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Usando Permanova en JMP<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />

Hola,

Estoy intentando ejecutar un PERMANOVA en JMP en lugar de Qiime para observar las diferencias en la composición de la comunidad entre diferentes muestras microbianas en función de diferentes factores. También me encantaría aprender a construir gráficos PCoa en JMP si es posible, pero esto es secundario.

¡Gracias!

Re: Usando Permanova en JMP

¿Algún movimiento al respecto? Me encantaría usar JMP ya que estoy familiarizado con él, pero necesito ejecutar permanovas...

Re: Usando Permanova en JMP

Cualquiera que se tope con esta discusión puede considerar votar el elemento de la lista de deseos: PERMANOVA y PERMDISP

Gracias,

-John

Re: Usando Permanova en JMP

Como alguien que tiene que ejecutar un sistema operativo paralelo únicamente para ejecutar PRIMER (solo PC) para ejecutar PERMANOVA y ANOSIM, recomiendo encarecidamente que esta técnica se implemente en futuras versiones de JMP. Siento que ya existen todos los elementos principales para que esto suceda.

Re: Usando Permanova en JMP

Gracias Chris, lo he hecho ahora y espero que tenga éxito.

 

Muy apreciado, marxx.

Re: Usando Permanova en JMP

Estos dos métodos aún no se han implementado en JMP. Agréguelos a la Lista de deseos para que otros puedan votar (Kudo) por ellos. Esto ayudará a los desarrolladores a priorizar funciones para la próxima versión.

 

Aquí está el enlace a la lista de deseos:

https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/idb-p/jmp-wish-list

 

Estoy de acuerdo en que sería bueno incluir a estos dos en esta lista.

 

Mejor,

 

Chris Kirchberg

Re: Usando Permanova en JMP

Dos años después. ¿Sin respuestas?

 

PERMANOVA y ANOSIM son caballos de batalla en el campo del microbioma. Necesitan estar en JMP.

Re: Usando Permanova en JMP

Gracias Ian,

Estoy intentando ejecutar un PERMANOVA en JMP en lugar de Qiime para observar las diferencias en la composición de la comunidad entre diferentes muestras microbianas en función de diferentes factores. La mayoría de los factores que me gustaría probar son variables nominales y ordinales. 

Ex: ¿Los microbiomas de los bebés amamantados difieren en la composición de la comunidad de los bebés alimentados con fórmula en diferentes edades?

La variable alimentación tiene tres categorías nominales “Mama”, “Fórmula” y “Mezcla”, y la variable grupo de edad tiene cuatro niveles (0-3 meses, 4-7 meses, 8-11 meses o 12+ meses). Específicamente, me gustaría probar si los bebés amamantados (0-3 meses) difieren de los bebés alimentados con fórmula del mismo grupo de edad, y así sucesivamente.

Otra variable es una escala ordinal de limpieza del hogar 0-2.

   

También me gustaría probar el análisis de similitud (ANOSIM) si es posible.

Re: Usando Permanova en JMP

No hay nada integrado en JMP directamente comparable a http://qiime.org/scripts/compare_categories.html (Al menos no en detalle). Pero si puede brindar más detalles sobre las variables que tiene, estoy seguro de que la gente tendrá algunas sugerencias sobre cómo puede proceder con el uso de las capacidades de JMP. Es posible que se puedan realizar varias cosas "adicionales" utilizando el lenguaje de programación de JMP, pero yo no comenzaría con eso.