一連の遺伝子発現値からの固有遺伝子値こんにちは
遺伝子発現データセット（数百のサンプルに対する数千の遺伝子発現値）において、各サンプルに対する特定の遺伝子セットに対する値（すなわち、遺伝子シグネチャスコアのような）を用いて固有の値を得たい。遺伝子は、いくつかの値が欠落している（検出できない - 0で代入される可能性がある）、大きく異なるスケールである。
JMPでこれを達成する方法はありますか？
ありがとうございます。
再：遺伝子発現値のセットからのEigengene値列としての遺伝子 使用する遺伝子は特定の方法で指定されていません - 各サンプル（行）に対して固有の/または同等のものを生成するためにGUIダイアログまたはスクリプトで指定すると考えていました。ありがとう。再：遺伝子発現値のセットからのEigengene値はい、Hierachical ClusteringとPLS（そしてさらに言えばPCA）はデータの次元を減らし（遺伝子のセットを制限する）、セットを見つけたり発見するのに役立ちます。
それで、あなたはすでにデータ表の中のセットとして定義された遺伝子のセットを持っています。 あなたは自分の遺伝子を行または列として持っていますか？あなたはどのようにして表中の遺伝子セットをデザインしましたか？
遺伝子上のＰＣＡ（列として）を使用することができた。 on Correlationsオプションの場合、1 セント主要な componentは、のエントリを使用して、中心化された観測とスケーリングされた観測の線形結合です。 1日係数としての固有ベクトル。
しかし、eigengenesが最初に計算された方法から私が理解したことは、SVDが使用されたことです。
再：遺伝子発現値のセットからのEigengene値ありがとう、クリス。相対的な初心者として、私はこれが正しいことを確認しています。階層的クラスタリングとPLSは新しい遺伝子セットを発見するためのものだろうか？これらは発見のための有用な指針ですが、私の質問は全データセットを持つ事前定義された遺伝子セットについてでした。
私が理解していることから、私は興味のある遺伝子に対してPCAを実行することができ、そしてprin1を取得することができ、これは私が探している固有の値に類似しているはずですか？再：遺伝子発現値のセットからのEigengene値説明をありがとう。 応答としてX、Y、またはZを使用して分析するためにフィットモデルで使用できるPCを取得するためにPCAを使用できます（またはその逆）。 また、クラスタ番号を取得するために遺伝子をクラスタ化してから、各クラスタ内の遺伝子の集計/標準化を実行してから、各クラスタに対してその値を使用してFit Modelを使用することもできます。JMP 12の階層型クラスタリングでは、クラスタリングの前にデータを標準化するためのクラスタの平均とオプションを省くことができます。
もう一つの考えは潜在的にあなたのX、Yおよび/またはZsが要因として遺伝子および応答であることができるPLS（部分最小二乗法）を使用することです。この方法では、遺伝子を集約する必要はありませんが、X、Y、および/またはZに影響を与えるもののみを探してから、影響を与えるものにモデルを当てはめることができます。
これらはすべてJMP 12のAnalyzeメニューの多変量セクションにあります。
JMPには、上記の標準ツールを使用して目的を達成する以外に、明示的な固有スコア方式はありません。
それはJMP 12で何がそのまま使えるのかを説明するのに役立ちますか？
クリス
再：遺伝子発現値のセットからのEigengene値私は単純に、一連の遺伝子発現値（先験的仮説に基づく）からのシグナルを単一の連続分布スコアに集約しようとしています。これを他の属性と相関させるために使用できます（例X、Y、Z）に対して、新しい仮説を立て、独立した実験でそのシグネチャをテストします。私が持っているのは今のところJMP12です。再：遺伝子発現値のセットからのEigengene値こんにちは @ TRR21 、
あなたがeigengeneの価値観をどうしようとしているのかについてもっと教えてください。それは正規化、類似の発現パターンのグループ化のためのものですか？
PCA、MDS、およびクラスタリングはすべて、固有の値を導き出すことができ、JMP 14の多変量セクションまたはクラスタリングセクションのセクションで使用できる方法です。
egengenesを作成する方法はいくつかありますが、ワークフローや探している方法に関する詳細な情報がないと、適切な場所に誘導することは困難です。
ベスト、
クリス
@ TRR21 書きました：
こんにちは
遺伝子発現データセット（数百のサンプルに対する数千の遺伝子発現値）において、各サンプルに対する特定の遺伝子セットに対する値（すなわち、遺伝子シグネチャスコアのような）を用いて固有の値を得たい。遺伝子は、いくつかの値が欠落している（検出できない - 0で代入される可能性がある）、大きく異なるスケールである。
JMPでこれを達成する方法はありますか？
ありがとうございます。
