Ajuster le modèle proportionnel pour plusieurs gènes / colonne à la foissalut
Je voudrais savoir s’il existe un moyen de créer un script permettant de restituer les ratios de risque et les valeurs p de plusieurs colonnes / gènes à la fois.
Je veux dire que j'ai un fichier avec plusieurs colonnes (gènes) et plusieurs lignes (patients). Je dois analyser 100 gènes dont les valeurs d'expression sont classées comme étant régulées par UP ou DOWN et je veux obtenir les ratios de risque pour tous en même temps, sans avoir à sélectionner un gène différent à chaque fois dans la boîte de dialogue. J'utilise l'éditeur de script, mais je ne parviens pas à automatiser cette fonction pour chaque colonne de mon choix.
Re: Fit proportional Model for multiple genes/column at onceNo Clue? Even with a script in R?
Re: Fit proportional Model for multiple genes/column at onceHI @Confa ,
Since the genes are responses, you would put all of them into the Y section of Fit Model. You do not have to put them one at a time. Select them all in the Select Columns section can drag and drop them into Y.
Is that what you were looking for?
Chris
Re: Fit modèle proportionnel pour plusieurs gènes / colonne à la foisSalut Chris, pas vraiment.
Je dois calculer les ratios de risque (décès et délai de décès) pour plus de 150 gènes (régulés positivement ou négativement), en utilisant le mode Fit Proportiona Hazard et non le Fit XY.
Voici la plate-forme. Normalement, si vous mettez un "gène" ou une variable dans la case, vous obtiendrez le RR pour ce gène. Si vous mettez plusieurs gènes ou variable, vous obtiendrez un modèle multivariable, et non le RR unique pour chaque variable séparée.
Re: Fit modèle proportionnel pour plusieurs gènes / colonne à la foisHI @Confa ,
Try Stacking all 150 genes. You will have two new columns. Something like Gene Name and Direction. Then use the By field to put the gene name in there and then the direction in teh Model Effects section. You will get a single fit for each gene.
Chris
