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Légende unique pour la carte thermique de regroupement hiérarchique

Salut,

Merci d'avance pour le soutien !

 

Je crée une Heatmap en utilisant le « clustering bidirectionnel » dans le cluster hiérarchique. Lorsque j'ajoute la légende à la figure, cela me donne une légende par colonne. Je voudrais n'avoir qu'une seule légende (code couleur) pour toute la carte thermique. J'apprécie vos conseils à ce sujet.

Shahram

Re : Légende unique pour la carte thermique de clustering hiérarchique

Bonjour, est-ce que cela a été résolu ? J'ai la même question et je n'ai pas trouvé de solution dans le fil de discussion.

Acclamations,

Andréas

Re : Légende unique pour la carte thermique de clustering hiérarchique

Merci pour la réponse. Désolé pour la confusion, je faisais référence au graphique du journal que vous avez partagé pour les changements de pliage.

 

Vous disposez déjà essentiellement de données standardisées. Standardiser les données prend chaque Y (colonne) et soustrait la moyenne de la colonne et divise par l'écart type de la colonne (voir le lien ci-dessous).

 

http://www.jmp.com/support/help/13-2/Transformations_to_Y_Columns_Variables.shtml

 

Puisque vous avez normalisé les résultats de séquençage d'ARN dans les mêmes unités, décochez définitivement la case Standardiser les données car elles ont toutes la même échelle (signification) par échantillon pour chaque gène (colonne Y). Je suppose que les valeurs FPKM normalisées sont également transformées en log2 ? Vous auriez alors des gènes sur et sous-représentés affichés respectivement comme positifs et négatifs sur l'échelle.

 

J'espère que cela aide.

 

Chris.

Re : Légende unique pour la carte thermique de clustering hiérarchique

Merci Chris

Les données utilisées pour créer les graphiques sont les résultats de séquençage d’ARN. Il existe deux conditions expérimentales (FG et SG) qui sont les deux clusters horizontaux. Et il existe deux principaux groupes verticaux composés chacun de 30 gènes (extrêmement régulés à la hausse et à la baisse). Chaque cellule doit contenir le niveau d'expression de chaque gène chez un individu/échantillon (il y a 10 échantillons ici : 5 FG + 5 SG). Le contenu/l'expression cellulaire sont tous en FPKM, qui est déjà un niveau d'expression normalisé et peut être comparé entre les gènes et les échantillons. Par conséquent, l’unité est la même pour toutes les cellules, je suppose. Cependant, je ne comprends pas comment nous pouvons mettre le « Fold Change » dans ces cellules. Pour autant que je sache, Fold Change est calculé en comparant deux choses. Je ne sais pas comment Fold Change pourrait être calculé pour l'expression d'UN gène dans UN échantillon.

Re : Légende unique pour la carte thermique de clustering hiérarchique

Salut,

 

Pour prendre une note rapide sur ce graphique publié. Les données utilisées sont déjà standardisées (changement de pli) et ont donc probablement été créées en désactivant l'option Standardiser les données.Toutes les colonnes utilisées pour "Y" et qui se trouvent maintenant en haut (ou en bas) de la carte thermique ont les mêmes unités de mesure et signifient la même chose (changement de pli), elles sont donc directement comparables.

 

Avez-vous quelque chose de similaire où chaque colonne est dans les mêmes unités et plage de mesure ?

 

Chris

Re : Légende unique pour la carte thermique de clustering hiérarchique

Merci les gars pour votre soutien !

J'ai joint les deux chiffres (standardisés et non standardisés) pour voir les différences entre eux.

J'utilise JMP 13.2.1 (32 bits).

 

Jeff, c'est vrai. Chaque légende est un code couleur pour chaque colonne. Donc, si je veux un chiffre standardisé, je ne peux pas obtenir une seule légende.

