層次聚類熱圖的單一圖例你好，
預先感謝您的支持！
我正在分層集群中使用“雙向集群”製作熱圖。 當我將圖例新增到圖中時，它會為我每列提供一個圖例。 我希望整個熱圖只有一個圖例（顏色代碼）。 我很感謝你對此的指導。
沙赫拉姆
回覆：層次聚類熱圖的單一圖例你好，這個問題解決了嗎？ 我有同樣的問題，但在帖子中找不到解決方案。
乾杯，
安德烈亞斯
回覆：層次聚類熱圖的單一圖例感謝您的回覆。 抱歉造成混淆，我指的是您分享的期刊中的折疊變化圖表。
您基本上已經有了標準化數據。 標準化資料採用每個 Y（列）並減去列平均值並除以列標準差（請參閱下面的連結）。
http://www.jmp.com/support/help/13-2/Transformations_to_Y_Columns_Variables.shtml
由於您已將 RNA-seq 結果標準化為相同的單位，因此請務必取消選取標準化數據，因為它們對於每個基因（Y 列）的每個樣本具有相同的尺度（含義）。 我猜標準化 FPKM 值也經過 log2 轉換？ 然後，您將在量表上分別顯示過度和不足代表的基因為陽性和陰性
我希望這有幫助。
克里斯。
回覆：層次聚類熱圖的單一圖例謝謝克里斯
用於製作圖表的數據是 RNA-seq 結果。 有兩個實驗條件（FG 和 SG），即兩個水平簇。 有兩個主要的垂直簇，每個簇由 30 個基因組成（極度上調和下調）。 每個細胞應包含一個個體/樣本中每個基因的表達量（這裡有 10 個樣本：5 FG + 5 SG）。 細胞內容/表達均在 FPKM 中，這已經是標準化的表達水平，可以跨基因和樣本進行比較。 因此，我猜所有單元格的單位都是相同的。 但是，我不明白我們如何將“折疊更改”放入這些單元格中。 據我所知，倍數變化是透過比較兩個事物來計算的。 我不確定如何計算一個樣本中一個基因表現的倍數變化。
回覆：層次聚類熱圖的單一圖例你好，
快速記錄一下發布的這張圖片。 使用的數據已經標準化（倍數變化），因此可能是透過關閉標準化數據來製作的。用於“Y”並且現在位於熱圖頂部（或底部）的所有列都具有相同的測量單位並表示相同的事物（倍數變化），因此它們可以直接比較。
您是否有類似的東西，其中每列都具有相同的單位和測量範圍？
克里斯
回覆：層次聚類熱圖的單一圖例感謝大家的支持！
我附上了兩個數字（標準化和非標準化）以查看它們之間的差異。
我使用的是 JMP 13.2.1（32 位元）。
傑夫，確實如此。 每個圖例是每列的顏色代碼。 所以如果我想要一個標準化的數字，我就無法得到一個圖例。
也許，我只是將標準化熱圖與非標準化熱圖的圖例一起使用。 在這種情況下，我將得到我想要的單一圖例的圖形，其中包含顏色代碼的整個範圍。 雖然這可能看起來不專業，但我認為這就是人們所做的！
謝謝。
回覆：層次聚類熱圖的單一圖例感謝大家的支持！
我附上了兩張圖片（標準化和非標準化）以查看差異。
我使用的是 JMP 13.2.1（32 位元）。
傑夫，
確實，每個圖例都是每列的有意義的顏色代碼。
也許我只是將非標準化圖形的圖例與標準化圖形本身一起使用。
在這種情況下，我得到了我想要的圖形以及一個指示所有單元格顏色的圖例。
回覆：層次聚類熱圖的單一圖例謝謝，吉姆。 我會把這歸咎於週一早上我腦中的迷霧。 
是的，如果我在“聚類”啟動對話框中打開“標準化數據”並獲得顏色圖和圖例，那麼我會通過穀物數據獲得此資訊。
@shnias83 ，請注意，我必須有多個圖例，因為每列的顏色意味著不同的內容，因為數據已經標準化。 您說您想要標準化，因為它為您提供了所需的分析和視覺化。 由於每列的顏色具有不同的值，您會使用什麼圖例？
回覆：層次聚類熱圖的單一圖例傑夫，
要查看多個圖例，請使用我上麵包含的腳本，使用果蠅老化距離數據，但刪除刪除多個圖例的 For 循環。
吉姆
回覆：層次聚類熱圖的單一圖例您使用什麼版本的 JMP？
我很難想像你得到的多個圖例。
你能分享一張你得到的東西的圖片嗎？
如果沒有，您能否使用範例資料集之一重現這種情況（幫助->樣本數據並蒐索“集群”）？
這是我可以從穀物數據中獲得的資訊。
回覆：層次聚類熱圖的單一圖例謝謝吉姆
我附上了一張使用 JMP 的論文中的圖。 如果可能的話，我想複製這一點。
回覆：層次聚類熱圖的單一圖例將資料處理為距離矩陣，也會產生常見的圖例。正在顯示多個圖例，因為每列都有不同的範圍，因此有一個單獨的圖例。如果您只想刪除除一個之外的所有圖例，下面的程式碼將說明如何做到這一點......但我不確定這就是您想要做的。
