轉化轉錄組大家好，
我正在嘗試使用 JMP（14.0 或 14.2）來分析珊瑚轉錄組：12 個樣本 x 390,000 個基因（=12 行 x 390,000 列）。 現在，做最簡單的任務幾乎可以讓我的 8-GB RAM Macbook Air 崩潰，所以我想看看是否有更簡單的方法來標準化我的數據。 換句話說，我想將我的 390,000 個基因的原始數據轉換為 z 分數（sample-mean/std.dev.）。 對於較小的數據集，我可以選擇我想要標準化的列，然後使用“公式列”並選擇“標準化”。 這將使用標準化數據構建新列（這是 JMP BTW 的一個重要功能）。 但是，在 JMP 崩潰之前，我一次只能處理幾百列，這意味著手動標準化我的轉錄組可能需要幾天時間！ 誰能想到一種更簡單的方法來轉換如此龐大的數據集？ 我可以在 Excel 中執行此操作，但我正在嘗試僅在 JMP 中執行此操作。
PS：我知道在為任何分析測試/算法選擇列（例如，為 PCA 選擇列）時，可以在分析之前對數據進行標準化，但這也會使 JMP 崩潰！
回复：轉化轉錄組你好@abmayfield
JMP Genomics 主要用於對組裝轉錄組產生的計數進行統計分析。 您可以在 JMP Genomics 中進行標準化或使用現有的標準化計數。
克里斯
回复：轉化轉錄組好的！ 因為在 10,000 列左右的集合中轉換一個轉錄組（正如我目前所做的那樣）實際上需要花費我數週的時間。
JMP Genomics 是否進行任何形式的組裝，還是主要用於在 Trinity、RSEM 和其他此類程序生成 FPKM（或其他表達）數據後分析組裝的轉錄組？
回复：轉化轉錄組你好@abmayfield ,
- JMP Genomics 不會對 contig 或序列進行任何比對，因此您仍然必須使用 BLAST 之類的網絡資源
- 轉換整個基因組（比如你提到的 log2）是很有可能的，因為它不是基於內存的，而是基於文件的。 我有一台具有四核處理器和 32 GB RAM 的筆記本電腦，但 RAM 真的很重要，因為一切都在硬盤驅動器上完成（我有 512 GB SSD 驅動器，但這也不是一個速度因素主板的 I/O 和連接的設備）。
希望有幫助，
克里斯
回复：轉化轉錄組我還有兩個關於 JMP Genomics 的問題可能會幫助人們考慮購買的想法：
1) JMP Genomics 是否有內部方法對 contigs 進行 BLASTing，以便可以在合理的時間（天）內將熱門信息合併到 JMP 格式的表格中？ 或者是否需要在 JMP Genomics 之外進行任何類型的同源性搜索？
2) JMP Genomics 能否在具有 8-16 GB RAM 的普通筆記本電腦上轉換整個轉錄組（log2 或其他）？ 正如我在最初的查詢中提到的，轉換 300,000 列的數據實際上會削弱常規 JMP！ 如果我的轉錄組項目仍然需要專用的生物信息學服務器，那沒關係；我只想看看我自己的個人筆記本電腦能做多少。
謝謝，
安德森
回复：轉化轉錄組偉大的！ 我認為我們的預算將允許我們在 2019 年購買許可證。 儘管我可能應該學習腳本以及如何從 Python、R 等語言中進行所有這些類型的生物信息學分析， 我只是太忙了，想把它留給專業人士。 因此，這種用戶友好的生物信息學方法似乎正合我意。
回复：轉化轉錄組@abmayfield加一點@Chris_Kirchberg上面的回复，以下是 jmp.com 上列出的 JMP Genomics 系統要求的完整列表：
https://www.jmp.com/en_us/support/system-requirements.html#jmp-gc
回复：轉化轉錄組你好@abmayfield ,
1) 是的，它可以在具有 8 到 16 GB RAM 的基於 Windows 的操作系統上運行
2) 是的，它目前與 JMP 13 一起提供，它是 JMP Genomics 的一個組成部分。 如果您正在利用 JMP 13 中不存在的 JMP 14 功能，那麼您將需要兩者並且它們不會相互交互（它們安裝在 Program Files 文件夾中的不同位置）。
希望有幫助。
回复：轉化轉錄組偉大的！ 我會更詳細地研究它。 我確實有一個關於 JMP Genomics 的快速問題，其他人可能也有興趣知道：
1. 它可以在具有 8-16 GB RAM 的標準個人筆記本電腦上運行，還是大多數人都有專門的工作計算機來運行它？
2. 它是否具有標準 JMP 的所有功能（用於非基因組分析），還是我需要標準 JMP 和 JMP Genomics 來進行標準統計分析和生物信息學研究？
