Aide sur les fichiers de carte SNP ... JMP Genomics importe des données SNP Illumina sur plusieurs fichiers<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Total débutant à JMP Genomics 6.0. J'ai les données du rapport final SNP générées par le logiciel de studio Illumina. L'ensemble de données contient 512 échantillons au total, chacun avec environ 1E6 marqueurs. Les fichiers Final Report.txt ont été divisés en 13 fichiers txt. J'ai également le fichier Samples Table.csv que j'ai converti en fichier délimité par des tabulations. Je suppose donc que la sélection des "exemples de fichiers" est satisfaite.
L'importation de données pour Illumina prend en charge plusieurs fichiers de génotype, mais indique clairement qu'un fichier de carte SNP est nécessaire lorsque plusieurs fichiers de génotype sont sélectionnés. Mon hypothèse est d'aider à assembler les fichiers multiples ensemble?
Je ne trouve pas d'exemple de ce que le fichier de carte SNP (ou pour vérifier, ce que les fichiers d'exemple sont supposés contenir). J'ai essayé de voir s'il existait un échantillon de données pour vous aider, mais j'en ai trouvé un.
Toute aide est grandement appréciée!
Merci!
Jonathan
Aide du fichier de carte SNP ... Importation de données SNP Illumina par JMP Genomics dans plusieurs fichiersNous avons examiné tout cela et il semble y avoir un problème avec l'échantillon et les fichiers de carte. Voici comment vous pouvez contourner tout cela. Commencez par importer le rapport final et définissez la colonne Longueur de l'ID d'échantillon sur 32 dans l'onglet Options. J'ai utilisé les valeurs Top et les valeurs rs pour l'importation, mais vous pouvez tout sélectionner si vous voulez tous les marqueurs - assurez-vous de conserver le préfixe commun - vous en aurez besoin .. Exécutez l'importation. Cela générera un fichier de carte avec les identifiants de colonne (qui auront des traits de soulignement) et l'ID initial (qui comportera des tirets).
Ouvrez le fichier de carte txt et Fichier> Enregistrer en tant que fichier SAS. Fusionnez (ou Tables> Joindre dans JMP) avec le fichier de mappage créé par l'importation en utilisant les noms de colonne d'origine en tant que variable correspondante. Enregistrez le résultat en tant que fichier SAS si vous avez effectué la jointure dans JMP et non la fonction de fusion des utilitaires de jeu de données Genomics.
Ouvrez le fichier txt des exemples et enregistrez-le en tant que jeu de données sas. Utilisez la fonction Fusionner les utilitaires de jeu de données pour le fusionner avec le fichier de marqueur importé. Le jeu de données exemple doit être la première entrée de la fenêtre de dialogue, comme vous le souhaitez, à gauche des données fusionnées.
Ensuite, exécutez le sous-ensemble / réorganiser à partir des utilitaires de génétique. pour obtenir le jeu de données et le fichier de carte commandé. Notez que vous allez spécifier les marqueurs avec le préfixe commun en tant que spécification List-Style. Par exemple, SNP_: (il y a un colon).
Contactez-moi directement si vous êtes bloqué.
Aide du fichier de carte SNP ... Importation de données SNP Illumina par JMP Genomics dans plusieurs fichiersVoici un lien vers l'un des fichiers de rapport final:
https://www.dropbox.com/s/wguj9t6wdnra0re/EA07060_2013-01-25_FinalReport1.txt
Cependant, je ne pense pas que les fichiers de rapport final présentent un problème… Je peux créer un projet de génomique JMP à partir de n'importe quel fichier (et je n'ai pas besoin d'inclure un exemple de table ni de fichier de carte SNP) . Je pensais donc que c’était l’un des deux fichiers qui posait problème en essayant de créer un projet avec les 13 rapports finaux.
Faites-moi savoir si ce fichier de rapport final aide!
Merci dougr !!
Aide du fichier de carte SNP ... Importation de données SNP Illumina par JMP Genomics dans plusieurs fichiersLe fichier de carte a l'air bien pour autant que je sache.
