계층적 클러스터링 히트맵에 대한 단일 범례안녕,
지원에 미리 감사드립니다!
계층적 클러스터에서 '양방향 클러스터링'을 사용하여 히트맵을 만들고 있습니다. 그림에 범례를 추가하면 열당 하나의 범례가 제공됩니다. 전체 히트맵에 대해 하나의 범례(색상 코드)만 갖고 싶습니다. 이에 대한 귀하의 지도에 감사드립니다.
샤흐람
Re: 계층적 클러스터링 히트맵에 대한 단일 범례안녕하세요, 이 문제가 해결되었나요? 저도 같은 질문이 있는데 스레드에서 해결책을 찾을 수 없습니다.
건배,
안드레아스
Re: 계층적 클러스터링 히트맵에 대한 단일 범례응답해 주셔서 감사합니다. 혼란을 드려 죄송합니다. 접기 변경에 대해 귀하가 공유한 일지의 그래픽을 참조하고 있었습니다.
기본적으로 이미 표준화된 데이터가 있습니다. 데이터 표준화는 각 Y(열)에서 열 평균을 빼고 열 표준 편차로 나눕니다(아래 링크 참조).
http://www.jmp.com/support/help/13-2/Transformations_to_Y_Columns_Variables.shtml
동일한 단위로 정규화된 RNA-seq 결과를 얻었으므로 각 유전자(Y 열)에 대해 샘플당 동일한 척도(의미)를 갖기 때문에 표준화 데이터를 확실히 선택 취소하세요. 정규화된 FPKM 값도 log2로 변환된 것으로 추측됩니다. 그런 다음 척도에서 각각 양성 및 음성으로 표시되는 과대 및 과소 대표 유전자를 갖게 됩니다.
도움이 되었기를 바랍니다.
크리스.
Re: 계층적 클러스터링 히트맵에 대한 단일 범례고마워요 크리스
그래프를 만드는 데 사용되는 데이터는 RNA-seq 결과입니다. 두 개의 수평 클러스터인 두 가지 실험 조건(FG 및 SG)이 있습니다. 그리고 각각 30개의 유전자(극단적인 상향 조절 및 하향 조절)로 구성된 두 개의 주요 수직 클러스터가 있습니다. 각 세포는 한 개인/샘플의 각 유전자 발현 수준을 포함해야 합니다(여기에는 10개의 샘플이 있습니다: 5 FG + 5 SG). 세포 함량/발현은 모두 이미 정규화된 발현 수준인 FPKM에 있으며 유전자와 샘플 전체에서 비교할 수 있습니다. 그러므로 단위는 내가 추측하는 모든 셀에 대해 동일합니다. 그러나 해당 셀에 'Fold Change'를 어떻게 넣을 수 있는지 이해할 수 없습니다. 내가 아는 한 Fold Change는 두 가지를 비교하여 계산됩니다. 하나의 샘플에서 하나의 유전자 발현에 대해 Fold Change를 어떻게 계산할 수 있는지 잘 모르겠습니다.
Re: 계층적 클러스터링 히트맵에 대한 단일 범례안녕,
게시된 이 그래픽에 대한 빠른 메모를 작성합니다. 사용된 데이터는 이미 표준화되어 있으므로(접기 변경) 데이터 표준화를 꺼서 만든 것일 수 있습니다."Y"에 사용되며 이제 히트맵의 상단(또는 하단)에 있는 모든 열은 동일한 측정 단위를 가지며 동일한 의미(접기 변경)를 가지므로 직접 비교할 수 있습니다.
각 열이 동일한 단위와 측정 범위에 있는 비슷한 것이 있습니까?
크리스
Re: 계층적 클러스터링 히트맵에 대한 단일 범례여러분의 지원에 감사드립니다!
두 수치(표준화 및 비표준화)의 차이점을 확인하기 위해 두 수치를 모두 첨부했습니다.
저는 JMP 13.2.1(32비트)을 사용하고 있습니다.
제프, 그건 사실이에요. 각 범례는 각 열의 색상 코드입니다. 그래서 표준화된 수치를 원하면 전설 하나도 얻을 수 없습니다.
