전사체 변형여러분 안녕하세요,
JMP(14.0 또는 14.2)를 사용하여 산호 전사체를 분석하려고 합니다. 샘플 12개 x 390,000개 유전자(=12행 x 390,000열). 이제 가장 간단한 작업을 수행하면 8GB RAM Macbook Air가 거의 충돌할 수 있으므로 데이터를 표준화하는 더 간단한 방법이 있는지 알아보려고 합니다. 즉, 390,000개의 유전자에 대한 원시 데이터를 z-점수(sample-mean/std. dev.)로 변환하고 싶습니다. 더 작은 데이터 세트의 경우 표준화할 열을 선택한 다음 "수식 열"을 사용하고 "표준화"를 선택할 수 있습니다. 이렇게 하면 표준화된 데이터(JMP BTW의 훌륭한 기능)로 새 열이 생성됩니다. 그러나 JMP가 충돌하기 전에 한 번에 수백 개의 열만 수행할 수 있습니다. 즉, 내 전사체를 수동으로 표준화하는 데 며칠이 걸릴 수 있습니다! 이렇게 거대한 데이터 세트를 변환하는 더 쉬운 방법을 생각할 수 있는 사람이 있습니까? 엑셀로도 할 수 있는데 JMP로만 하는 방법을 생각 중입니다.
추신: 저는 분석 테스트/알고리즘에 대한 열을 선택할 때(예: PCA에 대한 열 선택) 분석 전에 데이터를 표준화할 수 있다는 것을 알고 있습니다. 그러나 이것은 JMP도 충돌합니다!
Re: 전사체 변환안녕 @abmayfield
JMP Genomics는 주로 조립된 전사체에서 생성된 개수에 대한 통계 분석에 사용됩니다. JMP Genomics 내에서 정규화하거나 기존 정규화된 수를 사용할 수 있습니다.
크리스
Re: 전사체 변환좋은! 10,000개 정도의 열 세트로 전사체를 변환하는 데(지금 하고 있는 것처럼) 말 그대로 몇 주가 걸리기 때문입니다.
JMP Genomics는 모든 종류의 조립을 수행합니까 아니면 주로 Trinity, RSEM 및 기타 프로그램에서 FPKM(또는 발현) 데이터가 이미 생성된 후 조립된 전사체를 분석하기 위한 것입니까?
Re: 전사체 변환안녕 @abmayfield ,
- JMP Genomics는 콘티그 또는 시퀀스 정렬을 수행하지 않으므로 웹에서 BLAST와 같은 리소스를 사용해야 합니다.
- 메모리 기반이 아니라 파일 기반이기 때문에 전체 게놈(예: 언급한 log2)을 변환하는 것이 가능합니다. 쿼드 코어 프로세서와 32GB RAM이 있는 랩톱이 있지만 모든 것이 하드 드라이브에서 수행되기 때문에 RAM은 실제로 중요하지 않습니다(512GB SSD 드라이브가 있지만 속도 요소도 그다지 중요하지 않습니다. 마더보드 및 연결된 장치의 I/O).
도움이 되기를 바랍니다.
크리스
Re: 전사체 변환JMP Genomics에 대해 구매에 대해 고민하는 사람들에게 도움이 될 수 있는 또 다른 두 가지 질문이 있습니다.
1) JMP Genomics에는 최고 히트 정보가 합리적인 시간(일) 내에 JMP 형식의 테이블에 통합될 수 있도록 contig를 BLASTing하는 내부 방법이 있습니까? 아니면 JMP Genomics 외부에서 상동성 검색을 수행해야 합니까?
2) JMP Genomics는 8-16GB RAM이 장착된 일반 노트북에서 전체 전사체(log2 또는 기타)를 변환할 수 있습니까? 초기 쿼리에서 언급했듯이 300,000개 열에 해당하는 데이터를 변환하면 기본적으로 일반 JMP를 손상시킬 수 있습니다! 내 전사체 프로젝트를 위한 전용 생물정보학 서버가 여전히 필요하다면 괜찮습니다. 나는 단지 내 개인 노트북으로 얼마나 많은 일을 할 수 있는지 보고 싶을 뿐입니다.
