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transformando un transcriptoma

Hola a todos,

Estoy tratando de usar JMP (14.0 o 14.2) para analizar un transcriptoma de coral: 12 muestras x 390 000 genes (= 12 filas por 390 000 columnas). Ahora, hacer las tareas más simples casi puede bloquear mi Macbook Air de 8 GB de RAM, por lo que estoy tratando de ver si hay una forma más sencilla de estandarizar mis datos. En otras palabras, quiero convertir los datos sin procesar de mis 390 000 genes en puntajes z (muestra-media/desviación estándar). Con conjuntos de datos más pequeños, puedo seleccionar las columnas que quiero estandarizar y luego usar "columna de fórmula" y seleccionar "estandarizar". Esto creará nuevas columnas con datos estandarizados (que es una gran característica de JMP por cierto). Sin embargo, solo puedo hacer unos pocos cientos de columnas a la vez antes de que JMP se bloquee, lo que significa que podría llevar días estandarizar manualmente mi transcriptoma. ¿Alguien puede pensar en una manera más fácil de transformar un conjunto de datos tan grande? Puedo hacer esto en Excel, pero estoy tratando de pensar en una forma de hacerlo únicamente en JMP.

 

PD: SOY consciente de que los datos se pueden estandarizar antes de los análisis al seleccionar columnas para cualquier prueba/algoritmo analítico (p. ej., seleccionar columnas para PCA), ¡pero esto también bloquea JMP!

Re: transformar un transcriptoma

Hola @abmayfield

 

JMP Genomics se utiliza principalmente para el análisis estadístico de recuentos generados a partir de transcriptomas ensamblados. Puede normalizar dentro de JMP Genomics o utilizar sus recuentos normalizados existentes.

 

cris

Re: transformar un transcriptoma

¡Bueno! Porque transformar un transcriptoma en conjuntos de 10.000 columnas más o menos (como estoy haciendo en este momento) literalmente me lleva semanas.

¿JMP Genomics realiza algún tipo de ensamblaje o está diseñado principalmente para analizar el transcriptoma ensamblado después de que Trinity, RSEM y otros programas similares ya hayan generado datos de FPKM (o de otra expresión)?

Re: transformar un transcriptoma

Hola @abmayfield ,

 

1. JMP Genomics no realiza ninguna alineación de contigs o secuencias, por lo que aún tendrá que usar BLAST como recursos en la Web
2. La transformación de genomas completos (digamos log2 como usted menciona) es bastante posible ya que no se basa en la memoria, sino en archivos. Tengo una computadora portátil que tiene un procesador de cuatro núcleos y 32 GB de RAM, pero la RAM es realmente irrelevante ya que todo se hace en el disco duro (tengo una unidad SSD de 512 GB, pero eso tampoco es un factor de velocidad tan grande como la E/S de la placa base y los dispositivos conectados).

Espero que ayude,

 

cris

Re: transformar un transcriptoma

Tengo otras dos preguntas sobre JMP Genomics que podrían ayudar a las personas que están considerando la idea de realizar la compra:

1) ¿JMP Genomics tiene una forma interna de BLASTing contigs de modo que la información de mayor éxito se pueda incorporar en una tabla con formato JMP en un período de tiempo razonable (días)? ¿O es necesario realizar algún tipo de búsqueda de homología fuera de JMP Genomics?

2) ¿Puede JMP Genomics transformar transcriptomas completos (log2 o de otro tipo) en una computadora portátil normal con 8-16 GB de RAM? Como mencioné en mi consulta inicial, ¡la transformación de 300,000 columnas de datos puede paralizar esencialmente el JMP normal! Si todavía necesito un servidor de bioinformática dedicado para mis proyectos de transcriptoma, está bien; Solo quiero ver cuánto puedo hacer con mi computadora portátil personal.

Gracias,
anderson

Re: transformar un transcriptoma

¡Excelente! Creo que nuestro presupuesto nos permitirá comprar una licencia en 2019. Por mucho que probablemente DEBERÍA aprender a escribir scripts y cómo hacer todos estos tipos de análisis bioinformáticos de Python, R, etc., Estoy demasiado ocupado y quiero dejar eso a los profesionales. Por lo tanto, este enfoque bioinformático fácil de usar parece estar en mi callejón.

Re: transformar un transcriptoma

@abmayfield para agregar un poco a @Chris_Kirchberg La respuesta de arriba, aquí hay una lista completa de los requisitos del sistema para JMP Genomics que se enumeran en jmp.com:

 

https://www.jmp.com/en_us/support/system-requirements.html#jmp-gc

 

Re: transformar un transcriptoma

Hola @abmayfield ,

 

1) Sí, puede ejecutarse en un sistema operativo basado en Windows con 8 a 16 GB de RAM

2) Sí, actualmente viene con JMP 13 y es parte integral de JMP Genomics. Si está aprovechando una función de JMP 14 que no existe en JMP 13, necesitará ambas y no interactuarán entre sí (se instalan en ubicaciones separadas en la carpeta Archivos de programa).

 

Espero que ayude.

Re: transformar un transcriptoma

¡Excelente! Lo examinaré con más detalle. Tengo una pregunta rápida sobre JMP Genomics que a otros también les puede interesar saber:

1. ¿Puede funcionar en una computadora portátil personal estándar con 8-16 GB de RAM o la mayoría de las personas tienen una computadora de trabajo dedicada para ejecutarlo?

2. ¿Tiene todas las funciones de JMP estándar (para análisis no genómicos) o necesitaría tanto JMP estándar como JMP Genomics para realizar análisis estadísticos estándar y bioinformática?