어쩌면 표준화되지 않은 히트맵의 범례와 함께 표준화된 히트맵을 함께 사용하는 것일 수도 있습니다. 이 경우 색상 코드의 전체 범위를 포함하는 단일 범례를 사용하여 원하는 그림을 갖게 됩니다. 전문적이지 않아 보일 수도 있지만 그게 사람들이 하는 일인 것 같아요!
감사해요.
Re: 계층적 클러스터링 히트맵에 대한 단일 범례여러분의 지원에 감사드립니다!
차이점을 확인하기 위해 두 사진(표준화 및 비표준화)을 모두 첨부했습니다.
저는 JMP 13.2.1(32비트)을 사용하고 있습니다.
제프,
각 범례는 각 열의 색상 코드라는 것이 사실입니다.
어쩌면 나는 표준화되지 않은 인물의 전설을 표준화된 인물 자체와 함께 사용하는 것일 수도 있습니다.
이 경우 원하는 그림과 모든 셀 색상을 나타내는 단일 범례를 얻습니다.
Re: 계층적 클러스터링 히트맵에 대한 단일 범례고마워요, 짐. 나는 월요일 아침 내 뇌 속에 안개가 낀 것을 비난할 것이다. 
예, 클러스터링 시작 대화 상자에서 데이터 표준화를 켜고 색상 맵과 범례를 얻으면 시리얼 데이터와 함께 이를 얻습니다.
@shnias83 , 데이터가 표준화되었기 때문에 색상이 각 열마다 다른 것을 의미하기 때문에 여러 개의 범례가 있어야 합니다. 표준화가 필요한 분석과 시각화를 제공하기 때문에 표준화가 필요하다고 말씀하셨습니다. 각 열마다 색상 값이 다르므로 어떤 범례를 사용하시겠습니까?
Re: 계층적 클러스터링 히트맵에 대한 단일 범례제프,
여러 범례를 보려면 Drosophila Aging Distances 데이터를 사용하여 위에 포함시킨 스크립트를 사용하되 여러 범례를 삭제하는 For 루프를 제거하세요.
짐
Re: 계층적 클러스터링 히트맵에 대한 단일 범례어떤 버전의 JMP를 사용하고 있나요?
당신이 얻는 여러 전설을 시각화하는 데 어려움을 겪고 있습니다.
당신이 얻는 것의 사진을 공유할 수 있습니까?
그렇지 않은 경우 샘플 데이터 세트 중 하나를 사용하여 상황을 재현할 수 있습니까( 돕다 -> 샘플 데이터 "클러스터"를 검색하시겠습니까?)
시리얼 데이터로 얻을 수 있는 것은 다음과 같습니다.
Re: 계층적 클러스터링 히트맵에 대한 단일 범례고마워요 짐
JMP를 사용한 논문의 그림을 첨부했습니다. 가능하다면 그것을 재현하고 싶습니다.
Re: 계층적 클러스터링 히트맵에 대한 단일 범례데이터를 거리 행렬로 처리하면 공통 범례가 생성됩니다.모든 열의 범위가 다르므로 별도의 범례가 표시되므로 여러 범례가 표시됩니다.하나를 제외한 모든 범례를 제거하려는 경우 아래 코드에서 그 방법을 설명합니다....그러나 그것이 당신이 원하는 것인지 잘 모르겠습니다.
