transformer un transcriptomeBonjour à tous,
J'essaie d'utiliser JMP (14.0 ou 14.2) pour analyser un transcriptome de corail : 12 échantillons x 390 000 gènes (=12 lignes sur 390 000 colonnes). Maintenant, faire les tâches les plus simples peut presque faire planter mon Macbook Air de 8 Go de RAM, alors j'essaie de voir s'il existe un moyen plus simple de normaliser mes données. En d'autres termes, je veux convertir les données brutes de mes 390 000 gènes en scores z (moyenne d'échantillon/écart type). Avec des ensembles de données plus petits, je peux sélectionner les colonnes que je veux standardiser, puis utiliser "colonne de formule" et sélectionner "normaliser". Cela créera de nouvelles colonnes avec des données standardisées (ce qui est une fonctionnalité intéressante de JMP BTW). Cependant, je ne peux traiter que quelques centaines de colonnes à la fois avant que JMP ne plante, ce qui signifie que la normalisation manuelle de mon transcriptome peut prendre des jours ! Quelqu'un peut-il penser à un moyen plus simple de transformer un ensemble de données aussi énorme ? Je peux le faire dans Excel, mais j'essaie de penser à un moyen de le faire uniquement dans JMP.
PS : JE SUIS conscient que les données peuvent être normalisées avant les analyses lors de la sélection de colonnes pour n'importe quel test/algorithme analytique (par exemple, la sélection de colonnes pour PCA), mais cela fait également planter JMP !
Re : transformer un transcriptomeSalut @abmayfield
JMP Genomics est principalement destiné à l'analyse statistique des comptages générés à partir de transcriptomes assemblés. Vous pouvez normaliser dans JMP Genomics ou utiliser vos comptages normalisés existants.
Chris
Re : transformer un transcriptomeBien! Parce que transformer un transcriptome en ensembles de 10 000 colonnes environ (comme je le fais en ce moment) me prend littéralement des semaines.
JMP Genomics effectue-t-il une sorte d'assemblage ou est-il principalement destiné à analyser le transcriptome assemblé après que les données FPKM (ou autrement expression) ont déjà été générées par Trinity, RSEM et d'autres programmes de ce type ?
Re : transformer un transcriptomeSalut @abmayfield ,
- JMP Genomics ne fait aucun alignement de contigs ou de séquences donc vous devrez toujours utiliser BLAST comme des recours sur le Web
- Transformer des génomes entiers (disons log2 comme vous le mentionnez) est tout à fait possible car il n'est pas basé sur la mémoire, mais plutôt sur les fichiers. J'ai un ordinateur portable doté d'un processeur quadricœur et de 32 Go de RAM, mais la RAM est vraiment immatérielle puisque tout se fait sur le disque dur (j'ai un disque SSD de 512 Go, mais ce n'est pas non plus autant un facteur de vitesse que les E/S de la carte mère et les périphériques connectés).
J'espère que cela pourra aider,
Chris
Re : transformer un transcriptomeJ'ai deux autres questions sur JMP Genomics qui pourraient aider les personnes qui réfléchissent à l'idée d'acheter :
1) JMP Genomics dispose-t-il d'un moyen interne de BLASTing des contigs de sorte que les informations les plus pertinentes puissent être incorporées dans un tableau au format JMP dans un délai raisonnable (jours) ? Ou faut-il effectuer une recherche d'homologie en dehors de JMP Genomics ?
2) JMP Genomics peut-il transformer des transcriptomes entiers (log2 ou autre) sur un ordinateur portable normal avec 8 à 16 Go de RAM ? Comme mentionné dans ma requête initiale, la transformation de 300 000 colonnes de données peut essentiellement paralyser JMP standard ! Si j'ai encore besoin d'un serveur bioinformatique dédié pour mes projets de transcriptome, c'est bon ; Je veux juste voir ce que je peux faire sur mon ordinateur portable personnel.
