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Einzelne Legende für die hierarchische Clustering-Heatmap

Hallo,

Vielen Dank im Voraus für die Unterstützung!

 

Ich erstelle eine Heatmap mit „Zwei-Wege-Clustering“ im hierarchischen Cluster. Wenn ich der Abbildung die Legende hinzufüge, erhalte ich eine Legende pro Spalte. Ich möchte nur eine Legende (Farbcode) für die gesamte Heatmap haben. Ich schätze Ihre Hinweise dazu.

Shahram

Betreff: Einzelne Legende für hierarchische Cluster-Heatmap

Hallo, wurde das gelöst? Ich habe die gleiche Frage und konnte im Thread keine Lösung finden.

Prost,

Andreas

Betreff: Einzelne Legende für hierarchische Cluster-Heatmap

Danke für die Antwort. Entschuldigen Sie die Verwirrung, ich beziehe mich auf die Grafik aus dem Tagebuch, das Sie bezüglich der Fold-Änderungen geteilt haben.

 

Sie verfügen im Wesentlichen bereits über standardisierte Daten. Standardize Data nimmt jedes Y (Spalte) und subtrahiert den Spaltenmittelwert und dividiert durch die Spaltenstandardabweichung (siehe Link unten).

 

http://www.jmp.com/support/help/13-2/Transformations_to_Y_Columns_Variables.shtml

 

Da Sie die RNA-seq-Ergebnisse in denselben Einheiten normalisiert haben, deaktivieren Sie auf jeden Fall die Option „Daten standardisieren“, da sie alle die gleiche Skala (Bedeutung) pro Probe und für jedes Gen haben (Y-Spalte). Ich vermute, dass die normalisierten FPKM-Werte auch log2-transformiert sind? Sie hätten dann auf der Skala über- und unterrepräsentierte Gene als positiv bzw. negativ angezeigt

 

Ich hoffe das hilft.

 

Chris.

Betreff: Einzelne Legende für hierarchische Cluster-Heatmap

Danke Chris

Bei den Daten, die zur Erstellung der Diagramme verwendet werden, handelt es sich um RNA-seq-Ergebnisse. Es gibt zwei experimentelle Bedingungen (FG und SG), die die beiden horizontalen Cluster darstellen. Und es gibt zwei vertikale Hauptcluster, die jeweils aus 30 Genen bestehen (extrem hoch- und herunterreguliert). Jede Zelle sollte das Expressionsniveau jedes Gens in einem Individuum/einer Probe enthalten (hier gibt es 10 Proben: 5 FG + 5 SG). Der Zellinhalt/die Zellexpression liegen alle in FPKM vor, was bereits ein normalisiertes Expressionsniveau darstellt und über Gene und Proben hinweg verglichen werden kann. Daher ist die Einheit meiner Meinung nach für alle Zellen gleich. Allerdings verstehe ich nicht, wie wir die „Fold Change“ in diese Zellen einfügen können. Soweit ich weiß, wird Fold Change durch den Vergleich zweier Dinge berechnet. Ich bin mir nicht sicher, wie Fold Change für die Expression EINES Gens in EINER Probe berechnet werden kann.

Betreff: Einzelne Legende für hierarchische Cluster-Heatmap

Hallo,

 

Um eine kurze Anmerkung zu dieser geposteten Grafik zu machen. Die verwendeten Daten sind bereits standardisiert (fache Änderung) und wurden daher wahrscheinlich durch Deaktivieren der Option „Daten standardisieren“ erstellt.Alle für „Y“ verwendeten Spalten, die sich jetzt oben (oder unten) in der Heatmap befinden, haben die gleichen Maßeinheiten und bedeuten dasselbe (Faltungsänderung), sodass sie direkt vergleichbar sind.

 

Haben Sie etwas Ähnliches, bei dem jede Spalte die gleichen Einheiten und den gleichen Maßbereich hat?

 

Chris

Betreff: Einzelne Legende für hierarchische Cluster-Heatmap

Danke Jungs für eure Unterstützung!

Ich habe beide Abbildungen (standardisiert und nicht standardisiert) beigefügt, um die Unterschiede zwischen ihnen zu sehen.

Ich verwende JMP 13.2.1 (32-Bit).

 

Jeff, das stimmt. Jede Legende ist ein Farbcode für jede Spalte. Wenn ich also eine standardisierte Abbildung möchte, kann ich keine einzige Legende bekommen.

