trasformare un trascrittomaCiao a tutti,
Sto cercando di utilizzare JMP (14.0 o 14.2) per analizzare un trascrittoma di corallo: 12 campioni x 390.000 geni (= 12 righe per 390.000 colonne). Ora, eseguire le attività più semplici può quasi mandare in crash il mio Macbook Air da 8 GB di RAM, quindi sto cercando di vedere se esiste un modo più semplice per standardizzare i miei dati. In altre parole, voglio convertire i dati grezzi per i miei 390.000 geni in z-score (campione-media/std. dev.). Con set di dati più piccoli, posso selezionare le colonne che voglio standardizzare, quindi utilizzare "colonna formula" e selezionare "standardizza". Questo creerà nuove colonne con dati standardizzati (che è una grande caratteristica di JMP BTW). Tuttavia, posso eseguire solo poche centinaia di colonne alla volta prima che JMP si arresti in modo anomalo, il che significa che potrebbero essere necessari giorni per standardizzare manualmente il mio trascrittoma! Qualcuno può pensare a un modo più semplice per trasformare un set di dati così enorme? Posso farlo in Excel, ma sto cercando di pensare a un modo per farlo esclusivamente in JMP.
PS: sono consapevole del fatto che i dati possono essere standardizzati prima delle analisi quando si selezionano le colonne per qualsiasi test/algoritmo analitico (ad esempio, selezionando le colonne per PCA), ma questo provoca anche l'arresto anomalo di JMP!
Re: trasformare un trascrittomaCiao @abmayfield
JMP Genomics è principalmente per l'analisi statistica sui conteggi generati da trascrittomi assemblati. È possibile eseguire la normalizzazione all'interno di JMP Genomics o utilizzare i conteggi normalizzati esistenti.
Chris
Re: trasformare un trascrittomaBene! Perché trasformare un trascrittoma in gruppi di 10.000 colonne circa (come sto facendo in questo momento) mi sta letteralmente impiegando settimane.
JMP Genomics esegue qualsiasi tipo di assemblaggio o è principalmente pensato per analizzare il trascrittoma assemblato dopo che i dati FPKM (o altrimenti espressione) sono già stati generati da Trinity, RSEM e altri programmi simili?
Re: trasformare un trascrittomaCiao @abmayfield ,
- JMP Genomics non esegue alcun allineamento di contig o sequenze, quindi dovrai comunque utilizzare BLAST come ricorsi sul Web
- Trasformare interi genomi (diciamo log2 come dici tu) è del tutto possibile poiché non è basato sulla memoria, ma basato invece su file. Ho un laptop che ha un processore quad core e 32 GB di RAM, ma la RAM è davvero irrilevante poiché tutto viene fatto sul disco rigido (ho un'unità SSD da 512 GB, ma anche questo non è tanto un fattore di velocità quanto l'I/O della scheda madre e dei dispositivi collegati).
Spero possa aiutare,
Chris
Re: trasformare un trascrittomaHo altre due domande su JMP Genomics che potrebbero aiutare le persone a rimuginare sull'idea di effettuare l'acquisto:
1) JMP Genomics ha un modo interno di BLASTing contigs in modo tale che le informazioni sui risultati migliori possano essere incorporate in una tabella formattata JMP in un ragionevole lasso di tempo (giorni)? Oppure è necessario eseguire qualsiasi tipo di ricerca di omologia al di fuori di JMP Genomics?
2) JMP Genomics può trasformare interi trascrittomi (log2 o altro) su un normale laptop con 8-16 GB di RAM? Come accennato nella mia query iniziale, la trasformazione di 300.000 colonne di dati può sostanzialmente paralizzare il normale JMP! Se ho ancora bisogno di un server bioinformatico dedicato per i miei progetti di trascrittoma, va bene; Voglio solo vedere quanto posso fare sul mio laptop personale.
Grazie,
Anderson
Re: trasformare un trascrittomaGrande! Penso che il nostro budget ci consentirà di acquistare una licenza nel 2019. Per quanto probabilmente DOVREI imparare lo scripting e come eseguire tutti questi tipi di analisi bioinformatiche da Python, R, ecc., Sono solo troppo occupato e voglio lasciarlo ai professionisti. Quindi, questo approccio bioinformatico di facile utilizzo sembra proprio quello che fa per me.
Re: trasformare un trascrittoma@abmayfield per aggiungere solo un po ' @Chris_Kirchberg risposta di cui sopra, ecco un elenco completo dei requisiti di sistema per JMP Genomics elencati su jmp.com:
https://www.jmp.com/en_us/support/system-requirements.html#jmp-gc
Re: trasformare un trascrittomaCiao @abmayfield ,
1) Sì, può essere eseguito su un sistema operativo basato su Windows con da 8 a 16 GB di RAM
2) Sì, attualmente viene fornito con JMP 13 ed è parte integrante di JMP Genomics. Se stai sfruttando una funzione di JMP 14 che non esiste in JMP 13, allora avresti bisogno di entrambi e non interagirebbero tra loro (sono installati in posizioni separate nella cartella Programmi).
Spero possa aiutare.
Re: trasformare un trascrittomaGrande! Lo esaminerò più in dettaglio. Ho una rapida domanda su JMP Genomics che anche altri potrebbero essere interessati a conoscere:
1. Può funzionare su un laptop personale standard con 8-16 GB di RAM o la maggior parte delle persone ha un computer di lavoro dedicato per eseguirlo?
2. Ha tutte le caratteristiche di JMP standard (per analisi non genomiche) o avrei bisogno sia di JMP standard che di JMP Genomics per eseguire sia analisi statistiche standard che materiale bioinformatico?
Grazie.