Peut-être que j'utilise simplement la carte thermique standardisée avec la légende de la carte thermique non standardisée. Dans ce cas, j'aurai la figure que je souhaite avec une seule légende qui contient toute la gamme des codes couleurs. Cela n’a peut-être pas l’air professionnel, mais je pense que c’est ce que font les gens !

Merci.

 

 

Re : Légende unique pour la carte thermique de clustering hiérarchique

Merci les gars pour votre soutien !

J'ai joint les deux photos (standardisées et non standardisées) pour voir les différences.

J'utilise le JMP 13.2.1 (32 bits).

Jeff,

C'est vrai, chaque légende est un code couleur pour chaque colonne qui a du sens.

Peut-être que j'utilise simplement la légende de la figure non standardisée avec la figure elle-même à partir d'une figure standardisée.

Dans ce cas, j'obtiens le chiffre que je souhaite plus une seule légende qui indique toutes les couleurs des cellules.

 

Re : Légende unique pour la carte thermique de clustering hiérarchique

Merci, Jim. Je vais attribuer cela au brouillard du lundi matin dans mon cerveau. Oui, si j'active Standardiser les données dans la boîte de dialogue de lancement du clustering et que j'obtiens une carte de couleurs et une légende, j'obtiens cela avec les données de céréales.

 

@shnias83 , notez que je dois avoir plusieurs légendes car les couleurs signifient des choses différentes pour chaque colonne car les données ont été standardisées. Vous avez dit que vous vouliez la normalisation parce qu'elle vous donne l'analyse et la visualisation dont vous avez besoin. Quelle légende utiliseriez-vous puisque les couleurs ont des valeurs différentes pour chaque colonne ?

 

 

Re : Légende unique pour la carte thermique de clustering hiérarchique

Jeff,

Pour voir les multiples légendes, prenez le script que j'ai inclus ci-dessus, en utilisant les données Drosophila Aging Distances, mais supprimez la boucle For qui supprime les multiples légendes.

 

JIm

Re : Légende unique pour la carte thermique de clustering hiérarchique

Quelle version de JMP utilisez-vous ?

 

J'ai du mal à visualiser les multiples légendes que vous obtenez.

 

Pouvez-vous partager une photo de ce que vous obtenez?

 

Dans le cas contraire, pouvez-vous reproduire la situation avec l'un des exemples d'ensembles de données ( Aide -> Exemples de données et recherchez "Cluster") ?

 

Voici ce que je peux obtenir avec les données sur les céréales.

 

 

Re : Légende unique pour la carte thermique de clustering hiérarchique

Merci Jim

 

J'ai joint une figure provenant d'un article utilisant JMP. Je veux reproduire cela si possible.

Re : Légende unique pour la carte thermique de clustering hiérarchique

Traiter vos données comme une matrice de distance entraînera également une légende commune.Les multiples légendes sont affichées, car chaque colonne a une plage différente, donc une légende distincte.Si vous souhaitez simplement vous débarrasser de toutes les légendes sauf une, le code ci-dessous illustrera comment procéder... mais je ne suis pas sûr que ce soit ce que vous souhaitiez faire.

Names Default To Here( 1 );
dt = Open( "$SAMPLE_DATA\Drosophila Aging Distances.jmp" );

