Verwendung von Permanova in JMP<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Hallo,
Ich versuche, eine PERMANOVA in JMP anstelle von Qiime durchzuführen, um die Unterschiede in der Gemeinschaftszusammensetzung zwischen verschiedenen mikrobiellen Proben basierend auf verschiedenen Faktoren zu untersuchen. Ich würde auch gerne lernen, wie man PCoa-Plots in JMP erstellt, wenn möglich, aber das ist zweitrangig.
Danke schön!
Betreff: Verwendung von Permanova in JMPGibt es diesbezüglich eine Bewegung? Ich würde gerne JMP verwenden, da ich damit vertraut bin, muss aber Permanovas ausführen ...
Betreff: Verwendung von Permanova in JMPJeder, der auf diese Diskussion stößt, sollte darüber nachdenken, den Punkt auf der Wunschliste hochzustimmen: PERMANOVA und PERMDISP
Danke,
-John
Betreff: Verwendung von Permanova in JMPAls jemand, der ein paralleles Betriebssystem ausführen muss, nur um PRIMER (nur PC) zur Ausführung von PERMANOVA und ANOSIM auszuführen, empfehle ich dringend, diese Technik in zukünftigen JMP-Versionen zu implementieren! Ich habe das Gefühl, dass alle wichtigen Elemente bereits vorhanden sind, um dies zu ermöglichen.
Betreff: Verwendung von Permanova in JMPDanke Chris, ich habe es jetzt getan und hoffe, dass es Anklang findet.
Sehr geschätzt, Marxx
Betreff: Verwendung von Permanova in JMPDiese beiden Methoden wurden in JMP noch nicht implementiert. Bitte fügen Sie sie der Wunschliste hinzu, damit andere darüber abstimmen (Kudo) können. Dies wird den Entwicklern helfen, Funktionen für die nächste Version zu priorisieren.
Hier der Link zur Wunschliste:
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/idb-p/jmp-wish-list
Ich stimme zu, dass es gut wäre, diese beiden auf dieser Liste zu haben.
Am besten,
Chris Kirchberg
Betreff: Verwendung von Permanova in JMPZwei Jahre später. Keine Antworten?
PERMANOVA und ANOSIM sind Arbeitspferde im Mikrobiombereich. Sie müssen in JMP sein.
Betreff: Verwendung von Permanova in JMPDanke Ian,
Ich versuche, eine PERMANOVA in JMP anstelle von Qiime durchzuführen, um die Unterschiede in der Gemeinschaftszusammensetzung zwischen verschiedenen mikrobiellen Proben basierend auf verschiedenen Faktoren zu untersuchen. Die meisten Faktoren, die ich testen möchte, sind nominale und ordinale Variablen.
Ex-Unterscheiden sich die Mikrobiome gestillter Säuglinge in der Zusammensetzung der Gemeinschaft von Säuglingen, die mit Säuglingsnahrung ernährt werden, unterschiedlichen Alters?
Die Fütterungsvariable hat drei nominale Kategorien „Brust“, „Nahrungsnahrung“ und „Mischung“, und die Altersgruppenvariable hat vier Ebenen (0–3 Monate, 4–7 Monate, 8–11 Monate oder 12+ Monate). Insbesondere möchte ich testen, ob sich gestillte Säuglinge (0–3 Monate) von mit Säuglingsnahrung gefütterten Säuglingen derselben Altersgruppe unterscheiden usw.
Eine weitere Variable ist eine Ordinalskala für die Sauberkeit im Haushalt von 0 bis 2.
Wenn möglich, würde ich auch gerne die Ähnlichkeitsanalyse (ANOSIM) testen.
Betreff: Verwendung von Permanova in JMPIn JMP ist nichts integriert, was direkt damit vergleichbar wäre http://qiime.org/scripts/compare_categories.html (Zumindest nicht im Detail). Aber wenn Sie in der Lage sind, nähere Angaben zu den Variablen zu machen, die Sie haben, werden die Leute sicher einige Vorschläge haben, wie Sie mit der Nutzung der JMP-Funktionen fortfahren können. Durch die Verwendung der Skriptsprache von JMP sind möglicherweise verschiedene „zusätzliche“ Dinge möglich, aber damit würde ich nicht beginnen.