Vielleicht verwende ich einfach die standardisierte Heatmap mit der Legende der nicht standardisierten Heatmap zusammen. In diesem Fall erhalte ich die gewünschte Figur mit einer einzigen Legende, die den gesamten Bereich der Farbcodes enthält. Es sieht vielleicht nicht professionell aus, aber ich denke, das ist es, was die Leute tun!

Danke.

 

 

Betreff: Einzelne Legende für hierarchische Cluster-Heatmap

Danke Jungs für eure Unterstützung!

Ich habe beide Bilder (standardisiert und nicht standardisiert) angehängt, um die Unterschiede zu sehen.

Ich verwende JMP 13.2.1 (32-Bit).

Jeff,

Das stimmt, jede Legende ist ein Farbcode für jede Spalte, was Sinn macht.

Vielleicht verwende ich einfach die Legende der nicht standardisierten Figur mit der Figur selbst aus der standardisierten Figur zusammen.

In diesem Fall erhalte ich die gewünschte Zahl sowie eine einzelne Legende, die alle Zellenfarben angibt.

 

Betreff: Einzelne Legende für hierarchische Cluster-Heatmap

Danke, Jim. Ich werde das dem Montagmorgennebel in meinem Gehirn zuschreiben. Ja, wenn ich im Clustering-Startdialog die Option „Daten standardisieren“ aktiviere und eine Farbkarte und eine Legende erhalte, erhalte ich diese mit den Getreidedaten.

 

@shnias83 Beachten Sie, dass ich mehrere Legenden haben muss, da die Farben für jede Spalte unterschiedliche Bedeutungen haben, da die Daten standardisiert wurden. Sie sagten, dass Sie die Standardisierung wünschen, weil sie Ihnen die Analyse und Visualisierung ermöglicht, die Sie benötigen. Welche Legende würden Sie verwenden, da die Farben für jede Spalte unterschiedliche Werte haben?

 

 

Betreff: Einzelne Legende für hierarchische Cluster-Heatmap

Jeff,

Um die mehreren Legenden anzuzeigen, nehmen Sie das oben eingefügte Skript und verwenden Sie dabei die Daten zu den Drosophila-Alterungsabständen. Entfernen Sie jedoch die For-Schleife, die die mehreren Legenden löscht.

 

JIm

Betreff: Einzelne Legende für hierarchische Cluster-Heatmap

Welche JMP-Version verwenden Sie?

 

Es fällt mir schwer, mir die vielen Legenden vorzustellen, die Sie erhalten.

 

Können Sie ein Bild von dem teilen, was Sie bekommen?

 

Wenn nicht, können Sie die Situation mit einem der Beispieldatensätze reproduzieren ( Helfen -> Beispieldaten und suchen Sie nach „Cluster“)?

 

Hier ist, was ich mit den Getreidedaten erreichen kann.

 

 

Betreff: Einzelne Legende für hierarchische Cluster-Heatmap

Danke Jim

 

Ich habe eine Abbildung aus einer Arbeit beigefügt, in der JMP verwendet wurde. Ich möchte das nach Möglichkeit wiederholen.

Betreff: Einzelne Legende für hierarchische Cluster-Heatmap

Wenn Sie Ihre Daten als Distanzmatrix behandeln, erhalten Sie auch eine gemeinsame Legende.Es werden mehrere Legenden angezeigt, da jede Spalte einen anderen Bereich und somit eine eigene Legende hat.Wenn Sie nur alle Legenden bis auf eine entfernen möchten, veranschaulicht der folgende Code, wie das geht ... Ich bin mir jedoch nicht sicher, ob Sie das tun möchten.

Names Default To Here( 1 );
dt = Open( "$SAMPLE_DATA\Drosophila Aging Distances.jmp" );

