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Passen Sie das proportionale Modell für mehrere Gene / Spalte gleichzeitig an

Hallo
Ich würde gerne wissen, ob es eine Möglichkeit gibt, ein Skript für die Rückgabe von Risikokennzahlen und p-Werten für mehrere Spalten / Gene gleichzeitig zu erstellen.

Ich meine, ich habe eine Datei mit mehreren Spalten (Genen) und mehreren Zeilen (Patienten). Ich muss 100 Gene analysieren, für die ich die Expressionswerte als UP- oder DOWN-reguliert kategorisiert habe, und ich möchte die Risikokennzahlen für alle auf einmal erhalten, ohne jedes Mal ein anderes Gen im Dialogfeld auswählen zu müssen. Ich verwende den Skripteditor, kann diese Funktion jedoch nicht für jede gewünschte Spalte automatisieren.

Re: Fit proportional Model for multiple genes/column at once

No Clue? Even with a script in R?

Re: Fit proportional Model for multiple genes/column at once

HI @Confa ,

 

Since the genes are responses, you would put all of them into the Y section of Fit Model. You do not have to put them one at a time. Select them all in the Select Columns section can drag and drop them into Y.

 

Is that what you were looking for?

 

Chris

Re: Passen Sie das proportionale Modell für mehrere Gene / Spalte gleichzeitig an

Hallo Chris, nicht wirklich.
Ich muss die Risikokennzahlen (Tod und Zeit bis zum Tod) für mehr als 150 Gene (hochreguliert vs. herunterreguliert) berechnen, wobei ich den Fit Proportiona-Gefahrenmodus und nicht den Fit XY-Modus nehme.

Hier ist die Plattform. Wenn Sie normalerweise ein "Gen" oder eine Variable in das Feld einfügen, erhalten Sie die RR für dieses Gen. Wenn Sie mehrere Gene oder Variablen einsetzen, erhalten Sie ein Modell mit mehreren Variablen, nicht das einzelne RR für jede getrennte Variable.

Re: Passen Sie das proportionale Modell für mehrere Gene / Spalte gleichzeitig an

HI @Confa ,

 

Try Stacking all 150 genes. You will have two new columns. Something like Gene Name and Direction. Then use the By field to put the gene name in there and then the direction in teh Model Effects section. You will get a single fit for each gene.

 

Chris