SNP地圖文件幫助... JMP Genomics跨多個文件導入Illumina SNP數據<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />JMP Genomics 6.0的新手總數。我有Illumina工作室軟件生成的SNP最終報告數據。該數據集包含512個總樣本，每個樣本具有大約1E6個標記。最終的Report.txt文件分為13個txt文件。我還有我轉換為製表符分隔文件的Samples Table.csv，所以我假設我已經滿足了“示例文件”選擇。
Illumina的數據導入支持跨越多個基因型文件，但是當選擇多個基因型文件時，它清楚地表明SNP地圖文件是必需的。我的猜測是幫助將多個文件組合在一起？
我找不到SNP Map文件的例子（或者要仔細檢查，樣本文件應該包含什麼）。我試著看看是否有一個樣本數據集可以提供幫助，但確實找到了一個。
任何幫助是極大的讚賞！
謝謝！
喬納森
Re：SNP Map文件幫助... JMP Genomics跨多個文件導入Illumina SNP數據我們已經看了所有這些，並且樣本和地圖文件似乎存在一些問題。這是你如何解決所有這些問題。首先，導入最終報告，並在選項選項卡中將樣本ID長度列設置為32。我使用了Top和rs值進行導入，但如果你想要所有標記，你可以選擇所有 - 只需確保保留公共前綴 - 你需要它... 運行導入。這將生成一個包含列ID（將具有下劃線）和初始ID（將具有破折號）的映射文件。
打開txt映射文件和文件>另存為SAS數據集。使用原始列名作為匹配變量，將導入創建的映射文件合併（或表> Join in JMP）。如果在JMP中進行連接而不是Genomics數據集實用程序合併功能，則將結果保存為SAS數據集。
打開samples txt文件並保存為sas數據集。使用“數據集實用程序合併”功能將其與導入的標記文件合併。Sample數據集應該是您想要在合併數據左側的第一個進入對話框窗口的條目。
然後從Genetics Utilities運行子集/重新排序。獲取訂購的數據集和映射文件。請注意，您將使用公共前綴指定標記作為列表樣式規範。例如，SNP_ 
那裡有一個冒號）。
如果卡住，請直接與我聯繫。
Re：SNP Map文件幫助... JMP Genomics跨多個文件導入Illumina SNP數據這是最終報告文件之一的鏈接：
https://www.dropbox.com/s/wguj9t6wdnra0re/EA07060_2013-01-25_FinalReport1.txt
我認為最終報告文件沒有任何問題，但是......我可以從任何單個文件創建一個JMP基因組學項目（我不必包含樣本表或SNP映射文件） 。因此，當我嘗試使用所有13個最終報告創建項目時，我認為它是這兩個文件中的一個。
如果此最終報告文件有幫助，請告訴我們！
謝謝dougR !!
Re：SNP Map文件幫助... JMP Genomics跨多個文件導入Illumina SNP數據據我所知，地圖文件看起來很好。
Re：SNP Map文件幫助... JMP Genomics跨多個文件導入Illumina SNP數據好的，我可以給你發一個最終的報告文件（通過dropbox）
最終的報告文件確實有所有基因型調用：
| SNP名稱 | 樣品ID | 等位基因1 - 頂部 | 等位基因2 - 頂部 | GC分數 | 樣品名稱 | 等位基因1 - 前進 | 等位基因2 - 前進 | X | ÿ | X Raw | Y Raw |
| EXM-rs10067427 | 1969-01A_02-008-1 | 一個 | 一個 | 0.9536 | 1969-01A_02-008-1 | 一個 | 一個 | 1.2 | 0.03 | 8235 | 199 |
| EXM-rs10068788 | 1969-01A_02-008-1 | 一個 | 一個 | 0.9073 | 1969-01A_02-008-1 | 一個 | 一個 | 0.352 | 0.015 | 2445 | 99 |
| EXM-rs1006899 | 1969-01A_02-008-1 | 一個 | 一個 | 0.9335 | 1969-01A_02-008-1 | 一個 | 一個 | 1.049 | 0.03 | 7204 | 193 |
| EXM-rs10069397 | 1969-01A_02-008-1 | 一個 | 一個 | 0.897 | 1969-01A_02-008-1 | Ť | Ť | 0.514 | 0.049 | 3676 | 295 |
| EXM-rs10071490 | 1969-01A_02-008-1 | 一個 | 一個 | 0.914 | 1969-01A_02-008-1 | 一個 | 一個 | 0.677 | 0.065 | 4664 | 321 |
| EXM-rs1007358 | 1969-01A_02-008-1 | 一個 | G | 0.9287 | 1969-01A_02-008-1 | Ť | C | 0.675 | 0.617 | 4678 | 2626 |
但是，JMP要求對於跨越多個最終報告的數據集（我總共有13個）我需要包含一個樣本表...我假設幫助分配哪個最終報告文件包含哪些樣本，因為FinalReport文件具有基因型，而不是樣本文件。
SNP_Map文件看起來不錯嗎？
Re：SNP Map文件幫助... JMP Genomics跨多個文件導入Illumina SNP數據你肯定需要基因型。它們通常是AA，AB，BB格式。另外，我注意到每個人只有一行。此文件應包含具有SNP ID和個人ID的所有呼叫。
最終報告是另一種選擇，可能具有所需的格式。如果您想通過Dropbox或其他方法向我發送一封郵件，請直接發送電子郵件給我，我會檢查一下。
Re：SNP Map文件幫助... JMP Genomics跨多個文件導入Illumina SNP數據謝謝道格！應該在該列中顯示哪些值？
我可以要求核心重新導出樣本表，但是那裡還有其他空列，那麼它們都需要值嗎？
Re：SNP Map文件幫助... JMP Genomics跨多個文件導入Illumina SNP數據看起來Genotype列在Samples表中不包含任何值。這可能是問題所在。
Re：SNP Map文件幫助... JMP Genomics跨多個文件導入Illumina SNP數據當然可以！
如有必要，我可以安排發送最終報告，每份報告的最終報告為13 gb。
Re：SNP Map文件幫助... JMP Genomics跨多個文件導入Illumina SNP數據嗨喬納森 - 你有什麼方法可以分享這些文件，所以我們可以看看嗎？
Re：SNP Map文件幫助... JMP Genomics跨多個文件導入Illumina SNP數據嗨道格，
我將地圖文件更新為僅包含三列：SNP_Name，Chr和Position。第一行包含那些標題，其餘953891行包含所有SNP地圖數據。這是一個文本分隔文件，我的13個最終報告文件和我的樣本表文件也是如此。
嘗試導入數據，我仍然得到相同的錯誤：
Starting skip_header_import_2
DataFile = E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt
DataType = TAB
VarNameRow = 1
VarLabelRow = 0
UniqueVarNameFlag = 1
NOTE: UNBUFFERED is the default with RECFM=N.
