Valeurs eigengene d'un ensemble de valeurs d'expression de gènessalut
Dans un ensemble de données sur l’expression des gènes (des milliers de valeurs d’expression de gènes pour des centaines d’échantillons), je souhaite obtenir une valeur eigengène en utilisant les valeurs d’un ensemble spécifique de gènes pour chaque échantillon (c’est-à-dire un score de signature génétique) - les gènes sont à des échelles très différentes, avec certaines valeurs manquantes (non détectables - peuvent être imputées avec 0).
Y at-il un moyen d'accomplir cela dans JMP?
Merci!
Re: Valeurs Eigengene d'un ensemble de valeurs d'expression géniqueLes gènes sous forme de colonnes. Les gènes à utiliser n'ont pas été désignés de manière particulière - pensais-je spécifier au cours du dialogue de l'interface graphique ou dans le script afin de générer le eigengene / ou l'équivalent pour chacun des échantillons (lignes). Merci.Re: Valeurs Eigengene d'un ensemble de valeurs d'expression géniqueOui, le regroupement hiérarchique et le PLS (et même le PCA) peuvent aider à réduire la dimensionnalité des données (limiter les ensembles de gènes) pour trouver ou découvrir un ou plusieurs ensembles.
Vous avez donc déjà les ensembles de gènes définis comme ensembles dans le tableau de données. Avez-vous vos gènes sous forme de lignes ou de colonnes? Comment avez-vous défini les ensembles de gènes dans le tableau?
PCA sur les gènes (sous forme de colonnes) pourrait être utilisé. Pour l'option sur les corrélations, le 1 st principal composante est une combinaison linéaire des observations centrées et à l’échelle en utilisant les entrées de la 1er vecteur propre sous forme de coefficients.
Mais ce que je sous-estime de la façon dont les eigengenes ont été calculés à l’origine, le SVD a été utilisé.
Re: Valeurs Eigengene d'un ensemble de valeurs d'expression géniqueMerci Chris. En tant que parent débutant, je m'assure de bien faire les choses. Je suppose que le clustering hiérarchique et les PLS permettent de découvrir de nouveaux ensembles de gènes? Ce sont des indications utiles pour la découverte, mais ma question portait sur un ensemble prédéfini de gènes avec l'ensemble de données.
D'après ce que je comprends, je peux simplement utiliser PCA pour mes gènes d'intérêt et obtenir le code principal, ce qui devrait être analogue à la valeur eigengene que je recherche?Re: Valeurs Eigengene d'un ensemble de valeurs d'expression géniqueMerci pour la clarification. Vous pouvez utiliser PCA pour obtenir les PC qui peuvent ensuite être utilisés dans le modèle d’ajustement pour une analyse avec X, Y ou Z comme réponses (ou vice versa). Vous pouvez également regrouper les gènes pour obtenir les numéros de grappe, puis procéder à une agrégation / normalisation des gènes de chaque grappe, puis utiliser cette valeur pour que chaque grappe utilise le modèle d’ajustement, de la même manière que l’utilisation de PC. La mise en grappes hiérarchique dans JMP 12 permet d'enregistrer les moyens et les options de la grappe pour normaliser les données avant la mise en grappe.
Une autre idée est d'utiliser potentiellement les PLS (moindres carrés partiels) où vos X, Y et ou Z peuvent être des réponses et des gènes comme facteurs. De cette façon, vous n'avez pas à agréger les gènes, mais cherchez uniquement ceux qui ont un impact sur X, Y et / ou Z, puis créez un modèle pour ceux qui ont un impact.
Tous ces éléments se trouvent dans la section multivariée du menu Analyse de JMP 12.
Il n’existe pas de méthodes notées explicitement pour eigengene dans JMP, si ce n’est l’utilisation des outils standard susmentionnés pour atteindre la fin.
Est-ce que cela aide à expliquer ce qui est disponible dans JMP 12?
Chris
Re: Valeurs Eigengene d'un ensemble de valeurs d'expression géniqueJ'essaie simplement d'agréger les signaux d'un ensemble de valeurs d'expression génique (basées sur une hypothèse a priori) en un seul score continuellement distribué, que je peux utiliser pour corréler avec d'autres attributs (par exemple, comment les scores élevés vs les échantillons faibles comparent-ils pour X, Y et Z), formulez de nouvelles hypothèses et testez cette signature dans une ou plusieurs expériences indépendantes. Ce que j'ai est JMP12 à partir de maintenant.Re: Valeurs Eigengene d'un ensemble de valeurs d'expression géniquesalut @ TRR21 ,
Pouvez-vous nous en dire plus sur ce que vous essayez de faire avec les valeurs eigengene? Est-ce pour la normalisation, pour regrouper des modèles d'expression similaires?
PCA, MDS et Clustering sont des méthodes qui permettent d’obtenir une valeur en eigène et sont disponibles dans les sections Multivarié ou Clustering de JMP 14.
Il existe plusieurs façons de créer des eigengenes, mais sans plus d'informations sur votre flux de travail ni sur les méthodes que vous recherchez, il est difficile de vous guider vers le lieu approprié.
Meilleur,
Chris
@ TRR21 a écrit:
salut
Dans un ensemble de données sur l’expression des gènes (des milliers de valeurs d’expression de gènes pour des centaines d’échantillons), je souhaite obtenir une valeur eigengène en utilisant les valeurs d’un ensemble spécifique de gènes pour chaque échantillon (c’est-à-dire un score de signature génétique) - les gènes sont à des échelles très différentes, avec certaines valeurs manquantes (non détectables - peuvent être imputées avec 0).
Y at-il un moyen d'accomplir cela dans JMP?
Merci!