감사,
앤더슨
Re: 전사체 변환엄청난! 우리 예산으로 2019년에 라이선스를 구매할 수 있을 것 같습니다. 내가 스크립팅을 배우고 Python, R 등에서 이러한 모든 유형의 생물정보학 분석을 수행하는 방법을 배워야 하는 한, 너무 바빠서 전문가에게 맡기고 싶습니다. 그래서, 이 사용자 친화적인 생물정보학 접근 방식은 내 골목에 딱 들어맞는 것 같습니다.
Re: 전사체 변환@abmayfield 조금 더하기 위해 @Chris_Kirchberg 위의 답변에 따르면 다음은 jmp.com에 나열된 JMP Genomics에 대한 포괄적인 시스템 요구 사항 목록입니다.
https://www.jmp.com/en_us/support/system-requirements.html#jmp-gc
Re: 전사체 변환안녕 @abmayfield ,
1) 예, 8~16GB RAM이 있는 Windows 기반 OS에서 실행할 수 있습니다.
2) 예, 현재 JMP 13과 함께 제공되며 JMP Genomics의 필수적인 부분입니다. JMP 13에 없는 JMP 14 기능을 활용하는 경우 둘 다 필요하며 서로 상호 작용하지 않습니다(Program Files 폴더의 별도 위치에 설치됨).
도움이 되기를 바랍니다.
Re: 전사체 변환엄청난! 더 자세히 살펴보겠습니다. 다른 사람들도 알고 싶어할 만한 JMP Genomics에 대한 간단한 질문이 있습니다.
1. 8-16GB RAM이 장착된 표준 개인 노트북에서 실행할 수 있습니까? 아니면 대부분의 사람들이 이를 실행하기 위한 전용 업무용 컴퓨터를 가지고 있습니까?
2. 표준 JMP(비유전체 분석용)의 모든 기능이 있습니까? 아니면 표준 통계 분석과 생물정보학 작업을 모두 수행하려면 표준 JMP와 JMP Genomics가 모두 필요합니까?
감사.
Re: 전사체 변환@abmayfield : 예, PLS 및 판별 분석에 대한 초기 대화를 기억합니다. 와 함께 @Chris_Kirchberg 또한 여기에 기여하고 있습니다...그는 이러한 모든 유형의 주제에 대한 내부 전문가이자 JMP Genomics가 하나인 JMP의 생명 과학 응용 분야에 대한 SME입니다. 따라서 JMP Genomics의 출처를 찾을 수 있다면 특히 유용할 것입니다. JMP Pro보다 JMP Genomics의 기능이 특정 사용 사례와 훨씬 더 관련이 있는 것 같습니다.
Re: 전사체 변환베드로,
당신의 응답을 주셔서 감사합니다. 사실, 내 전사체 데이터를 분석하기 위해 PLS(및 일반적으로 JMP)를 사용하는 아이디어를 제공한 사람은 바로 당신입니다. JMP 표준(저는 Pro가 없음)을 사용할 때 언급한 대로 판별 분석(DA) 옵션(일종의 PLS 범주 버전인 전사 데이터 세트와 함께 "와이드" 옵션을 사용할 수 있습니다. 맞습니까? ). DA의 좋은 점은 먼저 표준화할 수 있는 옵션이 있다는 것입니다. 따라서 DA/PLS의 경우 모든 준비가 완료되었습니다.
또한 이것을 시도하는 데 관심이 있는 다른 독자들에게 PCA, 계층적 클러스터링 및 MDS조차도 비교적 짧은 시간(각각 분-시, 초 및 초)에 거대한 전사체 데이터 세트가 있는 표준 JMP로 수행할 수 있습니다. ). 이것은 JMP가 기본적으로 일종의 특이값 분해를 수행하고 있다고 믿게 만듭니다. 적어도 후자의 두 가지 접근 방식은 데이터 매트릭스 간의 가능한 모든 관계를 고려하기에는 너무 빨리 수행됩니다. 따라서 가장 약한 연결 고리는 실제 표준화 단계 자체입니다.
