JMP での Permanova の使用<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />こんにちは、
Qiime ではなく JMP で PERMANOVA を実行して、さまざまな要因に基づいてさまざまな微生物サンプル間の群集構成の違いを調べようとしています。 可能であれば、JMP で PCoa プロットを構築する方法も学びたいと思っていますが、これは二次的なものです。
ありがとう！
Re: JMP での Permanova の使用これに関して何か動きはありますか？ JMP は使い慣れているので使いたいと思っていますが、パーマノバを実行する必要があります...
Re: JMP での Permanova の使用この議論に出会った人は、ウィッシュ リストの項目に投票することを検討してみてはいかがでしょうか。 PERMANOVA と PERMDISP
ありがとう、
-ジョン
Re: JMP での Permanova の使用PERMANOVA と ANOSIM を実行するために PRIMER (PC のみ) を実行するためだけに並列オペレーティング システムを実行する必要がある者として、このテクニックを将来の JMP リリースに実装することを強くお勧めします。 これを実現するための主要な要素はすべてすでに整っていると感じています。
Re: JMP での Permanova の使用ありがとう、クリス、私は今そうしました、そしてそれが牽引力になることを願っています。
とても感謝しています、マルクス
Re: JMP での Permanova の使用これら 2 つのメソッドはまだ JMP に実装されていません。 他の人が投票（工藤）できるように、ウィッシュリストに追加してください。 これは、開発者が次のバージョンの機能に優先順位を付けるのに役立ちます。
ウィッシュリストへのリンクは次のとおりです。
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/idb-p/jmp-wish-list
この 2 つをこのリストに加えることは良いことだと私は同意します。
最高、
クリス・カーチバーグ
Re: JMP での Permanova の使用二年後。 無反応？
PERMANOVA と ANOSIM は、マイクロバイオーム分野の主力製品です。 これらは JMP 内に存在する必要があります。
Re: JMP での Permanova の使用ありがとう、イアン
Qiime ではなく JMP で PERMANOVA を実行して、さまざまな要因に基づいてさまざまな微生物サンプル間のコミュニティ構成の違いを調べようとしています。 私がテストしたい因子のほとんどは名義変数と順序変数です。
例: 母乳で育てられた乳児のマイクロバイオームは、異なる年齢の粉ミルクで育てられた乳児とコミュニティ構成において異なりますか?
給餌変数には 3 つの公称カテゴリ「母乳」、「粉ミルク」、「混合物」があり、年齢グループ変数には 4 つのレベル (0 ～ 3 か月、 4～7 か月、8～11 か月、または 12 か月以上）。 具体的には、母乳で育てられた乳児 (0 ～ 3 か月) が、同じ年齢層の粉ミルクで育てられた乳児と異なるかどうかなどをテストしたいと考えています。
もう 1 つの変数は、家庭の清潔さの順序スケール 0 ～ 2 です。
可能であれば類似性分析（ANOSIM）もテストしたいと考えています。
Re: JMP での Permanova の使用JMP には、直接比較できるものは何も組み込まれていません。 http://qiime.org/scripts/compare_categories.html (少なくとも詳しくはありません)。しかし、もしあなたが持っている変数の詳細をもう少し詳しく教えていただければ、JMP 機能の使用方法についていくつかの提案が得られると思います。 JMP のスクリプト言語を使用すると、さまざまな「追加」のことが実現できるかもしれませんが、私はそこから始めるつもりはありません。
