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Utilizzo di Permanova in JMP<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />

CIAO,

Sto cercando di eseguire PERMANOVA in JMP invece che in Qiime per esaminare le differenze nella composizione della comunità tra diversi campioni microbici in base a diversi fattori. Mi piacerebbe anche imparare a costruire grafici PCoa in JMP, se possibile, ma questo è secondario.

Grazie!

Ri: Utilizzo di Permanova in JMP

Qualche movimento a riguardo? Mi piacerebbe usare JMP perché lo conosco, ma devo eseguire permanovas...

Ri: Utilizzo di Permanova in JMP

Chiunque si imbatte in questa discussione potrebbe prendere in considerazione l'idea di votare l'elemento nella lista dei desideri: PERMANOVA e PERMDISP

Grazie,

-John

Ri: Utilizzo di Permanova in JMP

Come persona che deve eseguire un sistema operativo parallelo esclusivamente per eseguire PRIMER (solo PC) per eseguire PERMANOVA e ANOSIM, consiglio vivamente che questa tecnica venga implementata nelle future versioni di JMP! Sento che tutti gli elementi principali sono già in atto per far sì che ciò accada.

Ri: Utilizzo di Permanova in JMP

Grazie Chris, l'ho fatto ora e spero che ottenga trazione.

 

Molto apprezzato, Marxx

Ri: Utilizzo di Permanova in JMP

Questi due metodi non sono ancora stati implementati in JMP. Per favore aggiungili alla lista dei desideri in modo che altri possano votarli (Kudo). Ciò aiuterà gli sviluppatori a dare la priorità alle funzionalità per la versione successiva.

 

Ecco il link alla lista dei desideri:

https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/idb-p/jmp-wish-list

 

Sono d'accordo che sarebbe bello inserire questi due in questo elenco.

 

Migliore,

 

Chris Kirchberg

Ri: Utilizzo di Permanova in JMP

Due anni dopo. Nessuna Risposta?

 

PERMANOVA e ANOSIM sono cavalli di battaglia nel campo del microbioma. Devono essere in JMP.

Ri: Utilizzo di Permanova in JMP

Grazie Ian,

Sto tentando di eseguire un PERMANOVA in JMP invece che in Qiime per esaminare le differenze nella composizione della comunità tra diversi campioni microbici in base a diversi fattori. La maggior parte dei fattori che vorrei testare sono variabili nominali e ordinali. 

Ex: i microbiomi dei neonati allattati al seno differiscono nella composizione della comunità rispetto ai neonati allattati con latte artificiale in età diverse?

La variabile di alimentazione ha tre categorie nominali "Seno", "Formula" e "Miscela" e la variabile della fascia di età ha quattro livelli (0-3 mesi, 4-7 mesi, 8-11 mesi o 12+ mesi). Nello specifico, vorrei verificare se i neonati allattati al seno (0-3 mesi) differiscono dai neonati allattati con latte artificiale della stessa fascia di età e così via.

Un'altra variabile è una scala ordinale di pulizia domestica 0-2.

   

Vorrei anche testare l'analisi della somiglianza (ANOSIM), se possibile.

Ri: Utilizzo di Permanova in JMP

Non c'è nulla di integrato in JMP direttamente paragonabile http://qiime.org/scripts/compare_categories.html (almeno non in dettaglio). Ma se sei in grado di fornire qualche dettaglio in più sulle variabili che hai, sono sicuro che la gente avrà alcuni suggerimenti su come procedere utilizzando le funzionalità di JMP. Varie cose "extra" potrebbero essere fattibili utilizzando il linguaggio di scripting di JMP, ma non inizierei con quello.