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Ajustar modelo proporcional para múltiples genes / columna a la vez

Hola
Me gustaría saber si hay una manera de hacer un guión para devolver las razones de riesgo y los valores de p para varias columnas / genes a la vez.

Quiero decir que tengo un archivo con varias columnas (genes) y varias filas (pacientes). Tengo que analizar 100 genes para los que tengo los valores de expresión categorizados como UP- o DOWN- regulados y quiero obtener los Ratios de Riesgo para todos ellos a la vez, sin tener que seleccionar un gen diferente cada vez en el cuadro de diálogo. Utilizo el editor de scripts, pero no puedo automatizar esta función para cada columna que deseo.

Re: Fit proportional Model for multiple genes/column at once

No Clue? Even with a script in R?

Re: Fit proportional Model for multiple genes/column at once

HI @Confa ,

 

Since the genes are responses, you would put all of them into the Y section of Fit Model. You do not have to put them one at a time. Select them all in the Select Columns section can drag and drop them into Y.

 

Is that what you were looking for?

 

Chris

Re: Ajuste del modelo proporcional para múltiples genes / columna a la vez

Hola Chris, en realidad no.
Tengo que calcular los cocientes de riesgo (muerte y tiempo hasta la muerte) para más de 150 genes (regulado por incremento y por defecto), usando el modo de riesgo de proporción proporcional, no el ajuste XY.

Aquí está la plataforma. Normalmente, si coloca un "gen" o variable en el cuadro, obtendrá el RR para ese gen. Si coloca varios genes o variables, obtendrá un modelo multivariable, no el RR único para cada variable separada.

Re: Ajuste del modelo proporcional para múltiples genes / columna a la vez

HI @Confa ,

 

Try Stacking all 150 genes. You will have two new columns. Something like Gene Name and Direction. Then use the By field to put the gene name in there and then the direction in teh Model Effects section. You will get a single fit for each gene.

 

Chris