謝謝。
回复：轉化轉錄組@abmayfield ：是的，我確實記得我們最初關於 PLS 和判別分析的對話。 和@Chris_Kirchberg也在這裡做出貢獻……他是我們所有這些類型主題的內部專家，也是 JMP 生命科學應用的 SME，JMP Genomics 就是其中之一。 因此，您在這方面掌握得很好，特別是如果您能找到 JMP Genomics 的所有資源……聽起來它的功能與您的特定用例相比，與 JMP Pro 的相關性要高得多。
回复：轉化轉錄組彼得，
謝謝您的答复。 事實上，是您讓我想到使用 PLS（和一般的 JMP）來分析我的轉錄組數據。 當使用 JMP 標準（我沒有 Pro）時，正如您所提到的，您可以在判別分析 (DA) 選項下對轉錄組數據集使用“寬”選項（這是 PLS 的一種分類版本，對吧？ ）。 DA 的好處是它可以選擇首先進行標準化。 所以，對於 DA/PLS，我已經準備好了。
此外，對於其他有興趣嘗試此操作的讀者，PCA、層次聚類，甚至 MDS 都可以使用標準 JMP 在相對較短的時間內（分別為分鐘-小時、秒和秒）完成，並具有巨大的轉錄組數據集）。 這讓我相信 JMP 在默認情況下會進行某種奇異值分解，至少對於後兩種方法而言，這樣做太快了，無法考慮數據矩陣之間的所有可能關係。 因此，最薄弱的環節是實際的標準化步驟本身。
我再試一次，看看我是否可以讓 JMP 生成 390,000 個帶有標準化數據的新列（到目前為止運行了兩個小時）。 之後，我將看看我是否成功地在 PCA、層次聚類和 MDS 平台內進行標準化，同時使用奇異值分解（如果可用）。 我開始懷疑標準化是否會對 390,000 個基因產生巨大影響。 一些高表達基因的影響可能不會對如此龐大的數據集產生太大的影響（儘管我可能錯了）。
回复：轉化轉錄組它確實進行基因集富集分析，但不進行網絡分析，如 iPathway Guide、Ingenuity Pathway Analysis 或其他此類軟件。
需要注意的一點是，它確實做了部分相關圖，這是一個基於數據相關性的網絡狀圖。 有關詳細信息，請參閱此鏈接：
https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG90_documentation/wwhelp/wwhimpl/js/html/wwhelp.htm#href=PR_L_PD_0008.html
如果您需要某種關於 JMP Genomics 成本的想法，它與 JMP Pro 相同。 如果您能夠將其納入計算機預算，那應該會有所幫助。 如果您需要一個確切的號碼（並且還沒有），您當地的銷售人員可以為您獲取。
回复：轉化轉錄組Thos JMP Genomics 圖形看起來很漂亮，支持的分析類型（即來自 RNA-Seq 數據的差異基因表達）正是我需要做的。 它可以執行這些天風靡一時的網絡分析嗎？ 我正在撰寫幾篇以轉錄組數據進行網絡分析的手稿，但我不知道計算是如何工作的，目前無法自行複制這些發現。 我尚未購買 JMP Pro 或 JMP Genomics 的主要原因是財務方面的，因為我是一名獨立研究人員，基本上靠小額軟資金資助謀生。 話雖如此，我認為我的下一筆贈款有一個“計算機”預算，我可以將其資金用於軟件。
回复：轉化轉錄組你好@abmayfield ,
另一個想法是你接下來會做什麼？ 標準化數據後，你會做 PCA 嗎？目的是什麼？ 差異基因表達？ 聚類？ 造型？
JMP Genomics 旨在處理這些大小和類型的數據，正是因為在某些情況下，您將永遠無法添加足夠的內存來進行標準化甚至分析如此數量的基因。 看看這裡：
https://www.jmp.com/en_us/software/genomics-data-analysis-software.html \
如果您打算做您在此鏈接上看到的任何事情，請告訴我，如果您願意，我們可以進一步討論。
最好的，
回复：轉化轉錄組安德森：
聽起來您運行的是標準 JMP 而不是 JMP Pro？ 我問的原因是因為在一般 JMP 設計意義上，對於許多平台（PCA 就是其中之一），JMP 開發人員在平台的規範窗口中包含了“寬”或“稀疏”類型選項。 這些選項使用計算效率更高的技術來處理您的數據，這些數據可能不會使您的計算機崩潰，但仍能為您提供所需的見解？ 因此，也許，只是也許，您可以使用平台內的這些選項以分析的方式完成您想要的（不一定是標準化的）？
以下是有關 PCA 平台的更多詳細信息：
https://www.jmp.com/support/help/14-1/estimation-methods-2.shtml#315271
