Utiliser Permanova dans JMP<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Salut,
J'essaie d'exécuter un PERMANOVA dans JMP au lieu de Qiime pour examiner les différences de composition de la communauté entre différents échantillons microbiens en fonction de différents facteurs. J'aimerais aussi apprendre à créer des tracés PCoa dans JMP si possible, mais c'est secondaire.
Merci!
Re : Utiliser Permanova dans JMPY a-t-il du mouvement à ce sujet ? J'adorerais utiliser JMP car je le connais, mais j'ai besoin d'exécuter des permanovas...
Re : Utiliser Permanova dans JMPToute personne tombant sur cette discussion voudra peut-être envisager de voter pour l'élément de la liste de souhaits : PERMANOVA et PERMDISP
Merci,
-John
Re : Utiliser Permanova dans JMPEn tant que personne devant exécuter un système d'exploitation parallèle uniquement pour exécuter PRIMER (PC uniquement) afin d'exécuter PERMANOVA et ANOSIM, je recommande fortement que cette technique soit implémentée dans les futures versions de JMP ! J’ai l’impression que tous les éléments majeurs sont déjà en place pour que cela se produise.
Re : Utiliser Permanova dans JMPMerci Chris, je l'ai fait maintenant et j'espère que cela gagnera du terrain.
Très apprécié, marxx
Re : Utiliser Permanova dans JMPCes deux méthodes n'ont pas encore été implémentées dans JMP. Veuillez les ajouter à la liste de souhaits afin que d'autres puissent voter (Kudo) pour eux. Cela aidera les développeurs à prioriser les fonctionnalités de la prochaine version.
Voici le lien vers la liste de souhaits :
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/idb-p/jmp-wish-list
Je suis d’accord, ce serait bien d’avoir ces deux-là sur cette liste.
Meilleur,
Chris Kirchberg
Re : Utiliser Permanova dans JMPDeux ans plus tard. Pas de réponse?
PERMANOVA et ANOSIM sont des bêtes de somme dans le domaine du microbiome. Ils doivent être dans JMP.
Re : Utiliser Permanova dans JMPMerci Ian,
J'essaie d'exécuter un PERMANOVA dans JMP au lieu de Qiime pour examiner les différences de composition de la communauté entre différents échantillons microbiens en fonction de différents facteurs. La plupart des facteurs que j'aimerais tester sont des variables nominales et ordinales.
Ex- Les microbiomes des nourrissons allaités au sein diffèrent-ils dans la composition de la communauté de ceux des nourrissons nourris au lait maternisé à différents âges ?
La variable d'alimentation comporte trois catégories nominales « Sein », « Préparation » et « Mélange », et la variable de groupe d'âge comporte quatre niveaux (0-3 mois, 4-7 mois, 8-11 mois ou 12+ mois). Plus précisément, j'aimerais tester si les nourrissons allaités (0 à 3 mois) diffèrent des nourrissons nourris au lait maternisé du même groupe d'âge, et ainsi de suite.
Une autre variable est une échelle ordinale de propreté du ménage de 0 à 2.
J'aimerais également tester l'analyse de similarité (ANOSIM) si possible.
Re : Utiliser Permanova dans JMPIl n'y a rien de intégré dans JMP directement comparable à http://qiime.org/scripts/compare_categories.html (pas en détail du moins). Mais si vous êtes en mesure de donner plus de détails sur les variables dont vous disposez, je suis sûr que les gens auront quelques suggestions sur la façon dont vous pouvez procéder en utilisant les fonctionnalités de JMP. Diverses choses « supplémentaires » peuvent être réalisables en utilisant le langage de script de JMP, mais je ne commencerais pas par là.
