JMP 14 による反復測定 ANOVA の巨大な DF 分母私は以前、プログラムなしで JMP 13 を使用して反復測定 ANOVA を実行していました。しかし今、私は JMP 14 を入手し、同じデータで ANOVA を実行し、どういうわけか「テスト分母合成」で DF Den として「4326」を取得しました。JMP 13 ではこれは「42」でしたが、明らかに新しい F 比は非常に大きくなりました。JMP 13 の代わりに JMP 14 を使用していること以外は、私が行ったこと (データ、セットアップ方法) は何も変わっていないと思いますが、何をすべきか本当にわかりません。
誰か私に何が足りないのか教えてもらえますか？
ありがとう！
Re: JMP 14 による反復測定 ANOVA の巨大な DF 分母ご返答と JMP 本への言及ありがとうございます。
この本を見たところ、第 3 章の 197 ～ 198 ページに次のような記述がありました。
「テスト分母の合成」
テストする効果ごとに、F 統計が構築されます。 この統計量の分母は平均二乗であり、その期待値は帰無仮説の下での分子の平均二乗です。 この分母は、分散成分と固定効果に関連付けられた値から構築または合成されます。
Source テストするエフェクトを表示します。
MS Den F 検定の分母の推定平均二乗を示します。
DF Den 合成分母の自由度を与えます。 これらは、Satterthwaite の方法 (Satterthwaite 1946) を使用して構築されています。
Denom MS Synthesis 分母合成で使用される分散成分を示します。 残差誤差の分散は常にこの合成の一部です。」
サタースウェイト (1946) も見ましたが、専門的すぎて理解できませんでした。
その間、さらに階乗の組み合わせも試してみました。添付ファイルの画像 1 ～ 3 をご覧いただくと、ある因子と Subject を掛け合わせると、対応する DF Den が独立したままとなり、他の因子の DF Den が「Residual」としてまとめられていることがわかります。私の例でなぜこのようになるのか説明してもらえますか？
ありがとうございました。
Re: JMP 14 による反復測定 ANOVA の巨大な DF 分母JMP内からご覧くださいヘルプ>本>線形モデルのフィッティングそれから本の最後の章統計の詳細。 自由度の起源はその章で説明されています。
Re: JMP 14 による反復測定 ANOVA の巨大な DF 分母非常に詳細なご回答と、より適切なモデルの実行を試みていただき、誠にありがとうございます。
私は、これまでこの分野で行われてきたことを盲目的に追従し、完全な要因モデルを使用しようとしてきたということと、被験者とすべての相互作用を横断する実験には理論的な理由がないことに同意します。
しかし、実際には質問 1 で別のことを尋ねていたので、もう少し説明を加えてもう一度質問させてください。
添付ファイルの画像1と画像2abを比較してください。画像 1 は、考えられるすべての因子を組み合わせると、DF Den 列にさまざまな因子に対するさまざまな数値がリストされることを示しています (上から: 42、42、42、1050、42、42 ...)。これは Unix で得られるものでもあります。 -ラノバとSPSS (一般リネア モデル > 反復測定 > 完全階乗、SS タイプ III) 。ただし、画像 2ab のように対象が他の因子と交差していない場合、DF Den 列には疾患については 42 がリストされますが、他のすべての因子については 4326 がリストされます。また、画像 1 の Denom MS 合成の列には、さまざまな因子のさまざまな因子の組み合わせがリストされていますが、画像 2ab の Denom MS 合成の列には、疾患を除くすべての因子の「残留」のみがリストされています。なぜこのようなことが起こるのでしょうか?
ありがとうございました。
Re: JMP 14 による反復測定 ANOVA の巨大な DF 分母あなたについて私が知っていること (つまり、あなたの背景) とあなたの目的はすべて、この議論、このデータセット、およびモデリングの試みに基づいています。そのため、私の回答があなたがすでに知っている内容をカバーしている場合はご容赦ください。
- この質問は、あなたが線形モデルについて十分な知識を持っていないことを示唆しています。
- 分母の DF は、特定の実験単位のモデル内の観測値の数とパラメーターの数の関数です。 JMP フィット最小二乗プラットフォームのパラメーター化では、カテゴリ因子のパラメーターの数がレベルの数より 1 つ減ります。 つまり、チャネルを含めると DF だけで 25 コストかかります。 これを他の要素と組み合わせると、すぐに多くのパラメータが追加され、したがって DF に大きな変化が生じます。
- 推定方法 (EMS または REML) の選択も、分母の DF に影響を与える可能性があります。 この違いが REML が推奨される理由です。
- 推定はデータの設計に依存することにも注意してください。 この研究はどのように設計しましたか?
