トランスクリプトームの変換皆さんこんにちは、
JMP (14.0 または 14.2) を使用してサンゴのトランスクリプトームを分析しようとしています: 12 サンプル x 390,000 遺伝子 (= 12 行 x 390,000 列)。 現在、最も単純なタスクを実行すると、8 GB RAM の Macbook Air がほぼクラッシュする可能性があるため、データを標準化するためのより簡単な方法がないかどうかを確認しようとしています. つまり、390,000 個の遺伝子の生データを z スコア (標本平均/標準偏差) に変換したいと考えています。 データセットが小さい場合は、標準化する列を選択してから、「数式列」を使用して「標準化」を選択できます。 これにより、標準化されたデータを含む新しい列が作成されます (これは JMP BTW の優れた機能です)。 ただし、JMP がクラッシュする前に一度に実行できるのは数百の列だけです。つまり、手動でトランスクリプトームを標準化するには数日かかる可能性があります。 このような巨大なデータセットを変換するためのより簡単な方法を考えられる人はいますか? これは Excel でもできますが、JMP だけで行う方法を考えています。
PS: 分析テスト/アルゴリズムの列を選択する場合 (PCA の列を選択する場合など)、分析前にデータを標準化できることは承知していますが、これも JMP をクラッシュさせます!
Re: トランスクリプトームの変換やあ@abmayfield
JMP Genomics は、主に、組み立てられたトランスクリプトームから生成されたカウントの統計分析用です。 JMP Genomics 内で正規化するか、既存の正規化されたカウントを使用できます。
クリス
Re: トランスクリプトームの変換良い！ トランスクリプトームを 10,000 列程度のセットで変換するには (現在私が行っているように)、文字通り数週間かかるからです。
JMP Genomics はなんらかのアセンブリを行いますか?それとも主に、Trinity、RSEM などのプログラムによって FPKM (またはその他の方法で発現) データが生成された後に、アセンブリされたトランスクリプトームを分析することを目的としていますか?
Re: トランスクリプトームの変換やあ@abmayfield 、
- JMP Genomics はコンティグや配列のアラインメントを行わないため、Web 上で BLAST のようなリソースを使用する必要があります。
- メモリベースではなくファイルベースであるため、ゲノム全体（あなたが言及したようにlog2など）を変換することは非常に可能です。 私はクアッド コア プロセッサと 32 GB の RAM を搭載したラップトップを持っていますが、RAM は実際には重要ではありません。マザーボードと接続されたデバイスの I/O)。
それが役立つことを願って、
クリス
Re: トランスクリプトームの変換JMP Genomics について、購入を検討している人々に役立つかもしれない別の 2 つの質問があります。
1) JMP Genomics にはコンティグを BLAST する内部的な方法があり、トップ ヒット情報を妥当な時間 (日数) で JMP 形式のテーブルに組み込むことができますか? それとも、JMP Genomics 以外で何らかの相同性検索を行う必要がありますか?
2) JMP Genomics は、8 ～ 16 GB の RAM を搭載した通常のラップトップでトランスクリプトーム全体 (log2 またはそれ以外) を変換できますか? 最初のクエリで述べたように、300,000 列分のデータを変換すると、通常の JMP が実質的に機能しなくなります。 トランスクリプトーム プロジェクト専用のバイオインフォマティクス サーバーが必要な場合は、それで問題ありません。自分の個人用ラップトップでどれだけのことができるかを知りたいだけです。
ありがとう、
アンダーソン
Re: トランスクリプトームの変換すごい！ 私たちの予算では、2019 年にライセンスを購入できると思います。 おそらくスクリプトと、Python、Rなどからこれらすべてのタイプのバイオインフォマティクス分析を行う方法を学ぶ必要があるのと同じくらい、 忙しくてプロに任せたい。 したがって、このユーザーフレンドリーなバイオインフォマティクスのアプローチは、私の好みに合っているようです。
Re: トランスクリプトームの変換@abmayfield少しだけ追加する@Chris_Kirchberg上記の の返信、jmp.com に記載されている JMP Genomics のシステム要件の包括的なリストは次のとおりです。
https://www.jmp.com/en_us/support/system-requirements.html#jmp-gc
Re: トランスクリプトームの変換やあ@abmayfield 、
1) はい、8 ～ 16 GB の RAM を搭載した Windows ベースの OS で実行できます。
2) はい、現在 JMP 13 に付属しており、JMP Genomics の不可欠な部分です。 JMP 13 に存在しない JMP 14 の機能を利用する場合は、両方が必要になり、相互に作用しません (これらは Program Files フォルダー内の別々の場所にインストールされます)。
それが役立つことを願っています。
Re: トランスクリプトームの変換すごい！ 詳しく見ていきます。 JMP Genomics について簡単な質問があります。他の方も知りたいと思われるかもしれません。
1. 8 ～ 16 GB の RAM を搭載した標準的な個人用ラップトップで実行できますか、それともほとんどの人がそれを実行するための専用の仕事用コンピューターを持っていますか?
2. 標準の JMP のすべての機能 (非ゲノム解析用) を備えていますか? それとも、標準の統計解析とバイオインフォマティクスの両方を行うには、標準の JMP と JMP Genomics の両方が必要ですか?
