Heatmap, Zeilengruppierung<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Hallo zusammen,
Vielen Dank, dass Sie sich die Zeit genommen haben, meine Frage zu lesen.
Ich komme gleich zu meinem Problem mit JMP:
Ich habe mehrere Lipidkonzentrationsdaten von 10 Mäusen Zustand A und 10 Hackfleisch hinein Zustand B . Immer wenn ich versuche, die Clusteranalyse und die Farbkarte zu erstellen, behält JMP bei Ich ordne meine Reihen neu also sind meine Mäuse mit Zustand A mit meinen Mäusen mit Zustand B verwechselt.
Ich möchte nur eine Heatmap mit meinen beiden Gruppen auf der Y-Achse: Bedingung A und Bedingung B. Und dass jede Spalte einem Lipid entsprechen würde.
Ich kann dafür R verwenden, aber ich würde wirklich gerne JMP verwenden, da es sehr schnell geht.
Vielen Dank für Ihre Hilfe.
Betreff: Heatmap, ZeilengruppierungHallo Julian,
Ich bin neu bei JMP.Dieses Beispiel kommt dem, was ich versuche, sehr nahe. Ich wollte mir das Tutorial zum Graph Builder ansehen, aber der Link funktionierte nicht.
Bitte helfen Sie.
Betreff: Heatmap, ZeilengruppierungHabe es! Dann muss ich Cell Plot weiterhin für meine Heatmaps verwenden. Danke
Betreff: Heatmap, ZeilengruppierungTolle Frage! Obwohl Graph Builder im Allgemeinen flexibler ist, gibt es nur eine Farbrolle, sodass Sie im Gegensatz zum Zellendiagramm, bei dem Sie für jede Variable individuelle Skalen haben können, nur eine einzige, einheitliche Skala verwenden können.
Toller Vorschlag zur Zusammenstellung eines Leitfadens zur Verwendung von Heatmaps! Ich werde das zur Liste der einseitigen Leitfäden hinzufügen, die wir in Zukunft erstellen werden. Wenn Sie die aktuelle Kollektion noch nicht gesehen haben, finden Sie sie unter jmp.com/learn
julianisch
Betreff: Heatmap, ZeilengruppierungIch verstehe den Trick, die Stack-Funktion zu verwenden und dann den Graph Builder zu verwenden.Das Ergebnis, das ich mit Ihrer Methode erzielt habe, ist sehr vielversprechend, aber ich frage mich wie man die Heatmap nicht gleichmäßig skaliert So wie ich es mit dem Zelldiagramm machen kann (was in diesem Beispiel wäre: eine Skala für jeden Zeitpunkt der Blutdruckmessung).
Ich fühle mich wie ein Anfänger mit JMP, aber ich habe auch das Gefühl, dass ich mit der Hilfe, dem verfügbaren Benutzerhandbuch und den YouTube-Tutorials bisher recht gut zurechtkomme. Vor Ihrer Antwort konnte ich jedoch keine Informationen zur Erstellung dieser Heatmaps finden. Ich denke, es wäre für JMP sehr wertvoll, eine offizielle Hilfe dazu zu schreiben, da Heatmaps heutzutage äußerst beliebt sind.
Betreff: Heatmap, ZeilengruppierungFroh, dass ich helfen konnte!
Für den Fall, dass es später hilfreich ist, wollte ich Ihnen zeigen, wie Sie denselben Plot mit Graph Builder erstellen können (der flexibler ist, aber eine kleine Umstrukturierung erfordert). Hier ist ein kurzes Video dieses Vorgangs (er ist unkompliziert, sieht aber in einer Reihe von Schritten komplizierter aus als in einem Video).
Ich hoffe, das hilft Ihnen in Zukunft!
julianisch
Betreff: Heatmap, ZeilengruppierungHallo Julian,
Das sieht genau nach meinen Vorstellungen aus!
Vielen Dank für Ihre Hilfe.
Ich hoffe auch, dass es anderen hilft.
Aufpassen,
Thomas
Betreff: Heatmap, ZeilengruppierungHallo thomasd ,
Ich glaube, Sie können das bekommen, was Sie suchen, indem Sie sowohl „Subjekt“ als auch „Dosis“ in den Abschnitt „Bezeichnung“ einfügen, anstatt „Dosis“ in den Abschnitt „X, Gruppierung“ einzugeben.
Um eine einheitliche Skalierung zu erhalten, aktivieren Sie das Kontrollkästchen „Gleichmäßig skalieren“, bevor Sie auf „OK“ klicken.
Ist das näher an dem, was Sie wollen?
julianisch
Betreff: Heatmap, ZeilengruppierungHallo Julian,
Vielen Dank für Ihre geschätzte Antwort.
Der Druckdatensatz der Blutprobe ist meinem Fall tatsächlich sehr ähnlich. Nehmen wir an, ich möchte in diesem Datensatz eine Heatmap der Daten von Zeile 11 bis Zeile 20 erstellen (2 Bedingungen: Kontrolle / Placebo). Ich will auf derselben Heatmap die 2 Bedingungen (also Kontrolle für die ersten 5 Zeilen und Placebo für die letzten 5 Zeilen) und dass jede Spalte nur eine Bedingung für die Blutdruckmessung darstellt eine eindeutige Skalierung nach Spalten für die beiden Bedingungen .
Bitte sagen Sie mir, wenn ich mich nicht klar ausgedrückt habe.
Hab einen schönen Sonntag.
Betreff: Heatmap, ZeilengruppierungHallo thomasd ,
Es hört sich so an, als würden Sie einen laufen lassen Hierarchische Clusteranalyse, stimmt das? Für diese Analyseausgabe werden die Zeilen neu angeordnet, um d zu bilden Endrogramm, also müssen wir noch etwas tun, um die Grafik zu erstellen, die Sie meiner Meinung nach haben möchten.Wenn Sie Ihre Zeilenreihenfolge und -anzeige beibehalten möchten lipidom Konzentration in A Wärmekarte , vielleicht funktioniert Graph > Cell Plot für Sie.
Hier ist ein einfaches Beispiel mit dem Beispieldatensatz „Big Class“:
Und hier ist ein größeres Beispiel unter Verwendung des Beispieldatensatzes „Blutdruck“, mit 4 Stufen des experimentellen Faktors und 6 DVs:
Kommt das dem nahe, was Sie suchen? Wenn nicht, können Sie ein Bild davon bereitstellen Art Welche Handlung möchten Sie machen? Ich bin sicher, dass wir mit JMP einen Weg finden können, es zu schaffen.
Hoffe das hilft!
julianisch
