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Legenda singola per la mappa termica del clustering gerarchico

CIAO,

Grazie in anticipo per il supporto!

 

Sto creando una mappa termica utilizzando il "clustering bidirezionale" nel cluster gerarchico. Quando aggiungo la legenda alla figura, mi viene fornita una legenda per colonna. Vorrei avere una sola legenda (codice colore) per l'intera mappa termica. Apprezzo la tua guida al riguardo.

Shahram

Ri: Legenda singola per la mappa termica del clustering gerarchico

Ciao, è stato risolto? Ho la stessa domanda e non sono riuscito a trovare la soluzione nel thread.

Saluti,

Andreas

Ri: Legenda singola per la mappa termica del clustering gerarchico

Grazie per la risposta. Scusa la confusione, mi riferivo all'immagine del diario che hai condiviso per le modifiche alla piega.

 

Essenzialmente hai già dati standardizzati. Standardizza i dati prende ogni Y (colonna) e sottrae la media della colonna e la divide per la deviazione standard della colonna (vedi collegamento sotto).

 

http://www.jmp.com/support/help/13-2/Transformations_to_Y_Columns_Variables.shtml

 

Poiché hai normalizzato i risultati RNA-seq nelle stesse unità, deseleziona definitivamente i dati standardizzati poiché hanno tutti la stessa scala (significato) per campione per ciascun gene (colonna Y). Immagino che anche i valori FPKM normalizzati siano trasformati in log2? Avresti quindi geni sovra e sotto rappresentati visualizzati rispettivamente come positivi e negativi sulla scala

 

Spero che aiuti.

 

Chris.

Ri: Legenda singola per la mappa termica del clustering gerarchico

Grazie Chris

I dati utilizzati per creare i grafici sono risultati RNA-seq. Esistono due condizioni sperimentali (FG e SG) che sono i due cluster orizzontali. E ci sono due gruppi verticali principali, ciascuno composto da 30 geni (estremamente up e down-regolati). Ciascuna cellula deve contenere il livello di espressione di ciascun gene in un individuo/campione (qui sono presenti 10 campioni: 5 FG + 5 SG). Il contenuto/espressione cellulare è tutto in FPKM che è già un livello di espressione normalizzato e può essere confrontato tra geni e campioni. Pertanto, immagino che l'unità sia la stessa per tutte le celle. Tuttavia, non riesco a capire come possiamo inserire il "Modifica piega" in quelle celle. Per quanto ne so, il Fold Change viene calcolato confrontando due cose. Non sono sicuro di come sia possibile calcolare il Fold Change per l'espressione di UN gene in UN campione.

Ri: Legenda singola per la mappa termica del clustering gerarchico

CIAO,

 

Per prendere una breve nota su questo grafico pubblicato. I dati utilizzati sono già standardizzati (cambio di piega) e quindi probabilmente sono stati effettuati disattivando Standardizza dati.Tutte le colonne utilizzate per "Y" e che ora si trovano nella parte superiore (o inferiore) della mappa termica hanno le stesse unità di misura e significano la stessa cosa (cambio di piega), quindi sono direttamente confrontabili.

 

Hai qualcosa di simile in cui ogni colonna ha le stesse unità e intervallo di misurazione?

 

Chris

Ri: Legenda singola per la mappa termica del clustering gerarchico

Grazie ragazzi per il vostro supporto!

Ho allegato entrambe le figure (standardizzate e non standardizzate) per vedere le differenze tra loro.

Sto utilizzando JMP 13.2.1 (32 bit).

 

Jeff, è vero. Ogni legenda è un codice colore per ogni colonna. Quindi, se voglio una cifra standardizzata, non posso ottenere una sola legenda.

Forse utilizzo semplicemente la mappa di calore standardizzata insieme alla legenda della mappa di calore non standardizzata. In tal caso avrò la figura che desidero con un'unica legenda che contiene tutta la gamma dei codici colore. Potrebbe non sembrare professionale, però, ma penso che sia quello che fanno le persone!

Grazie.

 

 

Ri: Legenda singola per la mappa termica del clustering gerarchico

Grazie ragazzi per il vostro supporto!

Ho allegato entrambe le immagini (standardizzate e non standardizzate) per vedere le differenze.

Sto utilizzando JMP 13.2.1 (32 bit).

Jeff,

È vero, ogni legenda è un codice colore per ogni colonna che ha senso.

Forse uso semplicemente la legenda della figura non standardizzata insieme alla figura stessa di quella standardizzata.

In tal caso ottengo la cifra che desidero più un'unica legenda che indica tutti i colori delle celle.

 

Ri: Legenda singola per la mappa termica del clustering gerarchico

Grazie, Jim. Darò la colpa alla nebbia di lunedì mattina nel mio cervello. Sì, se attivo Standardizza dati nella finestra di dialogo di avvio del clustering e ottengo una mappa dei colori e una legenda, ottengo questo risultato con i dati di Cereal.

 

@shnias83 , nota che devo avere più legende perché i colori significano cose diverse per ogni colonna perché i dati sono stati standardizzati. Hai detto che vuoi la standardizzazione perché ti dà l'analisi e la visualizzazione di cui hai bisogno. Quale legenda utilizzeresti poiché i colori hanno valori diversi per ciascuna colonna?

 

 

Ri: Legenda singola per la mappa termica del clustering gerarchico

Jeff,

Per vedere le legende multiple, prendi lo script che ho incluso sopra, utilizzando i dati di Drosophila Aging Distances, ma rimuovi il ciclo For che elimina le legende multiple.

 

JIm

Ri: Legenda singola per la mappa termica del clustering gerarchico

Che versione di JMP stai utilizzando?

