在 JMP 中使用 Permanova<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />你好，
我正在嘗試在 JMP 而不是 Qiime 中運行 PERMANOVA，以根據不同因素查看不同微生物樣本之間群落組成的差異。 如果可能的話，我也很想學習在 JMP 中建立 PCoa 圖，但這是次要的。
謝謝你！
回覆：在 JMP 中使用 Permanova這方面有什麼動靜嗎？ 很想使用 JMP，因為我很熟悉它，但需要運行 permanovas...
回覆：在 JMP 中使用 Permanova任何偶然發現此討論的人都可能會考慮對願望清單中的項目進行投票： PERMANOVA 和 PERMDISP
謝謝，
-約翰
回覆：在 JMP 中使用 Permanova作為一個必須運行平行作業系統來運行 PRIMER（僅限 PC）來執行 PERMANOVA 和 ANOSIM 的人，我強烈建議在未來的 JMP 版本中實施該技術！ 我覺得實現這目標的所有主要要素都已經到位。
回覆：在 JMP 中使用 Permanova謝謝克里斯，我現在已經這樣做了，希望它能得到關注。
非常感謝，馬克思
回覆：在 JMP 中使用 Permanova這兩種方法尚未在 JMP 中實作。 請將它們添加到願望清單中，以便其他人可以對其進行投票 (Kudo)。 這將幫助開發人員優先考慮下一版本的功能。
這是願望清單的連結：
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/idb-p/jmp-wish-list
我同意將這兩個人列入此名單會很好。
最好的，
克里斯·基希伯格
回覆：在 JMP 中使用 Permanova兩年後。 沒有回應？
PERMANOVA 和 ANOSIM 是微生物組領域的主力。 他們需要在 JMP 中。
回覆：在 JMP 中使用 Permanova謝謝伊恩，
我嘗試在 JMP 而不是 Qiime 中運行 PERMANOVA，以基於不同因素來查看不同微生物樣本之間群落組成的差異。 我想測試的大多數因素都是名目變數和序數變數。
Ex- 不同年齡階段母乳哺育的嬰兒微生物組與配方奶哺育的嬰兒的群落組成是否不同？
餵食變數有三個名目類別“母乳”、“配方奶”和“混合”，年齡組變數有四個等級（0-3 個月、 4-7 個月、8-11 個月或 12+ 個月）。 具體來說，我想測試母乳哺育的嬰兒（0-3個月）是否與同年齡的配方奶餵養的嬰兒不同，等等。
另一個變數是家庭清潔度的序數範圍 0-2。
如果可能的話，我還想測試相似性分析（ANOSIM）。
回覆：在 JMP 中使用 PermanovaJMP 中沒有任何內建功能可以直接與http://qiime.org/scripts/compare_categories.html （至少不詳細）。但是，如果您能夠提供有關您所擁有的變量的更多詳細信息，我相信人們會對如何繼續使用 JMP 功能提出一些建議。 透過使用 JMP 的腳本語言，各種「額外」的事情可能是可行的，但我不會以此開始。