Gracias.

Re: transformar un transcriptoma

@abmayfield : Sí, recuerdo nuestras conversaciones iniciales sobre PLS y análisis discriminante. Con @Chris_Kirchberg también contribuye aquí... es nuestro experto interno en todos estos tipos de temas y una PYME en las aplicaciones de ciencias biológicas de JMP, de las cuales JMP Genomics es una. Así que está en buenas manos allí, especialmente si puede encontrar los medios para JMP Genomics... Seguro que parece que sus capacidades son mucho más relevantes para su caso de uso específico que lo que sería JMP Pro.

Re: transformar un transcriptoma

Pedro,

Gracias por su respuesta. De hecho, fuiste tú quien me dio la idea de usar PLS (y JMP en general) para analizar mis datos transcriptómicos. Cuando usa el estándar JMP (no tengo Pro), PUEDE, como menciona, usar la opción "amplia" con conjuntos de datos transcriptómicos en la opción de análisis discriminante (DA) (que es una especie de versión categórica de PLS, ¿verdad? ). Lo bueno de DA es que tiene una opción para estandarizar primero. Entonces, para DA/PLS, estoy listo.

Además, para otros lectores que estén interesados en probar esto, PCA, agrupamiento jerárquico e incluso MDS PUEDEN realizarse con JMP estándar con enormes conjuntos de datos transcriptómicos en un período de tiempo relativamente corto (minutos-horas, segundos y segundos, respectivamente). ). Esto me lleva a creer que JMP está realizando algún tipo de descomposición de valores singulares de forma predeterminada, al menos para los dos últimos enfoques, que se realizan demasiado rápido para considerar todas las relaciones posibles entre la matriz de datos. Entonces, el eslabón más débil es el propio paso de estandarización.

Estoy intentando una vez más para ver si puedo hacer que JMP genere 390 000 columnas nuevas con datos estandarizados (dos horas seguidas, hasta ahora). Luego, veré si tengo éxito al estandarizar dentro de las plataformas PCA, agrupamiento jerárquico y MDS al mismo tiempo que uso una descomposición de valor singular (si está disponible). Estoy empezando a preguntarme si la estandarización supondrá una gran diferencia con 390 000 genes. Es probable que el efecto de unos pocos genes de alta expresión no ejerza tanta influencia en un conjunto de datos tan enorme (aunque podría estar equivocado en esto).

Re: transformar un transcriptoma

Realiza análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes, pero no análisis de red como iPathway Guide, Ingenuity Pathway Analysis u otro software similar.

 

Una cosa a tener en cuenta es que hace diagramas de correlación parcial, que es un diagrama similar a una red basado en la correlación de los datos. Vea este enlace para más detalles:

 

https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG90_documentation/wwhelp/wwhimpl/js/html/wwhelp.htm#href=PR_L_PD_0008.html

 

Si necesita algún tipo de idea sobre el costo de JMP Genomics, es lo mismo que JMP Pro. Eso debería ayudar si puede ponerlo en el presupuesto de la computadora. Si necesita un número exacto (y aún no lo tiene), su vendedor local puede obtenerlo por usted.

Re: transformar un transcriptoma

Esos gráficos de JMP Genomics se ven hermosos, y los tipos de análisis admitidos (es decir, la expresión diferencial de genes a partir de datos de RNA-Seq) son exactamente lo que necesito hacer. ¿Puede realizar alguno de estos análisis de red que están de moda estos días? Estoy en varios manuscritos que presentan un análisis de red de este tipo con datos transcriptómicos, pero no tengo idea de cómo funcionan los cálculos y actualmente NO podría replicar los hallazgos por mi cuenta. Mi razón principal para no comprar JMP Pro o JMP Genomics es financiera, ya que soy un investigador independiente que esencialmente se gana la vida con pequeñas subvenciones de dinero blando. Dicho esto, creo que mi próxima subvención tiene un presupuesto para "computadoras" cuyos fondos podría usar para software.

Re: transformar un transcriptoma

HOLA @abmayfield ,

 

Otro pensamiento es ¿qué vas a hacer a continuación? Después de estandarizar los datos, ¿hará PCA y con qué propósito? ¿Expresión diferencial de genes? ¿Agrupación? ¿Modelado?

 

JMP Genomics fue diseñado para manejar este tamaño y tipos de datos por la misma razón que, en algunos casos, nunca podría agregar suficiente memoria para estandarizar o incluso analizar esta cantidad de genes. Echa un vistazo aquí:

 

https://www.jmp.com/en_us/software/genomics-data-analysis-software.html \

 

Si planea hacer algo de lo que ve en este enlace, hágamelo saber y podemos discutir más si lo desea.

 

Mejor,

 

Re: transformar un transcriptoma

anderson:

 

¿Parece que está ejecutando JMP estándar y no JMP Pro? La razón por la que pregunto es porque, en un sentido general de diseño de JMP, para muchas plataformas (PCA es una), los desarrolladores de JMP han incluido una opción de tipo "ancho" o "escaso" dentro de la ventana de especificación de la plataforma. ¿Estas opciones utilizan técnicas más eficientes desde el punto de vista computacional para datos como los suyos que podrían no bloquear su computadora pero aún así brindarle la información que busca? Entonces, tal vez, solo tal vez, pueda lograr lo que desea (no necesariamente estandarizar) analíticamente usando estas opciones dentro de la plataforma.

 

Aquí hay un poco más de detalles sobre la plataforma PCA:

 

https://www.jmp.com/support/help/14-1/estimation-methods-2.shtml#315271