hc = Hierarchical Cluster(
 Y(
  :ORE_FEMALE_WK1_1,
  :ORE_FEMALE_WK1_2,
  :ORE_FEMALE_WK1_11,
  :ORE_FEMALE_WK1_12,
  :ORE_FEMALE_WK1_21,
  :ORE_FEMALE_WK1_24,
  :ORE_FEMALE_WK6_1,
  :ORE_FEMALE_WK6_2,
  :ORE_FEMALE_WK6_11,
  :ORE_FEMALE_WK6_12,
  :ORE_FEMALE_WK6_21,
  :ORE_FEMALE_WK6_24,
  :ORE_MALE_WK1_3,
  :ORE_MALE_WK1_4,
  :ORE_MALE_WK1_9,
  :ORE_MALE_WK1_10,
  :ORE_MALE_WK1_19,
  :ORE_MALE_WK1_20,
  :ORE_MALE_WK6_3,
  :ORE_MALE_WK6_4,
  :ORE_MALE_WK6_9,
  :ORE_MALE_WK6_10,
  :ORE_MALE_WK6_19,
  :ORE_MALE_WK6_20,
  :SAM_FEMALE_WK1_7,
  :SAM_FEMALE_WK1_8,
  :SAM_FEMALE_WK1_15,
  :SAM_FEMALE_WK1_16,
  :SAM_FEMALE_WK1_22,
  :SAM_FEMALE_WK1_23,
  :SAM_FEMALE_WK6_7,
  :SAM_FEMALE_WK6_8,
  :SAM_FEMALE_WK6_15,
  :SAM_FEMALE_WK6_16,
  :SAM_FEMALE_WK6_22,
  :SAM_FEMALE_WK6_23,
  :SAM_MALE_WK1_5,
  :SAM_MALE_WK1_6,
  :SAM_MALE_WK1_13,
  :SAM_MALE_WK1_14,
  :SAM_MALE_WK1_17,
  :SAM_MALE_WK1_18,
  :SAM_MALE_WK6_5,
  :SAM_MALE_WK6_6,
  :SAM_MALE_WK6_13,
  :SAM_MALE_WK6_14,
  :SAM_MALE_WK6_17,
  :SAM_MALE_WK6_18
 ),
 Label( :Observation ID ),
 Method( "Ward" ),
 Standardize Data( 1 ),
 Legend( 1 ),
 Dendrogram Scale( "Distance Scale" ),
 Number of Clusters( 5 ),
 Color Map( "Blue to Gray to Red" ),
 SendToReport( Dispatch( {}, "Dendrogram", OutlineBox, {SetHorizontal( 1 )} ) )
);


For( i = 48, i > 1, i--,
 Report( hc )[Table Box( i )] << delete
);

Re : Légende unique pour la carte thermique de clustering hiérarchique

Oui c'est correct.

Cependant, la désélection de « Standardiser les données » modifiera le modèle de regroupement et l'ordre des colonnes. J'obtiendrai donc une carte thermique différente qui ne transmet pas clairement mon message.

Re : Légende unique pour la carte thermique de clustering hiérarchique

Si vous désélectionnez « Standardiser les données », la légende n'aura qu'une seule copie affichée.

Re : Légende unique pour la carte thermique de clustering hiérarchique

Merci pour la réponse.

Cependant, je n'utilise pas Cell Plot.

Comme je souhaite une heatmap combinée à un dendrogramme, je fais une analyse de cluster via : Alnalyze > Clustering > Cluster hiérarchique.

Il n'existe pas d'option de ce type, Mettre à l'échelle uniformément, dans la boîte de dialogue de clustering.

Re : Légende unique pour la carte thermique de clustering hiérarchique

Si vous cochez la case « Mettre à l'échelle uniformément » dans la boîte de dialogue Cell Plot, vous n'obtiendrez qu'une seule légende lorsque vous la sélectionnerez.

Re : Légende unique pour la carte thermique de clustering hiérarchique

@Jeff_Perkinson, que montre le graphique inférieur dans le cluster ci-dessus. Je n'ai pas trouvé l'explication.

Merci d'avance.

Ré: Légende unique pour la carte thermique de clustering hiérarchique

Salut Chris,

J'ai une question complémentaire. Si je connais déjà les résultats du cluster, par exemple en utilisant d'autres méthodes de clustering.

Puis-je générer un graphique de cluster à deux facteurs dans JMP ?

Je suppose que ce sera une version simplifiée, sans les ruptures d'arbres pour chaque colonne/ligne, plutôt divisées en clusters.

Faites-moi savoir si vous avez un conseil rapide à ce sujet ?

Merci beaucoup.

Salutations

Caroline