Re: trasformare un trascrittoma@abmayfield : Sì, ricordo le nostre conversazioni iniziali su PLS e analisi discriminante. Insieme a @Chris_Kirchberg contribuisce anche qui... è il nostro esperto interno su tutti questi tipi di argomenti e una PMI sulle applicazioni di scienze biologiche di JMP di cui JMP Genomics è una. Quindi sei in buone mani lì, soprattutto se riesci a trovare i mezzi per JMP Genomics ... sembra sicuramente che le sue capacità siano molto più rilevanti per il tuo caso d'uso specifico qui rispetto a JMP Pro.
Re: trasformare un trascrittomaPeter,
Grazie per la vostra risposta. In effetti, sei tu che mi hai dato l'idea di utilizzare PLS (e JMP in generale) per analizzare i miei dati trascrittomici. Quando si utilizza lo standard JMP (non ho Pro), è POSSIBILE, come dici tu, utilizzare l'opzione "ampia" con set di dati trascrittomici sotto l'opzione di analisi discriminante (DA) (che è una sorta di versione categoriale di PLS, giusto? ). La cosa buona di DA è che ha un'opzione per la standardizzazione prima. Quindi, per DA/PLS, sono pronto.
Inoltre, per altri lettori interessati a provare questo, PCA, clustering gerarchico e persino MDS possono essere eseguiti con JMP standard con enormi set di dati trascrittomici in un lasso di tempo relativamente breve (minuti-ore, secondi e secondi, rispettivamente ). Questo mi porta a credere che JMP stia eseguendo una sorta di scomposizione del valore singolare per impostazione predefinita, almeno per gli ultimi due approcci, che vengono eseguiti troppo rapidamente per considerare ogni possibile relazione tra la matrice di dati. Quindi, l'anello più debole è l'effettiva fase di standardizzazione stessa.
Sto provando ancora una volta per vedere se posso fare in modo che JMP generi 390.000 nuove colonne con dati standardizzati (due ore di esecuzione, finora). Successivamente, vedrò se ho successo con la standardizzazione all'interno di PCA, clustering gerarchico e piattaforme MDS contemporaneamente all'utilizzo di una scomposizione di valore singolare (se disponibile). Sto iniziando a chiedermi se la standardizzazione farà anche un'enorme differenza con 390.000 geni. È probabile che l'effetto di alcuni geni ad alta espressione non eserciti così tanta influenza su un set di dati così enorme (anche se potrei sbagliarmi su questo).
Re: trasformare un trascrittomaEsegue l'analisi dell'arricchimento del set di geni ma non l'analisi di rete come iPathway Guide, Ingenuity Pathway Analysis o altri software simili.
Una cosa da notare, fa diagrammi di correlazione parziale che è un diagramma simile a una rete basato sulla correlazione dei dati. Vedi questo link per maggiori dettagli:
https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG90_documentation/wwhelp/wwhimpl/js/html/wwhelp.htm#href=PR_L_PD_0008.html
Se hai bisogno di una sorta di idea per il costo di JMP Genomics, è la stessa di JMP Pro. Questo dovrebbe aiutare se sei in grado di inserirlo nel budget del computer. Se hai bisogno di un numero esatto (e non lo hai già), il tuo venditore locale può ottenerlo per te.
Re: trasformare un trascrittomaQuesti grafici JMP Genomics sono belli e i tipi di analisi supportati (vale a dire l'espressione genica differenziale dai dati RNA-Seq) sono esattamente quello che devo fare. Può eseguire una di queste analisi di rete che vanno di moda in questi giorni? Sono su diversi manoscritti che presentano una tale analisi di rete con dati trascrittomici, ma non ho idea di come funzionino i calcoli e attualmente NON potrei replicare i risultati da solo. Il motivo principale per cui non ho già acquistato JMP Pro o JMP Genomics è di natura finanziaria, poiché sono un ricercatore indipendente che essenzialmente si guadagna da vivere con piccole sovvenzioni in denaro. Detto questo, penso che la mia prossima sovvenzione abbia un budget per "computer" i cui fondi potrei essere in grado di utilizzare per il software.
Re: trasformare un trascrittomaCIAO @abmayfield ,
Un altro pensiero è cosa farai dopo? Dopo aver standardizzato i dati, farai PCA e per quale scopo? Espressione genica differenziale? Raggruppamento? Modellazione?
JMP Genomics è stato progettato per gestire queste dimensioni e tipi di dati proprio per questo motivo che in alcuni casi non si sarebbe mai in grado di aggiungere memoria sufficiente per standardizzare o addirittura analizzare questo numero di geni. Dai un'occhiata qui:
https://www.jmp.com/en_us/software/genomics-data-analysis-software.html \
Se hai intenzione di fare qualcosa di ciò che vedi su questo link, fammi sapere e possiamo discutere ulteriormente se lo desideri.
Migliore,
Re: trasformare un trascrittomaAnderson:
Sembra che tu stia utilizzando JMP standard e non JMP Pro? Il motivo per cui chiedo è perché in un senso generale del design JMP, per molte piattaforme (PCA è una) gli sviluppatori JMP hanno incluso un'opzione di tipo "ampia" o "sparsa" all'interno della finestra delle specifiche della piattaforma. Queste opzioni utilizzano tecniche più efficienti dal punto di vista computazionale per dati come i tuoi che potrebbero non mandare in crash il tuo computer ma darti comunque le informazioni che cerchi? Quindi forse, solo forse, puoi realizzare ciò che desideri (non necessariamente standardizzare) analiticamente utilizzando queste opzioni all'interno della piattaforma?
Ecco qualche dettaglio in più sulla piattaforma PCA:
https://www.jmp.com/support/help/14-1/stimation-methods-2.shtml#315271
