Valores de eigengeno de un conjunto de valores de expresión génicaHola
En un conjunto de datos de expresión génica (miles de valores de expresión de genes para cientos de muestras), me gustaría obtener un valor de eigengene utilizando valores para un conjunto específico de genes para cada muestra (es decir, como una puntuación de firma de gen) - valores de expresión para diferentes los genes se encuentran en escalas muy diferentes, con algunos valores faltantes (no detectables, se pueden imputar con 0).
¿Hay una manera de lograr esto en JMP?
¡Gracias!
Re: valores de Eigengene de un conjunto de valores de expresión génicaLos genes como columnas. Los genes que se utilizarán no se han designado de ninguna manera en particular; se pensaba que especificaría durante el diálogo de GUI o en el script para generar el eigengene / o equivalente para cada una de las muestras (filas). Gracias.Re: valores de Eigengene de un conjunto de valores de expresión génicaSí, la agrupación jerárquica y PLS (e incluso PCA para esa materia) pueden ayudar a reducir la dimensionalidad de los datos (limitar los conjuntos de genes) para encontrar o descubrir conjuntos (o conjuntos).
Entonces ya tienes los conjuntos de genes definidos como conjuntos dentro de la tabla de datos. ¿Tienes tus genes como filas o columnas? ¿Cómo has desginado los conjuntos de genes en la tabla?
Se podría usar PCA en los genes (como columnas). Para la opción de correlaciones, el 1 S t director de escuela componente es una combinación lineal de las observaciones centradas y escaladas que utilizan las entradas de 1º eigenvector como coeficientes.
Pero a lo que entiendo de cómo se calcularon originalmente los eigengenes, se usó la SVD.
Re: valores de Eigengene de un conjunto de valores de expresión génicaGracias, Chris. Como novato relativo, me estoy asegurando de hacerlo bien. ¿Supongo que la agrupación jerárquica y PLS son para descubrir un nuevo conjunto de genes? Esos son indicadores útiles para el descubrimiento, pero mi pregunta era sobre un conjunto predefinido de genes con el conjunto de datos completo.
Por lo que entiendo, puedo ejecutar PCA para mis genes de interés y obtener el prin1, y esto debería ser análogo al valor de eigengene que estoy buscando.Re: valores de Eigengene de un conjunto de valores de expresión génicaGracias por la aclaración. Puede usar PCA para obtener las PC que luego se pueden usar en Fit Model para el análisis con X, Y o Z como respuestas (o viceversa). También puede agrupar los genes para obtener los números de agrupación y luego realizar un poco de agregación / estandarización de los genes en cada agrupación y luego usar ese valor para cada agrupación para usar Fit Model, de la misma manera que con las PC. La agrupación jerárquica en JMP 12 permite guardar los medios y las opciones de agrupación para estandarizar los datos antes de la agrupación.
Otro pensamiento es potencialmente usar PLS (mínimos cuadrados parciales) donde X, Y o Z pueden ser respuestas y genes como factores. De esta manera, no tiene que agregar los genes, solo busque los que tienen un impacto en X, Y y / o Z y luego ajuste un modelo para aquellos que tienen un impacto.
Todos estos se encuentran en la sección multivariable dentro del menú Analizar para JMP 12.
Realmente no hay ningún método explícito de puntuación de eigengene en JMP que no sea el uso de las herramientas estándar anteriores para llegar al final.
¿Eso ayuda a explicar qué hay disponible fuera de la caja en JMP 12?
Chris
Re: valores de Eigengene de un conjunto de valores de expresión génicaSimplemente estoy tratando de agregar las señales de un conjunto de valores de expresión génica (basados en una hipótesis a priori) en una única puntuación distribuida de forma continua, que puedo usar para correlacionar con otros atributos (por ejemplo, ¿cómo se compara una puntuación alta frente a una puntuación baja? para X, Y y Z), formule nuevas hipótesis y pruebe esa firma en experimento (s) independiente (s). Lo que tengo es JMP12 a partir de ahora.Re: valores de Eigengene de un conjunto de valores de expresión génicaHola @ TRR21 ,
¿Puede decirnos más sobre lo que está tratando de hacer con los valores de eigengene? ¿Es para la normalización, para agrupar patrones de expresión similares?
PCA, MDS y Clustering son métodos que podrían derivar de un valor eigengene y están disponibles en la sección de Multivariable o Clustering de JMP 14.
Hay algunas formas en que uno podría crear eigengenes, pero sin más información sobre su flujo de trabajo o los métodos que está buscando, es difícil guiarlo al lugar adecuado.
Mejor,
Chris
@ TRR21 escribió:
Hola
En un conjunto de datos de expresión génica (miles de valores de expresión de genes para cientos de muestras), me gustaría obtener un valor de eigengene utilizando valores para un conjunto específico de genes para cada muestra (es decir, como una puntuación de firma de gen) - valores de expresión para diferentes los genes se encuentran en escalas muy diferentes, con algunos valores faltantes (no detectables, se pueden imputar con 0).
¿Hay una manera de lograr esto en JMP?
¡Gracias!
