我認為設計一個對隨機化有限制的複雜實驗很重要，因此，此討論可以幫助很多處於類似情況的用戶。 這是一個很好的例子，說明我們希望 JMP 社區中的這個討論區可以為我們所有人提供幫助。 我很困惑，已經兩週沒有活動了。 我懷疑這是因為最後的答復回答了所有剩餘的問題。
我希望討論再次開始。 以下是我希望引起更多回复的一些要點：
- 如果您開發檢測，這個案例與您自己的案例有何相似之處？ 它有何不同？
- 您對隨機化運行（井）有相同的限制嗎？ 更多的？ 較少的？ 只是不同？
- 對隨機化的限制顯然會影響設計運行的實用性。 限制如何影響分析是否同樣清楚？ 如果在分析中忽略限制，我對回歸模型的解釋可能會發生什麼變化？
- 在設計、運行或分析有限制的實驗時，您發現哪些實踐是有益的？
（請注意，同一用戶發起了另一個相關討論。 我將交叉發布此號召性用語，希望最好的討論獲勝！）
我將繼續使用 JMP 定制設計。 在許多方面，這是一個隨機化受限的普通實驗。 我試圖讓思考過程和最終設計盡可能直截了當。 （它可能需要改進——也許需要大量改進！）
我用你的定義做了一個設計。 以下是要點：
- 除了兩個例外，所有因素都完全按照您定義的方式輸入。
- 將質粒比率定義為低值 -3 和高值 -1 的 log10 質粒比率。 為什麼？ 因為這個因素代表了您對稀釋步驟的思考，而這種轉換使這種變化呈線性變化並簡化了建模。
- 我真的不喜歡零，因為連續因子的值很低。 這個定義本質上使它成為一個分類因素：不存在與存在。 實際上，我將血清濃度的低值保留為 0%，但我建議使用 1% 之類的低值：低但存在。
- 每個因子的水平數由模型確定。 包括高階項將需要更多的因子水平。 另一方面，如果模型相對簡單，許多級別是不必要的（並且效率低下 - 信息含量低。
- 我認為我們不需要在設計中明確地將盤子上的列和行視為阻塞因素。
- 您更喜歡一次使用半個板，從每一半中減去一列用於控制運行。
- 平板上兩種細胞類型的細胞編號應該相同，因此這個因素是很難改變.
- 細胞數成為整區因素。
- 其影響將以最低精度進行估計。
- 這個決定意味著你不能減少太多的盤子數量。 四個板可能是建模的實際最小值。
- 如果效果至少是標準偏差的 7 倍，則此設計可提供 80% 的功率。
- 一半板的細胞類型和血清濃度應該相同，所以這些因素都是很難改變.
- 細胞類型和血清濃度成為子圖因素。
- 它們的影響將以第二低的精度進行估計。
- 如果它們的效果至少是標準偏差的 4 倍，則此設計提供相同的 80%。
- 看起來你有很多複制，但只有容易改變的因素、質粒比率、整合時間和轉染後時間才能享受到這種複制。
- 我不確定複製和隨機化對這些因素意味著什麼，因為您可能也會在這裡一次處理一個盤子或半個盤子。
以下腳本將製作我正在談論的設計供您檢查和考慮。
DOE(
Custom Design,
{Add Response( Maximize, "Dynamic Range", ., ., . ),
Add Factor( Continuous, 10000, 50000, "Cell Number", 2 ),
Add Factor( Continuous, -3, -1, "Log10 PLasmid Ratio", 0 ),
Add Factor( Continuous, 0, 4, "Serum Concentration", 1 ),
Add Factor( Categorical, {"HELA", "HEK293"}, "Cell Type", 1 ),
Add Factor( Continuous, 5000, 30000, "Integration Time", 0 ),
Add Factor( Discrete Numeric, {24, 48, 72}, "Time Post Transfection", 0 ),
Set Random Seed( 556681383 ), Number of Starts( 3 ), Add Term( {1, 0} ),
Add Term( {1, 1} ), Add Term( {2, 1} ), Add Term( {3, 1} ), Add Term( {4, 1} ),