- JMP によって使用されるメモリの量は、32 ビット バージョンの代わりに 64 ビット バージョンを使用する場合を除き、JMP 内から変更することはできません。 私は Windows の専門家ではないので、オペレーティング システムからアプリケーションにより多くのメモリを割り当てる方法がわかりません。
あなたは、この出力が SPSS および Unix-ranova と一致しているため気に入っていると述べています。 モデルは、パラメーターの推定に使用されるソフトウェアではなく、それ自体のメリットに基づくべきであると私は提案します。 あなたのモデルは過剰に指定されているように思えます。
- 研究の構造を見ると、ネストはまったくありません。 あらゆる要素がクロスしています。 なぜこの複雑さをモデルの仕様に追加するのでしょうか?
- 完全な要因モデル (つまり、考えられるすべての交互作用効果) を指定しました。 それらの条件は合理的ですか?
- あなたはこれらのやり取りの多くで主題を越えました。 それらの条件は合理的ですか?
- モデルと分散成分の推定には EMS を選択します。 なぜこのような劣悪な方法を使用するのでしょうか?
気に入ったモデルはどうやって選びましたか？ このモデルを選択した基準は何ですか? モデルの選択プロセスと基準は何ですか?
たとえば、固定因子の完全要因モデルから始めて、変量効果として主題を追加しました。 合理的なモデル選択基準 (節約、AICc など) を使用してモデルを削減できました。
残差分析では、パターン、不均一分散性、または適合性の欠如が示されていません。 残差は、誤差に何らかの右歪みがあることを示しています。 このモデルは私にとって合理的であるように思えます。 また、REML プロシージャを備えた JMP、SAS、SPSS、または Unix-ranova を使用したこのモデルでも同じ結果が得られることが期待されます。
Re: JMP 14 による反復測定 ANOVA の巨大な DF 分母素早いご対応に改めて感謝申し上げます。
今は謝らなければなりません。以前使用していた機種をうろ覚えで間違えてしまい申し訳ありませんでした。私の古いラップトップにまだ JMP 13 がインストールされていることがわかり (今年の 3 月までは有効です)、それをいじり始めましたが、最後に、添付の画像に示すように、以前は Subject を含むすべての可能な要素の組み合わせを入力していたことを思い出しました。このようにして、RepeatedMeasures.docx ファイルの画像 3 として示した出力を取得できます。EMS の代わりに REML を使用しようとすると、JMP 13 はメモリが足りないというメッセージを出します。また、新しいラップトップで同じモデルを JMP 14 で実行しようとしましたが、EMS と REML の両方で「十分なメモリを割り当てることができません」というエラー メッセージが表示されます。
この出力は Unix-ranova や SPSS と同じ結果が得られるので気に入っています (一般線形モデル > 反復測定 > 完全階乗、SS タイプ III)。簡単な解決策として、この数か月間、古いラップトップで JMP 13 を使用してすべての分析を試みることもできましたが、以下のように元の質問の変更バージョンがまだ残っています。
1') 考えられるすべての要素を考慮すると、なぜ DF デンがこれほど変わるのか (異なる因子に対して異なる DF Den を使用するのか、疾病を除くすべての因子に対して 1 つの数値だけを使用するのか、また Denom MS Synthesis 列については、異なる因子に対して異なる因子の組み合わせを使用するのか、疾病を除くすべての因子に対して単に「残差」を使用するのか)。
2') 理想的には、新しいラップトップで JMP 14 を使用して ANOVA を実行し続けたいのですが、より多くのメモリを割り当てる方法はありますか?
