Valori di Eigengene da un insieme di valori di espressione genicaCiao
In un set di dati di espressione genica (1000 di valori di espressione di geni per 100s di campioni), mi piacerebbe ottenere un valore di eigengene usando valori per un set specifico di geni per ciascun campione (cioè come un punteggio di firma genica) - valori di espressione per diversi i geni sono in scale molto diverse, con alcuni valori mancanti (non rilevabili - può essere imputato con 0).
C'è un modo per farlo in JMP?
Grazie!
Re: valori di Eigengene da un insieme di valori di espressione genicaI geni come colonne. I geni da usare non sono stati designati in alcun modo particolare - pensavo che avrei specificato durante la finestra di dialogo della GUI o nello script per generare l'eigengene / o equivalente per ciascuno dei campioni (righe). Grazie.Re: valori di Eigengene da un insieme di valori di espressione genicaSì, Clustering Hierachical e PLS (e anche PCA per quella materia) possono aiutare a ridurre la dimensione dei dati (limitare i set di geni) per trovare o scoprire set (o set).
Quindi hai già i set di geni definiti come insiemi nella tabella dei dati. Hai i tuoi geni come righe o colonne? Come hai desginato i set di geni sul tavolo?
Potrebbe essere usato PCA sui geni (come colonne). Per l'opzione On Correlations, 1 st principale componente è una combinazione lineare delle osservazioni centrate e ridimensionate utilizzando le voci del 1 ° autovettore come coefficienti.
Ma quello che sottolineo da come gli eigengenes sono stati originariamente calcolati, è stato usato SVD.
Re: valori di Eigengene da un insieme di valori di espressione genicaGrazie, Chris. Come novellino, mi sto assicurando di farlo bene. Suppongo che il clustering gerarchico e il PLS servano a scoprire nuovi set genici? Questi sono utili suggerimenti per la scoperta, ma la mia domanda riguardava un insieme predefinito di geni con l'intero set di dati.
Da quello che ho capito, posso solo eseguire PCA per i miei geni di interesse, e ottenere il prin1 e questo dovrebbe essere analogo al valore di eigengene che sto cercando?Re: valori di Eigengene da un insieme di valori di espressione genicaGrazie per il chiarimento. È possibile utilizzare PCA per ottenere i PC che possono quindi essere utilizzati in Fit Model per l'analisi con X, Y o Z come risposte (o viceversa). È inoltre possibile raggruppare i geni per ottenere i numeri di cluster e quindi eseguire l'aggregazione / standardizzazione dei geni in ciascun cluster, quindi utilizzare tale valore per ciascun cluster per utilizzare Fit Model, più o meno allo stesso modo dell'utilizzo dei PC. Cluster gerarchico in JMP 12 consente di salvare le medie e le opzioni del cluster per standardizzare i dati prima del clustering.
Un altro pensiero è potenzialmente l'uso di PLS (minimi quadrati parziali) in cui i tuoi X, Y e o Z possono essere risposte e geni come fattori. In questo modo non devi aggregare i geni, ma cercare quelli che hanno un impatto su X, Y e / o Z e quindi montare un modello per quelli che hanno un impatto.
Tutti questi sono disponibili nella sezione multivariata all'interno del menu Analizza per JMP 12.
Non ci sono in realtà metodi segnati con eigengene espliciti in JMP se non utilizzando gli strumenti standard sopra riportati per arrivare alla fine.
Questo aiuta a spiegare ciò che è disponibile fuori dalla scatola in JMP 12?
Chris
Re: valori di Eigengene da un insieme di valori di espressione genicaSto semplicemente cercando di aggregare i segnali di un insieme di valori di espressione genica (basati su un'ipotesi a priori) in un singolo punteggio continuamente distribuito, che posso utilizzare per correlare con altri attributi (ad esempio, come punteggio alto vs punteggio basso campioni confrontare per X, Y e Z), formulare nuove ipotesi e testare quella firma in uno o più esperimenti indipendenti. Quello che ho è JMP12 al momento.Re: valori di Eigengene da un insieme di valori di espressione genicaCiao @ TRR21 ,
Puoi dirci di più su cosa stai cercando di fare con i valori dell'eigengene? È per la normalizzazione, per il raggruppamento di modelli di espressione simili?
PCA, MDS e Clustering sono tutti metodi che è possibile ricavare un valore eigengene e disponibile nella sezione delle sezioni Multivariata o Clustering di JMP 14.
Ci sono alcuni modi in cui si possono creare eigengenes, ma senza ulteriori informazioni sul flusso di lavoro o sui metodi che stai cercando, è difficile guidarti nel posto appropriato.
Migliore,
Chris
@ TRR21 ha scritto:
Ciao
In un set di dati di espressione genica (1000 di valori di espressione di geni per 100s di campioni), mi piacerebbe ottenere un valore di eigengene usando valori per un set specifico di geni per ciascun campione (cioè come un punteggio di firma genica) - valori di espressione per diversi i geni sono in scale molto diverse, con alcuni valori mancanti (non rilevabili - può essere imputato con 0).
C'è un modo per farlo in JMP?
Grazie!