Aide du fichier de carte SNP ... Importation de données SNP Illumina par JMP Genomics dans plusieurs fichiersD'accord, je peux vous envoyer l'un des fichiers du rapport final (via la boîte de dépôt)
Les fichiers de rapport final contiennent tous les appels de génotype:
| Nom du SNP | ID échantillon | Allele1 - Haut | Allele2 - Haut | Score GC | Nom de l'échantillon | Allele1 - Forward | Allele2 - Transférer | X | Y | X Raw | Y Raw |
| exm-rs10067427 | 1969-01A_02-008-1 | UNE | UNE | 0.9536 | 1969-01A_02-008-1 | UNE | UNE | 1.2 | 0,03 | 8235 | 199 |
| exm-rs10068788 | 1969-01A_02-008-1 | UNE | UNE | 0.9073 | 1969-01A_02-008-1 | UNE | UNE | 0,352 | 0,015 | 2445 | 99 |
| exm-rs1006899 | 1969-01A_02-008-1 | UNE | UNE | 0,9335 | 1969-01A_02-008-1 | UNE | UNE | 1,049 | 0,03 | 7204 | 193 |
| exm-rs10069397 | 1969-01A_02-008-1 | UNE | UNE | 0,897 | 1969-01A_02-008-1 | T | T | 0,514 | 0,049 | 3676 | 295 |
| exm-rs10071490 | 1969-01A_02-008-1 | UNE | UNE | 0,914 | 1969-01A_02-008-1 | UNE | UNE | 0,677 | 0,065 | 4664 | 321 |
| exm-rs1007358 | 1969-01A_02-008-1 | UNE | g | 0,9287 | 1969-01A_02-008-1 | T | C | 0,675 | 0,617 | 4678 | 2626 |
Cependant, JMP demande que pour un jeu de données couvrant plusieurs rapports finaux (sur un total de 13), je dois inclure un exemple de tableau ... Je suppose que je peux aider à assigner quel fichier de rapport final contient quels échantillons puisque les fichiers FinalReport ont les génotypes , pas le fichier exemple.
Le fichier SNP_Map a-t-il l'air correct?
Aide du fichier de carte SNP ... Importation de données SNP Illumina par JMP Genomics dans plusieurs fichiersVous avez certainement besoin des génotypes. Ils sont souvent au format AA, AB, BB. De plus, j'ai remarqué qu'il n'y a qu'une ligne par personne. Ce fichier doit contenir tous les appels avec l'ID SNP et l'ID individuel.
Le rapport final est une autre option et peut avoir le format requis. Si vous souhaitez m'en envoyer un par Dropbox ou par un autre moyen, envoyez-moi un email directement avec les informations et je vérifierai.
Aide du fichier de carte SNP ... Importation de données SNP Illumina par JMP Genomics dans plusieurs fichiersMerci doug! Quelles valeurs sont supposées apparaître dans cette colonne?
Je peux demander au noyau de réexporter la table Samples, mais existe-t-il également d'autres colonnes vides, ont-elles toutes besoin de valeurs?
Aide du fichier de carte SNP ... Importation de données SNP Illumina par JMP Genomics dans plusieurs fichiersIl semble que la colonne Génotype ne contienne aucune valeur dans la table Samples. Cela pourrait être le problème.
Aide du fichier de carte SNP ... Importation de données SNP Illumina par JMP Genomics dans plusieurs fichiersChose sûre!
Je peux organiser l'envoi d'un rapport final si nécessaire, de 13 rapports finaux à 3,2 Go par rapport.
Aide du fichier de carte SNP ... Importation de données SNP Illumina par JMP Genomics dans plusieurs fichiersBonjour Jonathan - Est-il possible de partager certains de ces fichiers pour que nous puissions jeter un coup d'œil?
Aide du fichier de carte SNP ... Importation de données SNP Illumina par JMP Genomics dans plusieurs fichiersSalut doug
J'ai mis à jour le fichier de carte pour qu'il ne contienne que trois colonnes: SNP_Name, Chr et Position. La première ligne contient ces en-têtes, les 953891 autres contiennent toutes les données de la carte SNP. Il s’agit d’un fichier délimité par du texte, de même que mes 13 fichiers de rapport final et mon exemple de fichier de table.
En essayant d'importer les données, j'obtiens toujours la même erreur:
Starting skip_header_import_2
DataFile = E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt
DataType = TAB
VarNameRow = 1
VarLabelRow = 0
UniqueVarNameFlag = 1
NOTE: UNBUFFERED is the default with RECFM=N.
