階層クラスタリング ヒート マップの単一凡例こんにちは、
よろしくお願いします！
階層型クラスターの「双方向クラスタリング」を使用してヒートマップを作成しています。 Figure に凡例を追加すると、列ごとに 1 つの凡例が表示されます。 ヒートマップ全体の凡例 (カラー コード) を 1 つだけ使用したいと考えています。 それについてのご指導に感謝いたします。
シャハラム
Re: 階層クラスタリング ヒート マップの単一凡例こんにちは、これは解決されましたか? 同じ質問がありますが、スレッドで解決策が見つかりませんでした。
乾杯、
アンドレアス
Re: 階層クラスタリング ヒート マップの単一凡例ご返信ありがとうございます。 混乱して申し訳ありませんが、フォールドの変更に関して共有していただいたジャーナルの図を参照していました。
基本的に標準化されたデータはすでにあります。 データの標準化では、各 Y (列) を取得し、列の平均を減算し、列の標準偏差で割ります (以下のリンクを参照)。
http://www.jmp.com/support/help/13-2/Transformations_to_Y_Columns_Variables.shtml
RNA-seq の結果を同じ単位で正規化したので、各遺伝子のサンプルごとに同じスケール (意味) を持つため、データの標準化のチェックを確実にオフにします (Y 列)。 正規化された FPKM 値も log2 変換されると思いますか? これにより、スケール上で過剰および過少の遺伝子がそれぞれ陽性および陰性として表示されます。
それが役立つことを願っています。
クリス。
Re: 階層クラスタリング ヒート マップの単一凡例ありがとうクリス
グラフ作成に使用したデータは RNA-seq の結果です。 2 つの水平クラスターである 2 つの実験条件 (FG と SG) があります。 そして、2 つの主要な垂直クラスターがあり、それぞれが 30 個の遺伝子 (極端に上方制御および下方制御されている) で構成されています。 各セルには、1 つの個体/サンプルの各遺伝子の発現レベルが含まれている必要があります (ここには 10 個のサンプルがあります: 5 FG + 5 SG)。 細胞内容/発現はすべて FPKM にあり、すでに正規化された発現レベルであり、遺伝子やサンプル間で比較できます。 したがって、単位はすべてのセルで同じになると思います。 しかし、これらのセルに「Fold Change」をどのように配置できるのか理解できません。 私の知る限り、Fold Change は 2 つのものを比較することによって計算されます。 1 つのサンプル内の 1 つの遺伝子の発現に対して Fold Change をどのように計算できるかわかりません。
Re: 階層クラスタリング ヒート マップの単一凡例こんにちは、
投稿されたこのグラフィックについて簡単にメモします。 使用されたデータはすでに標準化されているため (倍率変更)、おそらくデータの標準化をオフにして作成されたものと思われます。「Y」に使用され、ヒートマップの上部 (または下部) にあるすべての列は、同じ測定単位を持ち、同じこと (倍率変化) を意味するため、直接比較できます。
各列が同じ単位と測定範囲である類似のものはありますか?
クリス
Re: 階層クラスタリング ヒート マップの単一凡例サポートしてくれてありがとう！
それらの違いを確認するために、両方の図 (標準化されたものと非標準化されたもの) を添付しました。
JMP 13.2.1 (32 ビット) を使用しています。
ジェフ、それは本当だよ。 各凡例は各列のカラーコードです。 したがって、標準化された図が必要な場合、単一の凡例を取得することはできません。
おそらく、標準化されたヒートマップと非標準化されたヒートマップの凡例を一緒に使用しているだけかもしれません。 その場合、カラーコードの全範囲を含む単一の凡例を使用して、必要な図を得ることができます。 プロフェッショナルっぽくないかもしれませんが、それが人間のやることだと思います。
ありがとう。
Re: 階層クラスタリング ヒート マップの単一凡例サポートしてくれてありがとう！
違いを確認するために、両方の写真 (標準化されたものと非標準化されたもの) を添付しました。
JMP 13.2.1 (32 ビット) を使用しています。
ジェフ、
確かに、各凡例は意味のある各列の色コードです。
おそらく、非標準化された図の凡例と標準化された図自体を組み合わせて使用しているだけかもしれません。
その場合、必要な図と、すべてのセルの色を示す単一の凡例が得られます。
Re: 階層クラスタリング ヒート マップの単一凡例ありがとう、ジム。 月曜の朝の頭の中の霧のせいにするつもりだ。 
はい、[クラスタリング] 起動ダイアログで [データの標準化] をオンにしてカラー マップと凡例を取得すると、シリアル データとともにこれが得られます。
@shnias83データが標準化されているため、列ごとに色の意味が異なるため、複数の凡例が必要であることに注意してください。 標準化によって必要な分析と視覚化が得られるため、標準化が必要だとおっしゃいました。 色の値は列ごとに異なるため、どのような凡例を使用しますか?
Re: 階層クラスタリング ヒート マップの単一凡例ジェフ、
複数の凡例を表示するには、ショウジョウバエの老化距離データを使用して、上で含めたスクリプトを使用しますが、複数の凡例を削除する For ループを削除します。
ジム
Re: 階層クラスタリング ヒート マップの単一凡例JMP のどのバージョンを使用していますか?