ありがとう。
Re: トランスクリプトームの変換@abmayfield : はい、PLS と判別分析に関する最初の会話を覚えています。 と@Chris_Kirchbergここでも貢献しています...彼は、これらすべてのタイプの主題に関する社内の専門家であり、JMP Genomics を含む JMP のライフ サイエンス アプリケーションの SME です。 したがって、特に JMP Genomics の必要な手段を見つけることができれば、あなたはそこにいることになります...JMP Pro よりも、ここでの特定のユースケースにその機能がはるかに関連しているように思えます。
Re: トランスクリプトームの変換ピーター、
ご回答ありがとうございます。 実際、私のトランスクリプトーム データを分析するために PLS (および一般的な JMP) を使用するというアイデアを私に与えてくれたのはあなたでした。 JMP標準を使用する場合（私はProを持っていません）、あなたが言及したように、判別分析（DA）オプションの下でトランスクリプトームデータセットで「ワイド」オプションを使用できます（これはPLSの一種のカテゴリバージョンですよね？ ）。 DA の良いところは、最初に標準化するオプションがあることです。 これで、DA/PLS の準備は整いました。
また、これを試すことに関心のある他の読者の皆様へ、PCA、階層的クラスタリング、さらには MDS でさえも、標準の JMP を使用して膨大なトランスクリプトーム データセットを比較的短時間 (それぞれ分-時間、秒、および秒) で実行できます。 ）。 このことから、JMP はデフォルトである種の特異値分解を行っていると思われます。少なくとも後者の 2 つのアプローチについては、データ マトリックス間のすべての可能な関係を考慮するには速すぎます。 したがって、最も弱いリンクは、実際の標準化ステップ自体です。
標準化されたデータを含む 390,000 個の新しい列を JMP で生成できるかどうか、もう一度試しています (これまでに 2 時間実行しました)。 その後、PCA、階層クラスタリング、および MDS プラットフォーム内での標準化に成功すると同時に、特異値分解 (利用可能な場合) を使用できるかどうかを確認します。 標準化することで 390,000 の遺伝子に大きな違いが生じるのではないかと考え始めています。 いくつかの高発現遺伝子の効果は、そのような膨大なデータセットにそれほど大きな影響を与えない可能性があります (ただし、これについては間違っている可能性があります)。
Re: トランスクリプトームの変換Gene Set Enrichment 分析は行いますが、iPathway Guide、Ingenuity Pathway Analysis などのソフトウェアのようなネットワーク分析は行いません。
注意すべきことの1つは、データの相関に基づくネットワークのような図である部分相関図を実行することです。 詳細については、次のリンクを参照してください。
https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG90_documentation/wwhelp/wwhimpl/js/html/wwhelp.htm#href=PR_L_PD_0008.html
JMP Genomics のコストについて何らかのアイデアが必要な場合は、JMP Pro と同じです。 それをコンピューターの予算に入れることができれば、それは役立つはずです. 正確な番号が必要な場合 (まだ持っていない場合) は、最寄りの販売員が入手できます。
Re: トランスクリプトームの変換Thos JMP Genomics のグラフィックは美しく、サポートされている解析の種類 (つまり、RNA-Seq データからの遺伝子発現差) は、まさに私が必要としているものです。 最近大流行しているこれらのネットワーク分析のいずれかを実行できますか? 私は、トランスクリプトーム データを使用したこのようなネットワーク分析を取り上げたいくつかの原稿を書いていますが、計算がどのように機能するかはわかりません。現在、自分で調査結果を再現することはできません。 私がまだ JMP Pro または JMP Genomics を購入していない主な理由は金銭的なものです。 そうは言っても、次の助成金には「コンピューター」予算があり、その資金をソフトウェアに使用できる可能性があると思います。
Re: トランスクリプトームの変換こんにちは@abmayfield 、
もう 1 つの考えは、次に何をするかということです。 データを標準化した後、PCA を行う予定はありますか?また、その目的は何ですか? 差次的遺伝子発現? クラスタリング？ モデリング？
JMP Genomics は、これらのサイズとタイプのデータを処理するように設計されています。これは、場合によっては、この数の遺伝子を標準化または分析するのに十分なメモリを追加できない場合があるためです。 ここを見てください：
https://www.jmp.com/en_us/software/genomics-data-analysis-software.html \
このリンクに表示されていることのいずれかを行う予定がある場合は、私に知らせてください。必要に応じてさらに話し合います.
一番、
Re: トランスクリプトームの変換アンダーソン:
JMP Pro ではなく、標準の JMP を実行しているようですね。 私が尋ねる理由は、一般的な JMP 設計の意味で、多くのプラットフォーム (PCA は 1 つ) について、JMP 開発者がプラットフォームの仕様ウィンドウ内に「ワイド」または「スパース」タイプのオプションを含めているためです。 これらのオプションは、コンピューターをクラッシュさせずに、求めている洞察を得ることができるデータなど、より計算効率の高い手法を使用しますか? おそらく、プラットフォーム内でこれらのオプションを使用して、分析的に目的を達成できるでしょうか (必ずしも標準化する必要はありません)。
PCA プラットフォームについてもう少し詳しく説明します。
https://www.jmp.com/support/help/14-1/estimation-methods-2.shtml#315271