ありがとう。
Re: JMP 14 による反復測定 ANOVA の巨大な DF 分母それらは違いはありません。 全くない。
Excel ワークブックから JMP データ テーブルにデータをコピーしました。 [モデルのフィット] ダイアログで、変量効果として被験者を含む同じ完全階乗線形モデルを設定しました。 REML を使用してデータを JMP 14 に適合させました。 最小二乗法フィット分析のスクリプトを保存し、データ テーブルを保存しました。 データテーブルとJMP 14を閉じました。 JMP 13 を起動し、データテーブルを開いてスクリプトを実行しました。 結果は同じです。
次に、PROC MIXED を使用する Fit Model ジョブを SAS に送信しました。 結果は同じです。 (SAS プロシージャの異なるパラメータ化を除く)。
したがって、問題の分母の DF は、3 つの分析 (JMP 13、JMP 14、および SAS 9.4) すべてで同じ (4326) になります。
また、前に述べたように、観測値の数とパラメータ推定値の数を考慮すると、これらの DF は合理的であるように見えます。
Re: JMP 14 による反復測定 ANOVA の巨大な DF 分母またまた素早いご返信ありがとうございます！
Excel 形式と JMP 形式については申し訳ありませんが、REML では (EMS では違いが生じますが) ネストの必要がないことがわかります。病気の中の主題。
しかし、私の最初の質問はまだ残っています。
1. JMP 13 と JMP 14 で出力が大きく異なるのはなぜですか?両方のテスト分母合成セクションを見ると、JMP 13 セクションにはさまざまな因子のさまざまな DF Den がリストされていますが、JMP 14 セクションには疾患 (42) を除くすべての因子に対して 1 つの数値 (4326) だけがリストされています。また、Denom MS Synthesis 列には、JMP 13 のさまざまな因子のさまざまな因子の組み合わせがリストされていますが、JMP 14 の病気を除くすべての因子については「残余」のみが表示されます。
2. JMP 13 で取得していた出力に戻すにはどうすればよいですか?SPSS および Unix-ranova の結果と一致するため、JMP 13 バージョンを使用したいと思います。
ありがとうございました。
Re: JMP 14 による反復測定 ANOVA の巨大な DF 分母病気の中に件名を入れ子にする必要性がわかりません。 ネストなしの結果が同一であることを確認しました。
Re: JMP 14 による反復測定 ANOVA の巨大な DF 分母JMP データテーブルを提供していただければ助かります。 最小二乗法でメタデータとモデルを手動で復元する必要がありました。
Re: JMP 14 による反復測定 ANOVA の巨大な DF 分母JMP 14 で結果を確認しました。
私には、項のほぼ半分、つまりすべての高次相互作用がモデルから削除される可能性があるように思えます。
F 検定の分母 (MSE) の自由度が 4326 あることには驚きません。 4576 個の観測値から開始し、モデルには 208 個のパラメーターが含まれています。 元々の分析ではどうしてDFがたったの42人だったのか理解できません。
Re: JMP 14 による反復測定 ANOVA の巨大な DF 分母こちらが添付されているデータファイルです。
> ご返答誠にありがとうございます。
>
>REMLを使ってみましたが、結果は添付画像と同じでした。
>
>私のデータを実行してみてはいかがでしょうか。できれば本当に助かります。次のメッセージを含む私のデータセットを添付します。ありがとう！
Re: JMP 14 による反復測定 ANOVA の巨大な DF 分母ご返答ありがとうございました。
REMLを使ってみましたが、結果は添付画像と同じでした。
私のデータを実行してみてはいかがでしょうか。できれば本当に助かります。次のメッセージを含むデータセットを添付します。ありがとう！
Re: JMP 14 による反復測定 ANOVA の巨大な DF 分母JMP 13 の結果が F 検定の分母に分数自由度を示しているという事実は、パラメーターと分散の推定に REML を使用したことを示唆しています。 REML がデフォルト (推奨) の手順であるため、これは当然のことです。 一方、JMP 14 で実行される分析には EMS が選択されます。 JMP 14 で REML を使用してみてください。
Re: JMP 14 による反復測定 ANOVA の巨大な DF 分母ご返答ありがとうございました。
いくつかの画像を含むファイルを添付します。彼らがさらに詳しい情報を提供してくれることを願っています。
画像 1 は、JMP 14 でモデルを指定した方法を示し、画像 2 は、現在得られる出力を示しています。同じデータセットを使用したことは 100% 確信しており、同じモデル仕様を使用したことは 99% 確信しています (JMP 13 を実行して確認することはできません)。しかし、以前は画像 3 のような出力が得られていました。
DF Den が 2 つのバージョンでこれほど異なる理由がわかりません。JMP 13 で取得していた出力に戻す方法を知りたいです。ぜひよろしくお願いいたします。ありがとう！
Re: JMP 14 による反復測定 ANOVA の巨大な DF 分母データや分析の詳細についてはあまりわかりませんが、分母の DF の増加は、モデルの DF が減少していることを示唆しています。 予測変数の項またはレベルが少ないのでしょうか?