NOTE: The infile "E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt" is:
Filename=E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt,
RECFM=N,LRECL=32767,File Size (bytes)=23782301,
Last Modified=18Oct2013:15:47:43,
Create Time=18Oct2013:15:47:43
NOTE: Unexpected end of file for binary input.
NOTE: DATA statement used (Total process time):
real time 1.62 seconds
cpu time 0.01 seconds
22: LINE and COLUMN cannot be determined.
17 The SAS System 15:50 Friday, October 18, 2013
NOTE 242-205: NOSPOOL is on. Rerunning with OPTION SPOOL might allow recovery of the LINE and COLUMN where the error has occurred.
ERROR 22-322: Syntax error, expecting one of the following: a name, a quoted string, a numeric constant, a datetime constant,
a missing value, INPUT, PUT.
NOTE: The SAS System stopped processing this step because of errors.
NOTE: DATA statement used (Total process time):
real time 0.03 seconds
cpu time 0.00 seconds
skipbyte to scan column name line: 0
NOTE: UNBUFFERED is the default with RECFM=N.
NOTE: The infile "E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt" is:
Filename=E:\Genotype final report\SNP_Mapv2.txt,
RECFM=N,LRECL=256,File Size (bytes)=23782301,
Last Modified=18Oct2013:15:47:43,
Create Time=18Oct2013:15:47:43
flag=1 VarName=SNP_name columnpt=10
flag=2 VarName=Chr columnpt=14
flag=3 VarName=Position columnpt=23
flag=4 VarName=200610-179 columnpt=34
flag=5 VarName=chrY columnpt=39
flag=6 VarName=18097249 columnpt=48
flag=7 VarName=200610-298 columnpt=59
flag=8 VarName=chrY columnpt=64
flag=9 VarName=14926202 columnpt=73
flag=10 VarName=200610-303 columnpt=84
flag=11 VarName=chrY columnpt=89
flag=12 VarName=23497067 columnpt=98
Ugggh，不知道我錯過了什麼。有任何想法嗎？
如果我只使用導入引擎進行單個最終報告（不需要SNP地圖文件），它工作正常，但我需要加載所有13個最終報告...所以這讓我仍然認為我有一些問題SNP地圖文件。
謝謝！
喬納森
Re：SNP Map文件幫助... JMP Genomics跨多個文件導入Illumina SNP數據嗨Johnathan
你命名變量， SNP_Name，Chr和Position。您只需要一個位置列。還請確保分隔符與基因型文件相同。
道格
Re：SNP Map文件幫助... JMP Genomics跨多個文件導入Illumina SNP數據想要提供更新......我想，越來越近了。
我現在有一個SNP-Map.txt文件，但我認為文件中缺少一些內容，因為我收到以下錯誤：
ERROR 22-322: Syntax error, expecting one of the following: a name, a quoted string, a numeric constant, a datetime constant,
a missing value, INPUT, PUT.
在核心的SNP_Map.txt文件中，它看起來不像列標題，只是：
line1：track name =“HumanOmniExpressExome-8v1_B”
第2行：chr14 35173623 35173624 exm-rs10139660
以及芯片上的所有其他SNP。
我應該重新排序並添加標題行嗎？SNP，Chr ......我對這兩個位置標題的標題是什麼？
我想我很親密
Re：SNP Map文件幫助... JMP Genomics跨多個文件導入Illumina SNP數據嗨道格，
聽起來不錯。我已經要求提供包含該信息的文件，並且會給它一個機會！另外，我正在檢查這些指南......應該是一個很好的幫助。將盡快報告。
最好，
喬納森
Re：SNP Map文件幫助... JMP Genomics跨多個文件導入Illumina SNP數據嗨Johnathan。
SNP映射文件是包含SNP名稱，Chr和位置變量的txt文件。您應該能夠從核心實驗室獲取芯片的完整映射文件。
您可以在此處找到JMP Genomics的許多分步指南：
http://www.jmp.com/lifesciences-resources/resources.shtml?tab=1
道格羅賓遜
JMP生命科學專家
