Leyenda única para el mapa de calor de agrupación jerárquicaHola,
¡Gracias de antemano por el apoyo!
Estoy creando un mapa de calor usando 'agrupación bidireccional' en el clúster jerárquico. Cuando agrego la leyenda a la figura, me da una leyenda por columna. Me gustaría tener sólo una leyenda (código de color) para todo el mapa de calor. Agradezco su orientación al respecto.
sharam
Re: Leyenda única para mapa de calor de agrupamiento jerárquicoHola, ¿se ha solucionado esto? Tengo la misma pregunta y no encuentro la solución en el hilo.
Salud,
Andrés
Re: Leyenda única para mapa de calor de agrupamiento jerárquicoGracias por la respuesta. Perdón por la confusión, me refería al gráfico del diario que compartiste para los cambios de pliegue.
Básicamente, ya tienes datos estandarizados. Estandarizar datos toma cada Y (columna), resta la media de la columna y la divide por la desviación estándar de la columna (consulte el enlace a continuación).
http://www.jmp.com/support/help/13-2/Transformations_to_Y_Columns_Variables.shtml
Dado que ha normalizado los resultados de RNA-seq en las mismas unidades, definitivamente desmarque los datos estandarizados, ya que todos tienen la misma escala (significado) por muestra para cada gen (columna Y). Supongo que los valores normalizados de FPKM también se transforman en log2. Entonces tendría genes sobre y sub representados mostrados como positivos y negativos, respectivamente, en la escala.
Espero que eso ayude.
Cris.
Re: Leyenda única para mapa de calor de agrupamiento jerárquicogracias cris
Los datos que se utilizan para hacer los gráficos son resultados de RNA-seq. Hay dos condiciones experimentales (FG y SG) que son los dos grupos horizontales. Y hay dos grupos verticales principales, cada uno de los cuales consta de 30 genes (regulados hacia arriba y hacia abajo en extremo). Cada célula debe contener el nivel de expresión de cada gen en un individuo/muestra (aquí hay 10 muestras: 5 FG + 5 SG). El contenido/expresión de las células están todos en FPKM, que ya es un nivel de expresión normalizado y se puede comparar entre genes y muestras. Por lo tanto, supongo que la unidad es la misma para todas las celdas. Sin embargo, no puedo entender cómo podemos poner el 'Cambio de plegado' en esas celdas. Hasta donde yo sé, Fold Change se calcula comparando dos cosas. No estoy seguro de cómo se podría calcular el cambio de veces para la expresión de UN gen en UNA muestra.
Re: Leyenda única para mapa de calor de agrupamiento jerárquicoHola,
Para hacer una nota rápida sobre este gráfico publicado. Los datos utilizados ya están estandarizados (cambio múltiple) y, por lo tanto, probablemente se realizaron al desactivar Estandarizar datos.Todas las columnas utilizadas para "Y" y que ahora están en la parte superior (o inferior) del mapa de calor tienen las mismas unidades de medida y significan lo mismo (cambio múltiple), por lo que son directamente comparables.
¿Tiene algo similar donde cada columna esté en las mismas unidades y rango de medida?
cris
Re: Leyenda única para mapa de calor de agrupamiento jerárquico¡Gracias chicos por su apoyo!
He adjuntado ambas figuras (estandarizadas y no estandarizadas) para ver las diferencias entre ellas.
Estoy usando JMP 13.2.1 (32 bits).
Jeff, eso es verdad. Cada leyenda es un código de color para cada columna. Entonces, si quiero una cifra estandarizada, no puedo obtener una sola leyenda.
Tal vez simplemente use el mapa de calor estandarizado con la leyenda del mapa de calor no estandarizado juntos. En ese caso tendré la figura que quiero con una única leyenda que contiene toda la gama de códigos de colores. Puede que no parezca profesional, ¡pero creo que eso es lo que hace la gente!
Gracias.
Re: Leyenda única para mapa de calor de agrupamiento jerárquico¡Gracias chicos por su apoyo!
Adjunto ambas imágenes (estandarizadas y no estandarizadas) para ver las diferencias.
Estoy usando JMP 13.2.1 (32 bits).
Jeff,
Eso es cierto, cada leyenda es un código de color para cada columna que tiene sentido.
Tal vez simplemente use la leyenda de la figura no estandarizada con la figura misma de la figura estandarizada juntas.
En ese caso, obtengo la figura que quiero más una única leyenda que indica todos los colores de las celdas.
Re: Leyenda única para mapa de calor de agrupamiento jerárquicoGracias, Jim. Voy a echarle la culpa a la niebla del lunes por la mañana en mi cerebro. 
Sí, si activo Estandarizar datos en el cuadro de diálogo de inicio de Agrupación y obtengo un mapa de colores y una leyenda, obtengo esto con los datos de cereales.
@shnias83 , observe que tengo que tener varias leyendas porque los colores significan cosas diferentes para cada columna porque los datos se han estandarizado. Dijiste que quieres la estandarización porque te brinda el análisis y la visualización que necesitas. ¿Qué leyenda usarías ya que los colores tienen valores diferentes para cada columna?
Re: Leyenda única para mapa de calor de agrupamiento jerárquicoJeff,
Para ver las múltiples leyendas, tome el script que incluí anteriormente, usando los datos de Drosophila Aging Distances, pero elimine el bucle For que elimina las múltiples leyendas.
Jim
Re: Leyenda única para mapa de calor de agrupamiento jerárquico¿Qué versión de JMP estás usando?
