Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?Bonjour ,
J'essaie de faire l'analyse des données de rendement avec trois facteurs (2 ans, 2 emplacements, 8 variétés). Cependant, les données ne sont pas des données équilibrées comme suit :
En 2012, les 8 variétés ont été testées uniquement dans le lieu A, mais en 2013, les 8 variétés ont été testées dans les lieux A et B.
Comment puis-je toujours exécuter une analyse factorielle à 3 voies à l'aide du modèle mixte si je souhaite traiter « l'année » comme un effet aléatoire ? car je souhaiterai voir s'il y a des interactions entre les trois facteurs.
Merci beaucoup pour votre aide!!
Re : Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?Vous aurez des tests pour des termes individuels dans le modèle.
Il n'y a pas de tests par paires (par exemple, Tukey ou contrastes) dans Ordinal Logistic ou Nominal Logistic. Le rapport d'estimations de paramètres testera tous les paramètres par rapport au dernier niveau mais sans ajustement pour les comparaisons multiples.
Re : Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?Je ne savais pas que l'année pouvait être traitée comme un effet fixe dans n'importe quelle situation, mais merci pour cette recommandation.
Si je suis en forme Modèle logistique ordinal , je peux voir si les effets ou les interactions sont significativement différents, n'est-ce pas ? Existe-t-il un moyen de comparer les variétés par paires en fonction de leurs évaluations de réponse à la maladie ?
Merci.!
Re : Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?Les termes du modèle seront les mêmes mais la méthode sera une régression logistique nominale ou ordinale. JMP ne peut pas estimer un tel modèle s'il existe des effets aléatoires. Vous feriez peut-être mieux de traiter l'année comme un effet fixe pour le moment, car vous ne disposez que de deux ans, ce qui représente de toute façon une très petite taille d'échantillon pour estimer la variance.
Commencez comme avant avec Fit Model. JMP passe automatiquement à la régression logistique nominale lorsque vous placez votre réponse catégorique Maladie dans le rôle Y. (N'entrez pas d'autre réponse dans ce cas.) La différence entre la logistique nominale et ordinale réside dans l'interprétation du logit et des cotes souhaitées.
Re : Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?Merci beaucoup pour ton aide!
Je vais également analyser l'évaluation de la maladie (données ordinales), pourriez-vous s'il vous plaît me suggérer le meilleur modèle à analyser compte tenu de ma situation ? (8 variétés, 2 ans et 2 emplacements) ?
Appréciez-le encore!
Re : Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?Vous pouvez utiliser la plateforme Tabulate (menu Analyser) pour calculer le %CV de chaque groupe dans un format récapitulatif.
Re : Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?Non, j'ai toujours besoin de l'année dans mon modèle pour voir si la plupart des variétés fonctionnent de manière stable dans différents environnements. Votre point de précipitation est la seule variable dans une année, ce qui est très logique. Cependant, je pensais qu'il existe un moyen d'examiner les interactions entre les variétés Année* même si l'année est aléatoire ?
Le CV est un moyen courant d'examiner l'uniformité des champs lors de la réalisation d'essais de rendement avec n'importe quel plan expérimental, tel que RCBD.
On pense généralement que < 10 % correspond à des environnements extrêmement uniformes ;
10 % < x < 30 % est acceptable avant de combiner davantage l'analyse
Re : Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?Vous allez donc supprimer Year de l’analyse ?
Les précipitations ne sont que l’une des nombreuses perturbations qui contribuent à l’effet aléatoire appelé Année. Serait-il judicieux de passer d'un facteur catégoriel aléatoire (année) à des facteurs continus fixes comme les précipitations ?
La variété est un effet fixe qui dépend du niveau d'un autre facteur ? Cet effet nécessite un terme d'interaction dans le modèle.
Si vous avez plusieurs cultures dans votre ensemble de données et que vous les combinez, la variation supplémentaire selon les années ou les cultures réduira la puissance de vos tests.
Étant donné que vous comparez la même réponse dans tous les groupes, vous n'avez pas besoin d'utiliser %CV. Vous pouvez comparer l’écart directement dans la plateforme Oneway. Sélectionner Analyser > Ajuster Y par X . Cliquez sur le triangle rouge après avoir lancé la plateforme et sélectionnez Des écarts inégaux . Le test de Bartlett est le test le plus puissant pour les données normalement distribuées. Par ailleurs, le test de Levene est le test le plus puissant.
Vous pouvez également utiliser le Diagramme quantile normal commande dans Oneway pour évaluer la normalité des données.
Re : Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?Parce que 2012 a moins de précipitations que 2013 et que toutes les variétés ne réagissent pas de la même manière à l’année. Je peux combiner, mais je devrai vérifier le CV% pour chaque combinaison d'environnement avant de faire l'analyse de combinaison.
Savez-vous comment vérifier le CV% pour chaque combinaison pour vous assurer qu'ils sont suffisamment bas pour être combinés ?
ex (2012, emplacement A) & (201 2 , emplacement 
& ((2013, emplacement A)& (2013, emplacement
Merci
Re : Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?Je ne vois pas la nécessité d'effectuer des analyses distinctes pour chaque année. Cette division de l'échantillon affectera la puissance de vos tests. Conservez dans le modèle tous les effets pris en charge par les données pour les tests les plus puissants. Vous obtiendrez un test de modèle complet, des tests pour des termes individuels et des tests pour comparer les niveaux au sein d'un facteur.