Names Default To Here( 1 );
dt = Open( "$SAMPLE_DATA\Drosophila Aging Distances.jmp" );
hc = Hierarchical Cluster(
Y(
:ORE_FEMALE_WK1_1,
:ORE_FEMALE_WK1_2,
:ORE_FEMALE_WK1_11,
:ORE_FEMALE_WK1_12,
:ORE_FEMALE_WK1_21,
:ORE_FEMALE_WK1_24,
:ORE_FEMALE_WK6_1,
:ORE_FEMALE_WK6_2,
:ORE_FEMALE_WK6_11,
:ORE_FEMALE_WK6_12,
:ORE_FEMALE_WK6_21,
:ORE_FEMALE_WK6_24,
:ORE_MALE_WK1_3,
:ORE_MALE_WK1_4,
:ORE_MALE_WK1_9,
:ORE_MALE_WK1_10,
:ORE_MALE_WK1_19,
:ORE_MALE_WK1_20,
:ORE_MALE_WK6_3,
:ORE_MALE_WK6_4,
:ORE_MALE_WK6_9,
:ORE_MALE_WK6_10,
:ORE_MALE_WK6_19,
:ORE_MALE_WK6_20,
:SAM_FEMALE_WK1_7,
:SAM_FEMALE_WK1_8,
:SAM_FEMALE_WK1_15,
:SAM_FEMALE_WK1_16,
:SAM_FEMALE_WK1_22,
:SAM_FEMALE_WK1_23,
:SAM_FEMALE_WK6_7,
:SAM_FEMALE_WK6_8,
:SAM_FEMALE_WK6_15,
:SAM_FEMALE_WK6_16,
:SAM_FEMALE_WK6_22,
:SAM_FEMALE_WK6_23,
:SAM_MALE_WK1_5,
:SAM_MALE_WK1_6,
:SAM_MALE_WK1_13,
:SAM_MALE_WK1_14,
:SAM_MALE_WK1_17,
:SAM_MALE_WK1_18,
:SAM_MALE_WK6_5,
:SAM_MALE_WK6_6,
:SAM_MALE_WK6_13,
:SAM_MALE_WK6_14,
:SAM_MALE_WK6_17,
:SAM_MALE_WK6_18
),
Label( :Observation ID ),
Method( "Ward" ),
Standardize Data( 1 ),
Legend( 1 ),
Dendrogram Scale( "Distance Scale" ),
Number of Clusters( 5 ),
Color Map( "Blue to Gray to Red" ),
SendToReport( Dispatch( {}, "Dendrogram", OutlineBox, {SetHorizontal( 1 )} ) )
);
For( i = 48, i > 1, i--,
Report( hc )[Table Box( i )] << delete
);
Re: 계층적 클러스터링 히트맵에 대한 단일 범례네, 맞습니다.
그러나 '데이터 표준화'를 선택 취소하면 정리 패턴과 열 순서가 변경됩니다. 그래서 내 메시지를 명확하게 전달하지 못하는 다른 히트맵을 얻게 됩니다.
Re: 계층적 클러스터링 히트맵에 대한 단일 범례"데이터 표준화"를 선택 취소하면 범례에 1개의 사본만 표시됩니다.
Re: 계층적 클러스터링 히트맵에 대한 단일 범례답장을 보내 주셔서 감사합니다.
하지만 저는 Cell Plot을 사용하지 않습니다.
덴드로그램과 결합된 히트맵을 원하기 때문에 Alnalyze > 클러스터링 > 계층적 클러스터를 통해 클러스터 분석을 수행하고 있습니다.
클러스터링 대화 상자에는 균일하게 크기 조정이라는 옵션이 없습니다.
Re: 계층적 클러스터링 히트맵에 대한 단일 범례셀 도표 대화 상자에서 "균일하게 크기 조정" 확인란을 선택하면 해당 범례를 선택할 때 하나의 범례만 표시됩니다.
Re: 계층적 클러스터링 히트맵에 대한 단일 범례@Jeff_Perkinson 위 클러스터에서 아래쪽 그래프는 무엇을 보여줍니까? 설명을 찾을 수 없었습니다.
미리 감사드립니다.
Re: 계층적 클러스터링 히트 맵에 대한 단일 범례안녕 크리스,
후속 질문이 있습니다. 다른 클러스터링 방법을 사용하여 클러스터 결과를 이미 알고 있다면요.
JMP에서 양방향 클러스터 플롯을 생성할 수 있나요?
각 열/행에 대한 트리 구분이 없고, 대신 트럭을 클러스터로 나누어 단순화된 버전이 될 것 같습니다.
이에 대해 간단한 조언이 있다면 알려주시겠어요?
정말 고맙습니다.
문안 인사
여자 이름