Merci,
anderson
Re : transformer un transcriptomeSuper! Je pense que notre budget nous permettra d'acheter une licence en 2019. Même si je DEVRAIS probablement apprendre les scripts et comment faire tous ces types d'analyses bioinformatiques à partir de Python, R, etc., Je suis trop occupé et je veux laisser cela aux professionnels. Donc, cette approche bioinformatique conviviale me semble tout à fait appropriée.
Re : transformer un transcriptome@abmayfield pour ajouter juste un peu à @Chris_Kirchberg ci-dessus, voici une liste complète de la configuration système requise pour JMP Genomics, telle qu'elle est répertoriée sur jmp.com :
https://www.jmp.com/en_us/support/system-requirements.html#jmp-gc
Re : transformer un transcriptomeSalut @abmayfield ,
1) Oui, il peut fonctionner sur un système d'exploitation Windows avec 8 à 16 Go de RAM
2) Oui, il est actuellement fourni avec JMP 13 et fait partie intégrante de JMP Genomics. Si vous tirez parti d'une fonctionnalité JMP 14 qui n'existe pas dans JMP 13, vous aurez besoin des deux et elles n'interagiront pas l'une avec l'autre (elles sont installées à des emplacements distincts dans le dossier Program Files).
J'espère que cela pourra aider.
Re : transformer un transcriptomeSuper! Je vais l'examiner plus en détail. J'ai une petite question sur JMP Genomics que d'autres pourraient également être intéressés à connaître :
1. Peut-il fonctionner sur un ordinateur portable personnel standard avec 8 à 16 Go de RAM ou la plupart des gens ont-ils un ordinateur de travail dédié pour l'exécuter ?
2. A-t-il toutes les fonctionnalités de JMP standard (pour les analyses non génomiques), ou aurais-je besoin à la fois de JMP standard ET de JMP Genomics pour effectuer à la fois des analyses statistiques standard et des éléments bioinformatiques ?
Merci.
Re : transformer un transcriptome@abmayfield : Oui, je me souviens de nos premières conversations sur le PLS et l'analyse discriminante. Avec @Chris_Kirchberg y contribue également... c'est notre expert interne sur tous ces types de sujets et une PME sur les applications Life Sciences de JMP dont JMP Genomics fait partie. Vous êtes donc entre de bonnes mains là-bas, surtout si vous pouvez trouver les ressources nécessaires pour JMP Genomics... il semble bien que ses capacités sont beaucoup plus pertinentes pour votre cas d'utilisation spécifique ici que ne le serait JMP Pro.
Re : transformer un transcriptomePierre,
Merci pour votre réponse. En fait, c'est vous qui m'avez donné l'idée d'utiliser PLS (et JMP en général) pour analyser mes données transcriptomiques. Lorsque vous utilisez la norme JMP (je n'ai pas Pro), vous POUVEZ, comme vous le mentionnez, utiliser l'option "large" avec des ensembles de données transcriptomiques sous l'option d'analyse discriminante (DA) (qui est une sorte de version catégorique de PLS, n'est-ce pas ? ). La bonne chose à propos de DA est qu'il a une option pour la normalisation en premier. Donc, pour DA/PLS, je suis prêt.
De plus, pour les autres lecteurs qui souhaitent essayer cela, PCA, le clustering hiérarchique et même MDS PEUVENT être réalisés avec JMP standard avec d'énormes ensembles de données transcriptomiques en un temps relativement court (minutes-heures, secondes et secondes, respectivement ). Cela m'amène à croire que JMP effectue une sorte de décomposition de valeur singulière par défaut, au moins pour les deux dernières approches, qui sont effectuées trop rapidement pour prendre en compte toutes les relations possibles entre la matrice de données. Ainsi, le maillon le plus faible est l'étape de normalisation elle-même.