 

Ho difficoltà a visualizzare le molteplici leggende che ottieni.

 

Puoi condividere una foto di ciò che stai ricevendo?

 

In caso contrario, puoi riprodurre la situazione con uno dei set di dati di esempio ( Aiuto -> Dati campione e cercare "Cluster")?

 

Ecco cosa posso ottenere con i dati di Cereal.

 

 

Ri: Legenda singola per la mappa termica del clustering gerarchico

Grazie Jim

 

Ho allegato una figura tratta da un documento che ha utilizzato JMP. Voglio replicarlo se possibile.

Ri: Legenda singola per la mappa termica del clustering gerarchico

Trattare i tuoi dati con una matrice di distanza risulterà anche in una legenda comune.Vengono visualizzate più legende perché ogni colonna ha un intervallo diverso, quindi una legenda separata.Se vuoi semplicemente sbarazzarti di tutte le leggende tranne una, il codice seguente illustrerà come farlo... ma non sono sicuro che sia quello che vuoi fare.

Names Default To Here( 1 );
dt = Open( "$SAMPLE_DATA\Drosophila Aging Distances.jmp" );

hc = Hierarchical Cluster(
 Y(
  :ORE_FEMALE_WK1_1,
  :ORE_FEMALE_WK1_2,
  :ORE_FEMALE_WK1_11,
  :ORE_FEMALE_WK1_12,
  :ORE_FEMALE_WK1_21,
  :ORE_FEMALE_WK1_24,
  :ORE_FEMALE_WK6_1,
  :ORE_FEMALE_WK6_2,
  :ORE_FEMALE_WK6_11,
  :ORE_FEMALE_WK6_12,
  :ORE_FEMALE_WK6_21,
  :ORE_FEMALE_WK6_24,
  :ORE_MALE_WK1_3,
  :ORE_MALE_WK1_4,
  :ORE_MALE_WK1_9,
  :ORE_MALE_WK1_10,
  :ORE_MALE_WK1_19,
  :ORE_MALE_WK1_20,
  :ORE_MALE_WK6_3,
  :ORE_MALE_WK6_4,
  :ORE_MALE_WK6_9,
  :ORE_MALE_WK6_10,
  :ORE_MALE_WK6_19,
  :ORE_MALE_WK6_20,
  :SAM_FEMALE_WK1_7,
  :SAM_FEMALE_WK1_8,
  :SAM_FEMALE_WK1_15,
  :SAM_FEMALE_WK1_16,
  :SAM_FEMALE_WK1_22,
  :SAM_FEMALE_WK1_23,
  :SAM_FEMALE_WK6_7,
  :SAM_FEMALE_WK6_8,
  :SAM_FEMALE_WK6_15,
  :SAM_FEMALE_WK6_16,
  :SAM_FEMALE_WK6_22,
  :SAM_FEMALE_WK6_23,
  :SAM_MALE_WK1_5,
  :SAM_MALE_WK1_6,
  :SAM_MALE_WK1_13,
  :SAM_MALE_WK1_14,
  :SAM_MALE_WK1_17,
  :SAM_MALE_WK1_18,
  :SAM_MALE_WK6_5,
  :SAM_MALE_WK6_6,
  :SAM_MALE_WK6_13,
  :SAM_MALE_WK6_14,
  :SAM_MALE_WK6_17,
  :SAM_MALE_WK6_18
 ),
 Label( :Observation ID ),
 Method( "Ward" ),
 Standardize Data( 1 ),
 Legend( 1 ),
 Dendrogram Scale( "Distance Scale" ),
 Number of Clusters( 5 ),
 Color Map( "Blue to Gray to Red" ),
 SendToReport( Dispatch( {}, "Dendrogram", OutlineBox, {SetHorizontal( 1 )} ) )
);


For( i = 48, i > 1, i--,
 Report( hc )[Table Box( i )] << delete
);

Ri: Legenda singola per la mappa termica del clustering gerarchico

Sì, è corretto.

Tuttavia, deselezionando "Standardizza dati" verranno modificati il modello di clustering e l'ordinamento delle colonne. Quindi otterrò una mappa termica diversa che non trasmette chiaramente il mio messaggio.

Ri: Legenda singola per la mappa termica del clustering gerarchico

Se deseleziona "Standardizza dati", la legenda avrà solo 1 copia visualizzata

Ri: Legenda singola per la mappa termica del clustering gerarchico

Grazie per la risposta.

Tuttavia non sto utilizzando Cell Plot.

Poiché desidero una mappa termica combinata con un dendrogramma, sto eseguendo un'analisi dei cluster tramite: Alnalyze > Clustering > Hierarchical cluster.

Non esiste un'opzione di questo tipo, Scala uniformemente, nella finestra di dialogo del clustering.

Ri: Legenda singola per la mappa termica del clustering gerarchico

Se selezioni la casella di controllo "Scala uniformemente" nella finestra di dialogo Grafico celle, otterrai solo una legenda quando la selezioni.

Ri: Legenda singola per la mappa termica del clustering gerarchico

@Jeff_Perkinson cosa mostra il grafico inferiore nel cluster sopra. Non sono riuscito a trovare la spiegazione.

Grazie in anticipo.

Re: Legenda singola per la mappa termica del clustering gerarchico

Ciao Chris,

Ho una domanda di follow-up. Se conosco già i risultati del cluster, diciamo, usando altri metodi di clustering.

Posso generare un grafico a cluster bidirezionale in JMP?

Immagino che sarà una versione semplificata, senza suddivisioni in colonne/righe, ma piuttosto suddivisa in cluster.

Fammi sapere se hai qualche consiglio veloce da darmi in merito.

Grazie mille.

Saluti

Carolina