Add Term( {5, 1} ), Add Term( {6, 1} ), Add Potential Term( {6, 2} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {2, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {3, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {1, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {1, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {3, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {4, 1} ), Add Alias Term( {2, 1}, {5, 1} ),
Add Alias Term( {2, 1}, {6, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {4, 1} ),
Add Alias Term( {3, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {3, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {4, 1}, {5, 1} ), Add Alias Term( {4, 1}, {6, 1} ),
Add Alias Term( {5, 1}, {6, 1} ),
Set N Whole Plots( 4 ),
Set N Subplots( 8 ),
Set Sample Size( 320 ),
Make Design,
Change Anticipated Coefficients( [1 3.5 1 2 2 1 1 1] ),
Set RMSE( 1 ),
Set Run Order( Keep the Same )}
);
我希望您對此會有疑問，但我會根據您提供的信息盡力而為。
為了清楚起見，您可以將 Whole Plots 重命名為 Plate，將 Subplots 重命名為 Half Plate。
非常感謝您的快速回复。 我一定會提供一個我正在嘗試設置的實驗的清晰示例，希望您能幫助我設置 DOE 作為示例。
我有一個 Nanobret 測定法，旨在測量 GR / GR 相互作用，我想首先優化動態範圍。 我有一個陽性對照，在本例中是地塞米松，它應該在測定中產生最大信號，還有一個載體對照（代表測定中的基線噪聲）它們是許多可能影響該測定性能的變量。 這些變量包括
1. 細胞數（續） 建議範圍：5000 - 30,000
2. 質粒比（續）0.1 - 0.001
3. 血清濃度（續）0% - 4%
4. 細胞類型 (cat) HELA, HEK293
5.積分時間（續）0.1 - 2秒
6. 轉染後時間（續還是貓？） 24、48、78 小時（這可以是連續的，但實驗工作流程也是一個問題）
現在我在 96 孔板中工作，需要保留大約 8 個用於此板中的控件（我可以將其加倍，以便我們刪除偶數列，以便在兩個塊中均勻地接種細胞更容易）板的其餘部分可以用於 DOE。
我必須記住的一件事是實驗工作流程，即。每塊板幾乎不可能有 20 種不同的細胞數濃度。 （它
如果每 96 孔板一次只能有兩種細胞類型，那就太好了）雖然我可以將兩種細胞類型接種在一塊板上，但我想封閉該板，使其分成兩部分（即一半的板有一個細胞另一半有另一個）血清濃度也最好保持在每塊板兩個（每個細胞塊一個不同的濃度，但這可能更容易控制在行中）我想保持板的數量低於5 如果可能的話，但我願意接受基於 DOE 的建議。
我希望我已經在這裡清楚地列出了所有內容。 如果有人能提供一個如何最好地做到這一點的例子，尤其是牢記實驗工作流程，那將非常有幫助。
我相信任何有板凳經驗的人都會明白我從哪裡來的這個問題。
提前致謝！
DOE 的原則在化驗開發領域得到了很好的應用。 我在該領域的研發工作了 15 年，廣泛使用 DOE 進行篩选和優化。 我也對缺乏關於 DOE 的學習材料感到驚訝，因為它與藥物研發有關。 我還發現，我遇到的文章有一半以上是錯誤的或具有誤導性的。 （當你的同行對這個主題也一無所知時，同行評審可能會失敗。）如果你自己從一本書中學得很好，這裡有一個很好的信息來源：實驗的優化設計：案例研究方法彼得古斯和布拉德利瓊斯。
當您說您在使用微量滴定板設置實驗時遇到困難時，我相信您。 （順便說一句，請查看 JMP 社區的文件交換區，了解我關於自定義形狀文件Graph Builder！）但是你應該能夠為這個設備設計一個實驗。 我剛剛為具有八級分塊因子的二階多項式模型設計了一個雙因子實驗排和一個十二級阻塞因子上校. （參見隨附的示例數據表。）設計在最後一個塊中是隨機的，但您可以根據需要根據您設置板的方式排列行。 請檢查此示例並使用它來提出更多問題。
如果您可以分享有關您正在嘗試做的事情、您遇到的困難或 JMP 失敗時的具體情況的更多具體細節，這將對我們有所幫助。