JMP가 표준화된 데이터로 390,000개의 새 열을 생성하도록 할 수 있는지 한 번 더 확인하려고 합니다(지금까지 2시간 실행). 그 후에 PCA, 계층적 클러스터링 및 MDS 플랫폼 내에서 단일 값 분해(가능한 경우)를 사용하여 동시에 표준화에 성공했는지 확인할 것입니다. 표준화가 390,000개의 유전자로 엄청난 차이를 만들 수 있을지 궁금해지기 시작했습니다. 소수의 고발현 유전자의 효과는 그러한 엄청난 데이터 세트에 그렇게 많은 힘을 가하지 않을 가능성이 높습니다(내가 이것에 대해 틀릴 수 있지만).
Re: 전사체 변환Gene Set Enrichment 분석은 수행하지만 iPathway Guide, Ingenuity Pathway Analysis 또는 기타 소프트웨어와 같은 네트워크 분석은 수행하지 않습니다.
한 가지 주목해야 할 점은 데이터의 상관 관계를 기반으로 하는 다이어그램과 같은 네트워크인 부분 상관 다이어그램을 수행한다는 것입니다. 자세한 내용은 이 링크를 참조하십시오.
https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG90_documentation/wwhelp/wwhimpl/js/html/wwhelp.htm#href=PR_L_PD_0008.html
JMP Genomics의 비용에 대한 아이디어가 필요하다면 JMP Pro와 동일합니다. 컴퓨터 예산에 넣을 수 있다면 도움이 될 것입니다. 정확한 번호가 필요한 경우(아직 가지고 있지 않은 경우) 지역 영업 사원이 대신 받을 수 있습니다.
Re: 전사체 변환JMP Genomics 그래픽이 아름답게 보이고 지원되는 분석 유형(즉, RNA-Seq 데이터의 차등 유전자 발현)이 바로 제가 해야 하는 일입니다. 요즘 대세인 이러한 네트워크 분석을 수행할 수 있습니까? 나는 transcriptomic 데이터와 함께 그러한 네트워크 분석을 특징으로하는 여러 원고에 있지만 계산이 어떻게 작동하는지 전혀 모르고 현재 자체적으로 결과를 복제할 수 없습니다. JMP Pro 또는 JMP Genomics를 아직 구매하지 않은 주된 이유는 재정적인 문제입니다. 저는 본질적으로 소액의 보조금으로 생계를 유지하고 있는 독립 연구원입니다. 그렇긴 하지만, 내 다음 보조금에는 소프트웨어에 사용할 수 있는 자금이 있는 "컴퓨터" 예산이 있다고 생각합니다.
Re: 트랜스크립톰 변환안녕 @abmayfield ,
또 다른 생각은 당신이 다음에 무엇을 할 것입니까? 데이터를 표준화한 후 PCA를 수행할 예정이며 어떤 목적으로 수행할 예정입니까? 차등 유전자 발현? 클러스터링? 모델링?
JMP Genomics는 이러한 크기와 유형의 데이터를 처리하도록 설계되었습니다. 바로 이러한 이유로 표준화된 메모리를 충분히 추가하거나 이 수의 유전자를 분석할 수조차 없기 때문입니다. 여기를 살펴보세요:
https://www.jmp.com/en_us/software/genomics-data-analysis-software.html \
이 링크에서 볼 수 있는 작업을 수행할 계획이라면 알려주시면 원하는 경우 추가로 논의할 수 있습니다.
최고,
Re: 트랜스크립톰 변환앤더슨:
JMP Pro가 아닌 표준 JMP를 실행하는 것 같습니까? 내가 묻는 이유는 일반적인 JMP 디자인 의미에서 많은 플랫폼(PCA가 하나임)에 대해 JMP 개발자가 플랫폼 사양 창에 '넓은' 또는 '희소한' 유형 옵션을 포함했기 때문입니다. 이러한 옵션은 귀하의 컴퓨터와 충돌하지 않을 수 있지만 여전히 원하는 통찰력을 제공하는 귀하와 같은 데이터에 대해 보다 계산 효율적인 기술을 사용합니다. 따라서 플랫폼 내에서 이러한 옵션을 사용하여 분석적으로 원하는(반드시 표준화할 필요는 없음)을 달성할 수 있습니까?
PCA 플랫폼에 대한 자세한 내용은 다음과 같습니다.
https://www.jmp.com/support/help/14-1/estimation-methods-2.shtml#315271