取得されている複数の凡例を視覚化するのが困難です。
得られたものの写真を共有していただけますか?
そうでない場合は、サンプル データ セット (ヘルプ->サンプルデータ「クラスター」を検索してください)?
Cereal データから得られるものは次のとおりです。
Re: 階層クラスタリング ヒート マップの単一凡例ありがとうジム
JMP を使用した論文の図を添付しました。 できればそれを再現したいと思っています。
Re: 階層クラスタリング ヒート マップの単一凡例データを距離マトリックスとして扱うと、共通の凡例も生成されます。各列の範囲が異なるため、複数の凡例が表示され、個別の凡例が表示されます。1 つを除くすべての凡例を削除したい場合は、以下のコードでその方法を説明します。しかし、それがあなたがやりたいことなのかはわかりません。
Names Default To Here( 1 );
dt = Open( "$SAMPLE_DATA\Drosophila Aging Distances.jmp" );
hc = Hierarchical Cluster(
Y(
:ORE_FEMALE_WK1_1,
:ORE_FEMALE_WK1_2,
:ORE_FEMALE_WK1_11,
:ORE_FEMALE_WK1_12,
:ORE_FEMALE_WK1_21,
:ORE_FEMALE_WK1_24,
:ORE_FEMALE_WK6_1,
:ORE_FEMALE_WK6_2,
:ORE_FEMALE_WK6_11,
:ORE_FEMALE_WK6_12,
:ORE_FEMALE_WK6_21,
:ORE_FEMALE_WK6_24,
:ORE_MALE_WK1_3,
:ORE_MALE_WK1_4,
:ORE_MALE_WK1_9,
:ORE_MALE_WK1_10,
:ORE_MALE_WK1_19,
:ORE_MALE_WK1_20,
:ORE_MALE_WK6_3,
:ORE_MALE_WK6_4,
:ORE_MALE_WK6_9,
:ORE_MALE_WK6_10,
:ORE_MALE_WK6_19,
:ORE_MALE_WK6_20,
:SAM_FEMALE_WK1_7,
:SAM_FEMALE_WK1_8,
:SAM_FEMALE_WK1_15,
:SAM_FEMALE_WK1_16,
:SAM_FEMALE_WK1_22,
:SAM_FEMALE_WK1_23,
:SAM_FEMALE_WK6_7,
:SAM_FEMALE_WK6_8,
:SAM_FEMALE_WK6_15,
:SAM_FEMALE_WK6_16,
:SAM_FEMALE_WK6_22,
:SAM_FEMALE_WK6_23,
:SAM_MALE_WK1_5,
:SAM_MALE_WK1_6,
:SAM_MALE_WK1_13,
:SAM_MALE_WK1_14,
:SAM_MALE_WK1_17,
:SAM_MALE_WK1_18,
:SAM_MALE_WK6_5,
:SAM_MALE_WK6_6,
:SAM_MALE_WK6_13,
:SAM_MALE_WK6_14,
:SAM_MALE_WK6_17,
:SAM_MALE_WK6_18
),
Label( :Observation ID ),
Method( "Ward" ),
Standardize Data( 1 ),
Legend( 1 ),
Dendrogram Scale( "Distance Scale" ),
Number of Clusters( 5 ),
Color Map( "Blue to Gray to Red" ),
SendToReport( Dispatch( {}, "Dendrogram", OutlineBox, {SetHorizontal( 1 )} ) )
);
For( i = 48, i > 1, i--,
Report( hc )[Table Box( i )] << delete
);
Re: 階層クラスタリング ヒート マップの単一凡例それは正解です。
ただし、「データの標準化」の選択を解除すると、クラスタリング パターンと列の順序が変更されます。 したがって、メッセージを明確に伝えていない別のヒートマップを取得します。
Re: 階層クラスタリング ヒート マップの単一凡例「データの標準化」の選択を解除すると、凡例には 1 つのコピーのみが表示されます。
Re: 階層クラスタリング ヒート マップの単一凡例返信いただきありがとうございます。
ただし、Cell Plotは使用していません。
ヒートマップと樹状図を組み合わせたいので、[Alnalyze] > [Clustering] > [HierarchicalCluster] を選択してクラスター分析を行っています。
クラスタリング ダイアログには、[均一にスケール] というオプションはありません。
Re: 階層クラスタリング ヒート マップの単一凡例[セル プロット] ダイアログ ボックスで [均一にスケール] チェック ボックスをオンにすると、選択したときに凡例が 1 つだけ表示されます。
Re: 階層的クラスタリング ヒートマップの単一凡例@Jeff_Perkinson上のクラスターの下のグラフは何を示していますか。説明が見つかりませんでした。
前もって感謝します。
Re: 階層的クラスタリング ヒートマップの単一凡例こんにちは、クリス。
追加の質問があります。たとえば、他のクラスタリング方法を使用して、クラスタ結果をすでに知っている場合。
JMP で二元クラスター プロットを生成できますか?
ツリーを各列/行に分割せず、トラックをクラスターに分割する、簡略化されたバージョンになると思います。
これに関して簡単なアドバイスがあれば教えてください。
どうもありがとう。
よろしく
キャロライン
