Visualización de tablas de riesgo bajo kaplan meierHola, me pregunto cómo puedo obtener un diagrama de Kaplan Meier con las tablas de riesgo correspondientes que se muestran debajo.
Gracias.
Re: Mostrar tablas de riesgo bajo kaplan meierHola, supongo que quieres crear algo como esto:
Puede obtener esto, siguiendo este procedimiento:
- Cree el diagrama de supervivencia como se describe en @Mark_Bailey antes de
- Guarde la tabla combinada debajo del esquema del grupo (abra el esquema del primer grupo, haga clic derecho en la tabla, haga una tabla de datos combinados)
- En la nueva tabla de datos, es una buena idea cambiar el Día a ordinal y cambiar el formato a 0 lugares decimales, así como hacer clic derecho en la columna AtRisk en el panel de columnas en el centro izquierdo de la tabla de datos y seleccionar Usar para marcador. Esto mostrará los números reales en lugar de los puntos en el gráfico que construimos.
- Graph Builder, día en X, Supervivencia en Y, cambie al elemento de línea, luego seleccione paso en lugar de línea en las opciones para el elemento de línea
- Ahora pon Grupo en Y debajo Supervivencia (¡no en la cima!), Poner Grupo también como Superposición.
- Por último, usar el filtro para seleccionar solo los grupos y no el combinado.
Como se mostrarán todos los valores AtRisk, es posible que desee agregar columnas para los días requeridos, por ejemplo, 150, 200, 250, 300, 350 y copiar los valores de la fila con el número de día más pequeño más cercano en la línea, respectivamente. Luego use solo estos como etiquetas. No estoy seguro de si esto será muy fácil en comparación con un script, pero debería acercarse al menos a lo que desea.
Sin embargo, una ventana combinada del diagrama de supervivencia (en la plataforma de supervivencia o en Graph Builder) más una tabla creada con tabular o resumen, luego tabular, funcionará de manera similar.
@gartel , mencionaste una entrada en la lista de deseos. No puedo encontrarlo. Sería genial si pudiera publicar el enlace a la entrada aquí, para que cualquier persona interesada en esto pueda felicitar su deseo.
Re: Mostrar tablas de riesgo bajo kaplan meierLas revistas requieren con frecuencia que los diagramas de supervivencia tengan formato como en el ejemplo en la parte superior (p. ej. https://jamanetwork.com/journals/jamaoncology/pages/instructions-for-authors ). Lo puse en mi lista de deseos de JMP para tener esto como una opción. Lo más cerca que puedo estar en este momento es agregar un cuadro de tabla con los números relevantes, pero no puedo conseguir que el tamaño de la tabla se alinee con el diagrama de supervivencia, pero está lo suficientemente cerca como para editarlo más en el Diario. Agradecería cualquier sugerencia sobre cómo mejorar esto o si hay un complemento que hace que esto suceda.Pensé que tal vez el constructor de gráficos podría usarse para crear esta trama (cf addin de diagrama de bosque @Richard_Zink )
dt = Open( "$SAMPLE_DATA/Rats.jmp" );
minT = 100;
maxT = 350;
stepT = 50;
Summarize( lv = by( :Group ) );
obj = Survival(
Y( :days ),
Censor( :Censor ),
Grouping( :Group ),
Show Points( 1 ),
SendToReport( Dispatch( {"Survival Plot"}, "1", ScaleBox, {Min( minT ), Max( maxT ), Inc( stepT ), Minor Ticks( 1 )} ), )
) << report;
obj[List Box( 2 )] << append( Table Box( String Col Box( "No at Risk | Day", lv ) ) );
Tab1 = (obj[lv[1]][Table Box( 1 )] << get);
Tab2 = (obj[lv[2]][Table Box( 1 )] << get);
For( T = minT, T <= maxT, T += stepT,
lp = Max( Loc( Matrix( Tab1["days"] ) <= T ) );
AR1 = Tab1["At Risk"][lp];
lp = Max( Loc( Matrix( Tab2["days"] ) <= T ) );
AR2 = Tab2["At Risk"][lp];
obj[List Box( 2 )][Table Box( 1 )] << append( Number Col Box( Char( T ), {AR1, AR2} ) );
);
Re: Mostrar tablas de riesgo bajo kaplan meierProbar Analizar > Confiabilidad y Supervivencia > Supervivencia con la columna de datos de tiempo de vida en el Y, tiempo hasta el evento función, la columna de datos de indicación de censura (si existe) en el Censurar rol y la columna de datos de pertenencia al grupo en el Agrupamiento role. Aquí hay un ejemplo:
Hacer clic OK y verá la trama deseada en la parte superior de la ventana:
No entiendo la 'tabla de riesgo' que muestras. No creo que JMP proporcione esta tabla directamente, pero probablemente se pueda obtener con una acción de resumen sobre las estimaciones.
Puede obtener las estimaciones abriendo el esquema en la parte inferior de la ventana para cualquier grupo o las observaciones combinadas. Por ejemplo, aquí están las estimaciones de Group=1:
La sugerencia original de usar la plataforma Life Distribution con la pestaña Comparar grupos también podría funcionar.
Re: Mostrar tablas de riesgo bajo kaplan meier¿Cómo obtengo un gráfico con este aspecto? Me gustaría que los números en riesgo se muestren debajo de la tabla de Kaplan Meier. Gracias.
Re: Mostrar tablas de riesgo bajo kaplan meierSeleccione Analizar > Confiabilidad y Supervivencia > Distribución de vida . Ingrese su tiempo hasta la variable del evento en el Tiempo papel y haga clic OK . Haga clic en el triángulo rojo cuando se abra la plataforma y anule la selección Mostrar puntos . La tabla está inicialmente cerrada, pero aparece directamente debajo de la gráfica de probabilidad.