Tengo dificultades para visualizar las múltiples leyendas que estás obteniendo.
¿Puedes compartir una imagen de lo que estás obteniendo?
De lo contrario, ¿puede reproducir la situación con uno de los conjuntos de datos de muestra ( Ayuda -> Data de muestra y buscar "Clúster")?
Esto es lo que puedo obtener con los datos de cereales.
Re: Leyenda única para mapa de calor de agrupamiento jerárquicogracias jim
Adjunto una figura de un artículo que ha utilizado JMP. Quiero replicar eso si es posible.
Re: Leyenda única para mapa de calor de agrupamiento jerárquicoTratar sus datos como una matriz de distancia también dará como resultado una leyenda común.Se muestran múltiples leyendas porque cada columna tiene un rango diferente, por lo tanto, una leyenda separada.Si solo desea deshacerse de todas las leyendas excepto una, el siguiente código ilustrará cómo hacerlo... pero no estoy seguro de que sea eso lo que desea hacer.
Names Default To Here( 1 );
dt = Open( "$SAMPLE_DATA\Drosophila Aging Distances.jmp" );
hc = Hierarchical Cluster(
Y(
:ORE_FEMALE_WK1_1,
:ORE_FEMALE_WK1_2,
:ORE_FEMALE_WK1_11,
:ORE_FEMALE_WK1_12,
:ORE_FEMALE_WK1_21,
:ORE_FEMALE_WK1_24,
:ORE_FEMALE_WK6_1,
:ORE_FEMALE_WK6_2,
:ORE_FEMALE_WK6_11,
:ORE_FEMALE_WK6_12,
:ORE_FEMALE_WK6_21,
:ORE_FEMALE_WK6_24,
:ORE_MALE_WK1_3,
:ORE_MALE_WK1_4,
:ORE_MALE_WK1_9,
:ORE_MALE_WK1_10,
:ORE_MALE_WK1_19,
:ORE_MALE_WK1_20,
:ORE_MALE_WK6_3,
:ORE_MALE_WK6_4,
:ORE_MALE_WK6_9,
:ORE_MALE_WK6_10,
:ORE_MALE_WK6_19,
:ORE_MALE_WK6_20,
:SAM_FEMALE_WK1_7,
:SAM_FEMALE_WK1_8,
:SAM_FEMALE_WK1_15,
:SAM_FEMALE_WK1_16,
:SAM_FEMALE_WK1_22,
:SAM_FEMALE_WK1_23,
:SAM_FEMALE_WK6_7,
:SAM_FEMALE_WK6_8,
:SAM_FEMALE_WK6_15,
:SAM_FEMALE_WK6_16,
:SAM_FEMALE_WK6_22,
:SAM_FEMALE_WK6_23,
:SAM_MALE_WK1_5,
:SAM_MALE_WK1_6,
:SAM_MALE_WK1_13,
:SAM_MALE_WK1_14,
:SAM_MALE_WK1_17,
:SAM_MALE_WK1_18,
:SAM_MALE_WK6_5,
:SAM_MALE_WK6_6,
:SAM_MALE_WK6_13,
:SAM_MALE_WK6_14,
:SAM_MALE_WK6_17,
:SAM_MALE_WK6_18
),
Label( :Observation ID ),
Method( "Ward" ),
Standardize Data( 1 ),
Legend( 1 ),
Dendrogram Scale( "Distance Scale" ),
Number of Clusters( 5 ),
Color Map( "Blue to Gray to Red" ),
SendToReport( Dispatch( {}, "Dendrogram", OutlineBox, {SetHorizontal( 1 )} ) )
);
For( i = 48, i > 1, i--,
Report( hc )[Table Box( i )] << delete
);
Re: Leyenda única para mapa de calor de agrupamiento jerárquicoSi eso es correcto.
Sin embargo, al anular la selección de "Estandarizar datos" se cambiará el patrón de agrupamiento y el orden de las columnas. Entonces obtendré un mapa de calor diferente que no transmite mi mensaje con claridad.
Re: Leyenda única para mapa de calor de agrupamiento jerárquicoSi anula la selección de "Estandarizar datos", la leyenda solo mostrará 1 copia.
Re: Leyenda única para mapa de calor de agrupamiento jerárquicoGracias por la respuesta.
Sin embargo, no estoy usando Cell Plot.
Como quiero un mapa de calor combinado con un dendrograma, estoy haciendo un análisis de conglomerados a través de: Alnalyze > Agrupación > Clúster jerárquico.
No existe esa opción, Escalar uniformemente, en el cuadro de diálogo de agrupación.
Re: Leyenda única para mapa de calor de agrupamiento jerárquicoSi selecciona la casilla de verificación "Escalar uniformemente" en el cuadro de diálogo Gráfico de celda, solo obtendrá una leyenda cuando la seleccione.
Re: Leyenda única para mapa de calor de agrupamiento jerárquico@Jeff_Perkinson, ¿qué muestra el gráfico inferior en el grupo anterior? No pude encontrar la explicación.
Gracias de antemano.
Re: Leyenda única para el mapa de calor de agrupamiento jerárquicoHola Chris,
Tengo una pregunta adicional. Si ya conozco los resultados del clúster, por ejemplo, utilizando otros métodos de agrupamiento.
¿Puedo generar un gráfico de conglomerados bidireccional en JMP?
Supongo que será una versión simplificada, sin divisiones de árboles en cada columna/fila, sino camiones en grupos.
¿Avísame si tienes un consejo rápido para esto?
Muchas gracias.
Saludos
carolino