Names Default To Here( 1 );
dt = Open( "$SAMPLE_DATA\Drosophila Aging Distances.jmp" );
hc = Hierarchical Cluster(
Y(
:ORE_FEMALE_WK1_1,
:ORE_FEMALE_WK1_2,
:ORE_FEMALE_WK1_11,
:ORE_FEMALE_WK1_12,
:ORE_FEMALE_WK1_21,
:ORE_FEMALE_WK1_24,
:ORE_FEMALE_WK6_1,
:ORE_FEMALE_WK6_2,
:ORE_FEMALE_WK6_11,
:ORE_FEMALE_WK6_12,
:ORE_FEMALE_WK6_21,
:ORE_FEMALE_WK6_24,
:ORE_MALE_WK1_3,
:ORE_MALE_WK1_4,
:ORE_MALE_WK1_9,
:ORE_MALE_WK1_10,
:ORE_MALE_WK1_19,
:ORE_MALE_WK1_20,
:ORE_MALE_WK6_3,
:ORE_MALE_WK6_4,
:ORE_MALE_WK6_9,
:ORE_MALE_WK6_10,
:ORE_MALE_WK6_19,
:ORE_MALE_WK6_20,
:SAM_FEMALE_WK1_7,
:SAM_FEMALE_WK1_8,
:SAM_FEMALE_WK1_15,
:SAM_FEMALE_WK1_16,
:SAM_FEMALE_WK1_22,
:SAM_FEMALE_WK1_23,
:SAM_FEMALE_WK6_7,
:SAM_FEMALE_WK6_8,
:SAM_FEMALE_WK6_15,
:SAM_FEMALE_WK6_16,
:SAM_FEMALE_WK6_22,
:SAM_FEMALE_WK6_23,
:SAM_MALE_WK1_5,
:SAM_MALE_WK1_6,
:SAM_MALE_WK1_13,
:SAM_MALE_WK1_14,
:SAM_MALE_WK1_17,
:SAM_MALE_WK1_18,
:SAM_MALE_WK6_5,
:SAM_MALE_WK6_6,
:SAM_MALE_WK6_13,
:SAM_MALE_WK6_14,
:SAM_MALE_WK6_17,
:SAM_MALE_WK6_18
),
Label( :Observation ID ),
Method( "Ward" ),
Standardize Data( 1 ),
Legend( 1 ),
Dendrogram Scale( "Distance Scale" ),
Number of Clusters( 5 ),
Color Map( "Blue to Gray to Red" ),
SendToReport( Dispatch( {}, "Dendrogram", OutlineBox, {SetHorizontal( 1 )} ) )
);
For( i = 48, i > 1, i--,
Report( hc )[Table Box( i )] << delete
);
回覆：層次聚類熱圖的單一圖例對，那是正確的。
但是，取消選擇“標準化資料”將更改混亂模式和列順序。 所以我會得到一個不同的熱圖，它不能清楚地傳達我的訊息。
回覆：層次聚類熱圖的單一圖例如果取消選擇“標準化資料”，圖例將僅顯示 1 個副本
回覆：層次聚類熱圖的單一圖例謝謝回覆。
不過我沒有使用單元格圖。
由於我想要與樹狀圖結合的熱圖，因此我透過以下方式進行聚類分析：Alnalyze > Clustering > Hierarchical cluster。
聚類對話框中沒有「均勻縮放」這樣的選項。
回覆：層次聚類熱圖的單一圖例如果在「儲存格圖」對話框中選取「均勻縮放」複選框，則選取它時只會得到一個圖例。
回覆：層次聚類熱圖的單一圖例@Jeff_Perkinson下圖在上面的群集中顯示了什麼。我找不到解釋。
提前致謝。
回覆：層次聚類熱圖的單一圖例嗨克里斯，
我有一個後續問題。如果我已經知道聚類結果，例如使用其他聚類方法。
我可以在 JMP 中產生雙向聚類圖嗎？
我想這將是一個簡化的版本，沒有樹對每列/行的破壞，而是卡車成簇。
如果您對此有什麼快速建議，請告訴我？
非常感謝。
問候
卡洛琳
