, Chr und Position. Die erste Zeile enthält diese Header, die restlichen 953891-Zeilen enthalten alle SNP-Kartendaten. Dies ist eine durch Text begrenzte Datei, ebenso wie meine 13 Abschlussberichtdateien und meine Beispieltabellendatei.
Beim Versuch, die Daten zu importieren, erhalte ich immer noch den gleichen Fehler:
Starting skip_header_import_2
DataFile = E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt
DataType = TAB
VarNameRow = 1
VarLabelRow = 0
UniqueVarNameFlag = 1
NOTE: UNBUFFERED is the default with RECFM=N.
NOTE: The infile "E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt" is:
Filename=E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt,
RECFM=N,LRECL=32767,File Size (bytes)=23782301,
Last Modified=18Oct2013:15:47:43,
Create Time=18Oct2013:15:47:43
NOTE: Unexpected end of file for binary input.
NOTE: DATA statement used (Total process time):
real time 1.62 seconds
cpu time 0.01 seconds
22: LINE and COLUMN cannot be determined.
17 The SAS System 15:50 Friday, October 18, 2013
NOTE 242-205: NOSPOOL is on. Rerunning with OPTION SPOOL might allow recovery of the LINE and COLUMN where the error has occurred.
ERROR 22-322: Syntax error, expecting one of the following: a name, a quoted string, a numeric constant, a datetime constant,
a missing value, INPUT, PUT.
NOTE: The SAS System stopped processing this step because of errors.
NOTE: DATA statement used (Total process time):
real time 0.03 seconds
cpu time 0.00 seconds
skipbyte to scan column name line: 0
NOTE: UNBUFFERED is the default with RECFM=N.
NOTE: The infile "E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt" is:
Filename=E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt,
RECFM=N,LRECL=256,File Size (bytes)=23782301,
Last Modified=18Oct2013:15:47:43,
Create Time=18Oct2013:15:47:43
flag=1 VarName=SNP_name columnpt=10
flag=2 VarName=Chr columnpt=14
flag=3 VarName=Position columnpt=23
flag=4 VarName=200610-179 columnpt=34
flag=5 VarName=chrY columnpt=39
flag=6 VarName=18097249 columnpt=48
flag=7 VarName=200610-298 columnpt=59
flag=8 VarName=chrY columnpt=64
flag=9 VarName=14926202 columnpt=73
flag=10 VarName=200610-303 columnpt=84
flag=11 VarName=chrY columnpt=89
flag=12 VarName=23497067 columnpt=98
Ugggh, nicht sicher, was mir fehlt. Irgendwelche Ideen?
Wenn ich nur die Import-Engine für einen einzelnen Abschlussbericht verwende (für den keine SNP-Zuordnungsdatei erforderlich ist), funktioniert das einwandfrei, aber ich muss alle 13 Abschlussberichte laden. Daher bin ich der Meinung, dass ich mit dem Fehler etwas falsch gemacht habe SNP-Kartendatei
Vielen Dank!
Jonathan
Betreff: Hilfe zur SNP-Map-Datei ... JMP Genomics importiert Illumina SNP-Daten in mehreren DateienHallo Johnathan
Sie nennen die Variablen, SNP_Name, Chr und Position. Sie benötigen nur eine Positionsspalte. Bitte stellen Sie auch sicher, dass das Trennzeichen ist das gleiche wie die Genotyp-Datei.
Doug
Betreff: Hilfe zur SNP-Map-Datei ... JMP Genomics importiert Illumina SNP-Daten in mehreren DateienWollte ein Update zur Verfügung stellen ... näher kommen, denke ich.
Ich habe jetzt eine SNP-Map.txt-Datei, aber meiner Meinung nach fehlt etwas in der Datei, wenn ich die folgende Fehlermeldung bekomme:
ERROR 22-322: Syntax error, expecting one of the following: a name, a quoted string, a numeric constant, a datetime constant,
a missing value, INPUT, PUT.
In der Datei SNP_Map.txt aus dem Kern sieht es nicht so aus, als ob es Spaltenüberschriften gibt, einfach:
line1: track name = "HumanOmniExpressExome-8v1_B"
line2: chr14 35173623 35173624 exm-rs10139660
und alle anderen SNPs auf dem Chip.
Soll ich etwas neu ordnen und in eine Kopfzeile einfügen? SNP, Chr ... wie würde ich die beiden Positionsüberschriften nennen?
Ich glaube ich bin nah dran
Betreff: Hilfe zur SNP-Map-Datei ... JMP Genomics importiert Illumina SNP-Daten in mehreren DateienHi Doug,
Klingt gut. Ich habe nach der Datei gefragt, die diese Informationen enthält, und werde es versuchen! Ich überprüfe auch diese Guides ... sollte eine große Hilfe sein. Meldet sich so schnell wie möglich.
Beste,
Jonathan
Betreff: Hilfe zur SNP-Map-Datei ... JMP Genomics importiert Illumina SNP-Daten in mehreren DateienHallo Johnathan.
Die SNP-Zuordnungsdatei ist eine TXT-Datei, die die Variablen SNP-Name, Chr und Position enthält. Sie sollten in der Lage sein, die vollständige Kartendatei für Ihren Chip vom Kernlabor zu erhalten.
Eine Reihe von Schritt-für-Schritt-Anleitungen für JMP Genomics finden Sie hier:
http://www.jmp.com/lifesciences-resources/resources.shtml?tab=1
Doug Robinson
JMP Life Sciences Specialist