Pourquoi les commandes que je vous ai données plus tôt ne suffiront-elles pas aux comparaisons que vous souhaitez faire ?
Re : Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?Bonjour Mark,
Merci beaucoup de l'avoir expliqué si clairement.
Je comprends que si j'exécute le modèle mixte avec « année » comme effet aléatoire, je ne pourrai pas obtenir de LSD commun, mais je pourrai quand même faire des comparaisons par paires.
Cependant, pourrai-je obtenir du LSD si je le lance avant " Année " ?
Oui : Rendement
Par Année
Effets du modèle : Variétés , Emplacements , Variétés*Lieux
Merci!
Re : Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?Bonjour Mark,
Merci beaucoup de l'avoir expliqué si clairement.
Je comprends que si j'exécute le modèle mixte avec « année » comme effet aléatoire, je ne pourrai pas obtenir de LSD commun, mais je pourrai quand même faire des comparaisons par paires.
Cependant, pourrai-je obtenir du LSD si je le lance avant " Année " ?
Oui : Rendement
Par Année
Effets du modèle : Variétés , Emplacements , Variétés*Lieux
Merci!
Re : Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?J'avais oublié que vous montiez un modèle mixte. Mes instructions convenaient au cas d'un modèle à effets fixes uniquement.
Ces commandes sont toujours disponibles mais elles se trouvent ailleurs. Ouvrez le Détails de l'effet et vous trouverez les mêmes informations pour chaque terme que dans le graphique de levier (sauf pour le graphique lui-même).
Re : Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?Vous devrez utiliser la plateforme Ajuster les moindres carrés via Analyse > Ajuster le modèle. Assurez-vous que l'accent est mis sur l'effet de levier, bien qu'il existe un autre moyen d'obtenir cette information. Les moyennes des moindres carrés sont indiquées sous chacun des graphiques de levier. Le LSD n'est pas disponible mais vous pouvez tester toutes les différences par paires avec la méthode Tukey, les différences avec un niveau de contrôle avec la méthode Dunnett, ou tout contraste spécifique ou combinaison de contrastes. Cliquez sur le triangle rouge à côté de l’un des tracés de levier pour trouver les commandes. Si vous maintenez d'abord enfoncée la touche Ctrl (Windows) ou Commande (Mac), la commande sera diffusée sur tous les tracés de levier afin que vous n'ayez pas à les exécuter individuellement.
Re : Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?Bonjour Mark,
Merci beaucoup!
Pourrai-je toujours obtenir le LSD pour toutes les variétés à partir de cette analyse combinée afin de pouvoir faire des comparaisons par paires ?
Re : Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?L'estimabilité des paramètres dépend du plan : le plan factoriel complet de 32 analyses (2*2*8) prend en charge l'estimation de tous les termes possibles, en supposant que tous sont traités comme des facteurs nominaux. Les données manquantes interdisent l’estimation de l’effet Année*Localisation et de l’effet Année*Localisation*Variété.
De plus, si vous traitez l'année comme un effet aléatoire, vous ne souhaiterez pas estimer l'effet Année*Variété. Vous pouvez estimer l'effet Année quelle que soit la façon dont vous le modélisez (effet fixe ou aléatoire).
Re : Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?Bonjour Mark,
Merci beaucoup pour votre réponse.Je suppose que je devrais supprimer le Année * Localisation*variété terme du modèle également ?
Pourrai-je alors encore voir l’effet d’une année sur le rendement ? Merci
Junon
Re : Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?Je n'ai pas pris en compte l'effet d'interaction à trois facteurs. Deux des trois effets d'interaction à deux facteurs peuvent être estimés si les seules valeurs manquantes sont pour Emplacement = B lorsque Année = 2012. Bien sûr, j'ai réalisé un plan factoriel complet pour ces facteurs tels qu'ils étaient décrits et je n'ai eu aucune difficulté à estimer les paramètres si le terme Année*Location était omis.
De toute façon, qui croit aux interactions à trois facteurs ?
Re : Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?Marque,
Vous ne qualifiez rien concernant le terme Année*Lieu*Variété.Ce terme restera-t-il viable dans cette conception ?
Jim
Re : Comment faire une ANOVA factorielle complète à trois voies avec des données déséquilibrées avec un modèle mixte ?Vous pouvez adapter un modèle à tous les effets souhaités, à l'exception du Année * Emplacement effet d'interaction.
- Sélectionner Analyser > Modèle adapté .
- Sélectionnez le Année , Emplacement , et Variété colonnes de données.
- Cliquez sur Macro et sélectionnez Factorielle en degré .
- Sélectionnez le Année * Emplacement effet et cliquez Retirer .
- Sélectionnez le Année et le Année * Variété termes, puis cliquez sur le triangle rouge à côté de Les attributs et sélectionnez Aléatoire .
- Cliquez sur Exécuter.
C'est tout ce que vous pouvez faire avec ces données.
