Carte thermique, regroupement de lignes<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Bonjour à tous,
Merci d'avoir pris le temps de lire ma question.
Je vais directement à mon problème avec JMP :
J'ai plusieurs données de concentration lipidomique provenant de 10 souris dans état A et 10 viandes hachées état B . Chaque fois que j'essaie de générer l'analyse de clustering et la carte des couleurs, JMP conserve réorganiser mes lignes donc ma condition A - souris est mélangée à ma condition B - souris.
Je veux juste une heatmap avec sur l'axe Y mes 2 groupes : condition A & condition B. Et que chaque colonne correspondrait à un lipide.
Je peux utiliser R pour ce faire mais j'aimerais vraiment utiliser JMP car c'est très rapide à faire.
Merci beaucoup pour votre aide.
Re : Carte thermique, regroupement de lignesSalut Julien,
Je suis nouveau sur JMP.Cet exemple est très proche de ce que j'essaie de faire. Je voulais voir le didacticiel du générateur de graphiques mais le lien ne fonctionnait pas.
S'il vous plaît, aidez-moi.
Re : Carte thermique, regroupement de lignesJ'ai compris! Je devrai alors continuer à utiliser Cell Plot pour mes cartes thermiques. Merci
Re : Carte thermique, regroupement de lignesExcellente question ! Même si Graph Builder est en général plus flexible, il n'y a qu'un seul rôle de couleur, vous ne pouvez donc utiliser qu'une seule échelle uniforme, contrairement au tracé de cellules qui vous permet d'avoir des échelles individuelles pour chaque variable.
Excellente suggestion pour élaborer un guide d'utilisation des cartes thermiques ! J'ajouterai cela à la liste des guides d'une page que nous réaliserons à l'avenir. Si vous n'avez pas vu la collection actuelle, vous pouvez la trouver sur jmp.com/learn
julien
Re : Carte thermique, regroupement de lignesJe comprends l'astuce consistant à utiliser la fonction Stack puis à utiliser le Graph Builder.Le résultat que j'ai obtenu en utilisant votre méthode est très prometteur mais je me demande comment ne pas mettre à l'échelle uniformément la carte thermique comme je peux le faire avec le Cell Plot (qui serait dans cet exemple : une échelle pour chaque mesure temporelle de la pression artérielle).
Je me sens comme un débutant avec JMP, mais j'ai aussi l'impression que je m'en sors plutôt bien jusqu'à présent avec l'aide, le guide de l'utilisateur disponible et les tutoriels Youtube. Mais je n'ai trouvé aucune information sur la création de ces cartes thermiques avant votre réponse. Je pense qu'il serait très utile que JMP rédige une sorte d'aide officielle à ce sujet, car les cartes thermiques sont extrêmement populaires de nos jours.
Re : Carte thermique, regroupement de lignesHeureux d'avoir pu aider!
Au cas où cela serait utile sur toute la ligne, je voulais vous montrer comment créer ce même tracé à l'aide de Graph Builder (qui est plus flexible, mais nécessitera un tout petit peu de restructuration). Voici une vidéo rapide de ce processus (c'est simple, mais cela semble plus compliqué en tant que série d'étapes que dans une vidéo).
J'espère que cela vous aidera à l'avenir !
julien
Re : Carte thermique, regroupement de lignesSalut Julien,
Cela ressemble exactement à ce que je veux !
Merci beaucoup pour votre aide.
J'espère aussi que cela aidera les autres.
Prends soin de toi,
Thomas
Re : Carte thermique, regroupement de lignesSalut Thomas ,
Je pense que vous pouvez obtenir ce que vous recherchez en plaçant à la fois le sujet et la dose dans la section « Étiquette », plutôt que de mettre la dose dans la section « X, regroupement ».
Afin d'obtenir une échelle uniforme, cochez la case « Mettre à l'échelle uniformément » avant de cliquer sur OK.
Est-ce plus proche de ce que vous souhaitez ?
julien
Re : Carte thermique, regroupement de lignesSalut Julien,
Merci beaucoup pour votre réponse très appréciée.
L'ensemble de données sur la pression de l'échantillon sanguin est en fait très similaire à mon cas. Dans cet ensemble de données, disons que je souhaite créer une carte thermique des données de la ligne 11 à la ligne 20 (2 conditions : Contrôle / Placebo). Je veux sur la même carte thermique les 2 conditions (donc Contrôle pour les 5 premières lignes, et Placebo pour les 5 dernières lignes) et que chaque colonne est une condition de mesure de la Pression Artérielle avec seulement une échelle unique par colonnes pour les deux conditions .
S'il vous plaît dites-moi si je ne suis pas clair.
Passez un bon dimanche.
Re : Carte thermique, regroupement de lignesSalut Thomas ,
On dirait que vous dirigez un analyse de classification hiérarchique, n'est-ce pas ? Pour cette sortie d'analyse, les lignes sont réorganisées pour former le d endrogramme, nous devrons donc faire autre chose pour former le graphique que je pense que vous voulez.Si vous souhaitez conserver l'ordre de vos lignes et afficher lipidomique concentration dans un carte de chaleur , peut-être que Graph > Cell Plot fonctionnera pour vous.
Voici un exemple simple avec l'exemple d'ensemble de données Big Class :
Et voici un exemple plus grand utilisant l'échantillon de données sur la pression artérielle, avec 4 niveaux de facteur expérimental et 6 DV :
Est-ce que cela se rapproche de ce que vous recherchez ? Sinon, pouvez-vous fournir une image du gentil de l'intrigue que vous cherchez à faire ? Je suis sûr que nous pouvons trouver un moyen d'y parvenir avec JMP.
J'espère que cela t'aides!
julien
