Eigengene Werte aus einem Satz von GenexpressionswertenHallo
In einem Genexpressionsdatensatz (1000s von Genexpressionswerten für 100s von Proben) möchte ich einen Eigengenwert unter Verwendung von Werten für einen spezifischen Satz von Genen für jede Probe (z. B. einen Gensignaturwert) - Expressionswerte für verschiedene Werte erhalten Gene befinden sich in völlig unterschiedlichen Skalen, wobei einige Werte fehlen (nicht nachweisbar - kann mit 0 berechnet werden).
Gibt es eine Möglichkeit, dies in JMP zu erreichen?
Vielen Dank!
Re: Eigengene Werte aus einem Satz von GenexpressionswertenGene als Spalten. Die zu verwendenden Gene wurden nicht in einer bestimmten Weise benannt - ich dachte, ich würde sie im GUI-Dialog oder im Skript angeben, um das Eigengen / Äquivalent für jede der Proben (Zeilen) zu erzeugen. Vielen Dank.Re: Eigengene Werte aus einem Satz von GenexpressionswertenJa, Hierachical Clustering und PLS (und sogar PCA für diese Angelegenheit) können dazu beitragen, die Dimentionalität der Daten zu reduzieren (die Anzahl von Genen zu begrenzen), um Mengen (oder Sätze) zu finden oder zu entdecken.
So haben Sie die Sätze von Genen bereits als Sätze in der Datentabelle definiert. Hast du deine Gene als Zeilen oder Spalten? Wie haben Sie die Gene in der Tabelle definiert?
PCA in den Genen (als Spalten) könnte verwendet werden. Bei der Option "on Correlations" wird der Wert 1 angezeigt st Schulleiter Komponente ist eine lineare Kombination der zentrierten und skalierten Beobachtungen unter Verwendung der Einträge der 1 Eigenvektor als Koeffizienten.
Aber was ich davon abhalte, wie die Eigengene ursprünglich berechnet wurden, wurde SVD verwendet.
Re: Eigengene Werte aus einem Satz von GenexpressionswertenDanke, Chris. Als relativer Neuling stelle ich sicher, dass ich das richtig mache. Ich denke, hierarchisches Clustering und PLS dienen der Entdeckung eines neuen Gensets? Dies sind hilfreiche Hinweise für die Entdeckung, aber meine Frage betraf einen vordefinierten Satz von Genen mit dem gesamten Datensatz.
Nach allem, was ich verstehe, kann ich PCA einfach für meine interessierenden Gene ausführen und das Prin1 erhalten, und dies sollte dem Eigengenwert entsprechen, nach dem ich suche.Re: Eigengene Werte aus einem Satz von GenexpressionswertenDanke für die Klarstellung. Sie können PCA verwenden, um die PCs zu erhalten, die dann in Fit Model zur Analyse mit X, Y oder Z als Antwort verwendet werden können (oder umgekehrt). Sie können die Gene auch gruppieren, um die Clusternummern zu erhalten, und dann die Gene in jedem Cluster zusammenfassen / standardisieren. Dann können Sie diesen Wert für jeden Cluster zur Verwendung von Fit Model verwenden, ähnlich wie bei der Verwendung von PCs. Mit dem hierarchischen Clustering in JMP 12 können Sie die Cluster-Mittel und -Optionen speichern, um die Daten vor dem Clustering zu standardisieren.
Ein weiterer Gedanke ist die Verwendung von PLS (partiellen kleinsten Quadraten), bei denen Ihre X, Y und oder Zs als Faktoren und Gene fungieren können. Auf diese Weise müssen Sie die Gene nicht zusammenfassen, sondern suchen Sie nur nach Genen, die Auswirkungen auf X, Y und / oder Z haben, und passen Sie dann ein Modell für diejenigen an, die Auswirkungen haben.
Alle diese Optionen befinden sich im multivariaten Abschnitt des Analyze-Menüs für JMP 12.
Es gibt in JMP wirklich keine expliziten Methoden zur Bewertung von Eigenen, außer den oben genannten Standardwerkzeugen, um zum Ende zu kommen.
Erklärt das, was in JMP 12 standardmäßig verfügbar ist?
Chris
Re: Eigengene Werte aus einem Satz von GenexpressionswertenIch versuche einfach, die Signale eines Satzes von Genexpressionswerten (basierend auf einer A-priori-Hypothese) zu einem einzigen kontinuierlich verteilten Score zusammenzufassen, den ich verwenden kann, um mit anderen Attributen zu korrelieren (z. B. wie werden Score-Werte verglichen mit Score-Werten verglichen für X, Y und Z) formulieren Sie neue Hypothesen und testen Sie diese Signatur in unabhängigen Experimenten. Was ich jetzt habe, ist JMP12.Re: Eigengene Werte aus einem Satz von GenexpressionswertenHallo @ TRR21 .
Können Sie uns mehr darüber erzählen, was Sie mit den Eigengen-Werten versuchen? Ist es für die Normalisierung, um ähnliche Ausdrucksmuster zu gruppieren?
PCA, MDS und Clustering sind alles Methoden, mit denen man einen Eigenwert ableiten kann, die im Abschnitt Multivariate oder Clustering von JMP 14 verfügbar sind.
Es gibt einige Möglichkeiten, Eigenen zu erzeugen, aber ohne weitere Informationen zu Ihrem Workflow oder den von Ihnen gesuchten Methoden ist es schwierig, Sie an den richtigen Ort zu führen.
Beste,
Chris
@ TRR21 schrieb:
Hallo
In einem Genexpressionsdatensatz (1000s von Genexpressionswerten für 100s von Proben) möchte ich einen Eigengenwert unter Verwendung von Werten für einen spezifischen Satz von Genen für jede Probe (z. B. einen Gensignaturwert) - Expressionswerte für verschiedene Werte erhalten Gene befinden sich in völlig unterschiedlichen Skalen, wobei einige Werte fehlen (nicht nachweisbar - kann mit 0 berechnet werden).
Gibt es eine Möglichkeit, dies in JMP zu erreichen?
Vielen Dank!