J'essaie une fois de plus de voir si je peux faire en sorte que JMP génère 390 000 nouvelles colonnes avec des données standardisées (deux heures de suite, jusqu'à présent). Ensuite, je verrai si j'ai réussi à normaliser au sein des plates-formes PCA, de clustering hiérarchique et MDS en même temps que d'utiliser une décomposition en valeurs singulières (si disponible). Je commence à me demander si la standardisation fera même une énorme différence avec 390 000 gènes. L'effet de quelques gènes à expression élevée n'exercera probablement pas QUE beaucoup d'attraction sur un ensemble de données aussi énorme (bien que je puisse me tromper à ce sujet).
Re : transformer un transcriptomeIl effectue une analyse d'enrichissement d'ensemble de gènes, mais pas d'analyse de réseau comme iPathway Guide, Ingenuity Pathway Analysis ou d'autres logiciels de ce type.
Une chose à noter, il fait des diagrammes de corrélation partielle qui sont un réseau comme un diagramme basé sur la corrélation des données. Voir ce lien pour plus de détails :
https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG90_documentation/wwhelp/wwhimpl/js/html/wwhelp.htm#href=PR_L_PD_0008.html
Si vous avez besoin d'une idée du coût de JMP Genomics, c'est la même chose que JMP Pro. Cela devrait aider si vous êtes en mesure de le mettre dans le budget de l'ordinateur. Si vous avez besoin d'un nombre exact (et que vous ne l'avez pas déjà), votre vendeur local peut l'obtenir pour vous.
Re : transformer un transcriptomeLes graphiques de JMP Genomics sont magnifiques et les types d'analyses pris en charge (à savoir l'expression différentielle des gènes à partir des données RNA-Seq) sont exactement ce que je dois faire. Peut-il effectuer l'une de ces analyses de réseau qui font fureur ces jours-ci ? Je suis sur plusieurs manuscrits présentant une telle analyse de réseau avec des données transcriptomiques, mais je n'ai aucune idée du fonctionnement des calculs et je ne pourrais actuellement PAS reproduire les résultats par moi-même. La principale raison pour laquelle je n'achète pas déjà JMP Pro ou JMP Genomics est d'ordre financier, car je suis un chercheur indépendant qui vit essentiellement de petites subventions. Cela étant dit, je pense que ma prochaine bourse a un budget "informatique" dont je pourrais peut-être utiliser les fonds pour des logiciels.
Re : transformer un transcriptomeSALUT @abmayfield ,
Une autre pensée est que ferez-vous ensuite? Après normalisation des données, ferez-vous l'ACP et dans quel but ? Expression génique différentielle ? Regroupement ? La modélisation?
JMP Genomics a été conçu pour traiter ces tailles et ces types de données précisément pour la raison que, dans certains cas, vous ne pourrez jamais ajouter suffisamment de mémoire pour standardiser ou même analyser ce nombre de gènes. Jetez un oeil ici:
https://www.jmp.com/en_us/software/genomics-data-analysis-software.html \
Si vous envisagez de faire ce que vous voyez sur ce lien, faites-le moi savoir et nous pourrons en discuter davantage si vous le souhaitez.
Meilleur,
Re : transformer un transcriptomeAnderson :
Il semble que vous utilisiez JMP standard et non JMP Pro ? La raison pour laquelle je demande est que, dans un sens général de conception JMP, pour de nombreuses plates-formes (PCA en étant une), les développeurs JMP ont inclus une option de type "large" ou "éparse" dans la fenêtre de spécification de la plate-forme. Ces options utilisent des techniques de calcul plus efficaces pour des données telles que les vôtres qui pourraient ne pas planter votre ordinateur mais vous donner tout de même les informations que vous recherchez ? Alors peut-être, juste peut-être, pouvez-vous accomplir ce que vous voulez (pas nécessairement standardiser) de manière analytique en utilisant ces options au sein de la plate-forme ?
Voici un peu plus de détails sur la plate-forme PCA :
https://www.jmp.com/support/help/14-1/estimation-methods-2.shtml#315271