NOTE: The infile "E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt" is:
Filename=E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt,
RECFM=N,LRECL=32767,File Size (bytes)=23782301,
Last Modified=18Oct2013:15:47:43,
Create Time=18Oct2013:15:47:43
NOTE: Unexpected end of file for binary input.
NOTE: DATA statement used (Total process time):
real time 1.62 seconds
cpu time 0.01 seconds
22: LINE and COLUMN cannot be determined.
17 The SAS System 15:50 Friday, October 18, 2013
NOTE 242-205: NOSPOOL is on. Rerunning with OPTION SPOOL might allow recovery of the LINE and COLUMN where the error has occurred.
ERROR 22-322: Syntax error, expecting one of the following: a name, a quoted string, a numeric constant, a datetime constant,
a missing value, INPUT, PUT.
NOTE: The SAS System stopped processing this step because of errors.
NOTE: DATA statement used (Total process time):
real time 0.03 seconds
cpu time 0.00 seconds
skipbyte to scan column name line: 0
NOTE: UNBUFFERED is the default with RECFM=N.
NOTE: The infile "E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt" is:
Filename=E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt,
RECFM=N,LRECL=256,File Size (bytes)=23782301,
Last Modified=18Oct2013:15:47:43,
Create Time=18Oct2013:15:47:43
flag=1 VarName=SNP_name columnpt=10
flag=2 VarName=Chr columnpt=14
flag=3 VarName=Position columnpt=23
flag=4 VarName=200610-179 columnpt=34
flag=5 VarName=chrY columnpt=39
flag=6 VarName=18097249 columnpt=48
flag=7 VarName=200610-298 columnpt=59
flag=8 VarName=chrY columnpt=64
flag=9 VarName=14926202 columnpt=73
flag=10 VarName=200610-303 columnpt=84
flag=11 VarName=chrY columnpt=89
flag=12 VarName=23497067 columnpt=98
Ugggh, pas sûr de ce que je manque. Des idées?
Si j'utilise simplement le moteur d'importation pour un seul rapport final (qui ne nécessite pas de fichier de carte SNP), tout fonctionne correctement, mais il me faut charger les 13 rapports finaux ... Fichier de carte SNP.
Merci!
Jonathan
Aide du fichier de carte SNP ... Importation de données SNP Illumina par JMP Genomics dans plusieurs fichiersSalut jonathan
Vous nommez les variables, SNP_Name, Chr et Position. Vous n'avez besoin que d'une colonne de position. Assurez-vous également que le délimiteur est identique au fichier de génotype.
Doug
Aide du fichier de carte SNP ... Importation de données SNP Illumina par JMP Genomics dans plusieurs fichiersJe voulais faire une mise à jour ... se rapprocher, je pense.
J'ai maintenant un fichier SNP-Map.txt, mais je pense qu'il manque quelque chose dans le fichier car j'obtiens l'erreur suivante:
ERROR 22-322: Syntax error, expecting one of the following: a name, a quoted string, a numeric constant, a datetime constant,
a missing value, INPUT, PUT.
Dans le fichier SNP_Map.txt du noyau, cela ne ressemble pas à des en-têtes de colonne, simplement:
line1: track name = "HumanOmniExpressExome-8v1_B"
ligne 2: chr14 35173623 35173624 exm-rs10139660
et tous les autres SNP sur la puce.
Dois-je réorganiser et mettre dans une ligne d'en-tête avec quelque chose? SNP, Chr ... comment pourrais-je intituler les deux en-têtes de position?
Je pense que je suis proche
Aide du fichier de carte SNP ... Importation de données SNP Illumina par JMP Genomics dans plusieurs fichiersSalut doug
Super. J'ai demandé le fichier contenant cette information et je vais l'essayer! En outre, je vérifie ces guides ... devrait être d'une grande aide. Fera rapport dès que possible.
Meilleur,
Jonathan
Aide du fichier de carte SNP ... Importation de données SNP Illumina par JMP Genomics dans plusieurs fichiersSalut Johnathan.
Le fichier de carte SNP est un fichier txt contenant les variables SNP Name, Chr et Position. Vous devriez pouvoir obtenir le fichier de carte complet de votre puce auprès du laboratoire principal.
Vous pouvez trouver un certain nombre de guides pas à pas pour JMP Genomics ici:
http://www.jmp.com/lifesciences-resources/resources.shtml?tab=1
Doug Robinson
Spécialiste en sciences de la vie JMP