hc = Hierarchical Cluster(
 Y(
  :ORE_FEMALE_WK1_1,
  :ORE_FEMALE_WK1_2,
  :ORE_FEMALE_WK1_11,
  :ORE_FEMALE_WK1_12,
  :ORE_FEMALE_WK1_21,
  :ORE_FEMALE_WK1_24,
  :ORE_FEMALE_WK6_1,
  :ORE_FEMALE_WK6_2,
  :ORE_FEMALE_WK6_11,
  :ORE_FEMALE_WK6_12,
  :ORE_FEMALE_WK6_21,
  :ORE_FEMALE_WK6_24,
  :ORE_MALE_WK1_3,
  :ORE_MALE_WK1_4,
  :ORE_MALE_WK1_9,
  :ORE_MALE_WK1_10,
  :ORE_MALE_WK1_19,
  :ORE_MALE_WK1_20,
  :ORE_MALE_WK6_3,
  :ORE_MALE_WK6_4,
  :ORE_MALE_WK6_9,
  :ORE_MALE_WK6_10,
  :ORE_MALE_WK6_19,
  :ORE_MALE_WK6_20,
  :SAM_FEMALE_WK1_7,
  :SAM_FEMALE_WK1_8,
  :SAM_FEMALE_WK1_15,
  :SAM_FEMALE_WK1_16,
  :SAM_FEMALE_WK1_22,
  :SAM_FEMALE_WK1_23,
  :SAM_FEMALE_WK6_7,
  :SAM_FEMALE_WK6_8,
  :SAM_FEMALE_WK6_15,
  :SAM_FEMALE_WK6_16,
  :SAM_FEMALE_WK6_22,
  :SAM_FEMALE_WK6_23,
  :SAM_MALE_WK1_5,
  :SAM_MALE_WK1_6,
  :SAM_MALE_WK1_13,
  :SAM_MALE_WK1_14,
  :SAM_MALE_WK1_17,
  :SAM_MALE_WK1_18,
  :SAM_MALE_WK6_5,
  :SAM_MALE_WK6_6,
  :SAM_MALE_WK6_13,
  :SAM_MALE_WK6_14,
  :SAM_MALE_WK6_17,
  :SAM_MALE_WK6_18
 ),
 Label( :Observation ID ),
 Method( "Ward" ),
 Standardize Data( 1 ),
 Legend( 1 ),
 Dendrogram Scale( "Distance Scale" ),
 Number of Clusters( 5 ),
 Color Map( "Blue to Gray to Red" ),
 SendToReport( Dispatch( {}, "Dendrogram", OutlineBox, {SetHorizontal( 1 )} ) )
);


For( i = 48, i > 1, i--,
 Report( hc )[Table Box( i )] << delete
);

Betreff: Einzelne Legende für hierarchische Cluster-Heatmap

Ja das ist richtig.

Wenn Sie jedoch die Option „Daten standardisieren“ deaktivieren, ändert sich das Übersichtsmuster und die Spaltenreihenfolge. Daher erhalte ich eine andere Heatmap, die meine Botschaft nicht klar wiedergibt.

Betreff: Einzelne Legende für hierarchische Cluster-Heatmap

Wenn Sie die Option „Daten standardisieren“ deaktivieren, wird in der Legende nur eine Kopie angezeigt

Betreff: Einzelne Legende für hierarchische Cluster-Heatmap

Danke für die Antwort.

Ich verwende Cell Plot allerdings nicht.

Da ich eine Heatmap in Kombination mit einem Dendrogramm möchte, führe ich eine Clusteranalyse durch: Alnalyze > Clustering > Hierarchischer Cluster.

Im Clustering-Dialogfeld gibt es die Option „Gleichmäßig skalieren“ nicht.

Betreff: Einzelne Legende für hierarchische Cluster-Heatmap

Wenn Sie im Dialogfeld „Zellendiagramm“ das Kontrollkästchen „Gleichmäßig skalieren“ aktivieren, wird bei der Auswahl nur eine Legende angezeigt.

Betreff: Einzelne Legende für die Heatmap mit hierarchischem Clustering

@Jeff_Perkinson, was zeigt die untere Grafik im obigen Cluster? Ich konnte die Erklärung nicht finden.

Dank im Voraus.

Betreff: Einzelne Legende für die Heatmap mit hierarchischem Clustering

hallo Chris,

Ich habe noch eine Anschlussfrage. Kenne ich die Clusterergebnisse bereits, beispielsweise durch die Verwendung anderer Clustering-Methoden?

Kann ich in JMP ein zweiseitiges Clusterdiagramm erstellen?

Ich schätze, es wird eine vereinfachte Version sein, ohne dass die Bäume in die einzelnen Spalten/Zeilen unterteilt werden, sondern eher in Cluster.

Sagen Sie mir Bescheid, wenn Sie hierzu einen kurzen Rat haben.

Vielen Dank.

Grüße

Caroline