Adatta il modello proporzionale per più geni / colonne contemporaneamenteCiao
Vorrei sapere se esiste un modo per creare uno script per restituire rapporti di rischio e valori p per più colonne / geni contemporaneamente.
Voglio dire che ho un file con più colonne (geni) e più righe (pazienti). Devo analizzare 100 geni per i quali ho i valori di espressione classificati come UP- o DOWN- regolati e voglio ottenere i rapporti di rischio per tutti loro in una sola volta, senza dover selezionare un gene diverso ogni volta nella finestra di dialogo. Io uso l'editor di script, ma non sono in grado di automatizzare questa funzione per ogni colonna che voglio.
Re: Fit proportional Model for multiple genes/column at onceNo Clue? Even with a script in R?
Re: Fit proportional Model for multiple genes/column at onceHI @Confa ,
Since the genes are responses, you would put all of them into the Y section of Fit Model. You do not have to put them one at a time. Select them all in the Select Columns section can drag and drop them into Y.
Is that what you were looking for?
Chris
Ri: Adatta il modello proporzionale per più geni / colonne contemporaneamenteCiao Chris, non proprio.
Devo calcolare i rapporti di rischio (morte e tempo morto) per più di 150 geni (sovraregolati e downregolati), usando la modalità Rischio Proportiona Fit, non la Fit XY.
Ecco la piattaforma. Normalmente se metti un "gene" o una variabile nella scatola otterrai la RR per quel gene. Se inserisci più geni o variabili otterrai un modello multivariabile, non il singolo RR per ogni variabile separata.
Ri: Adatta il modello proporzionale per più geni / colonne contemporaneamenteHI @Confa ,
Try Stacking all 150 genes. You will have two new columns. Something like Gene Name and Direction. Then use the By field to put the gene name in there and then the direction in teh Model Effects section. You will get a single fit for each gene.
Chris
