昨年夏の1週間の間に、JMP GenomicsでEIGENSTRATメソッドを実装するための3つの別々の要求がありました。偶然にも、私たちの大学院生のインターンは、無作為ではあるが縁起の良いトピック「遺伝的関連分析における集団構造の統計的調整法」についての予備博士論文試験の論文を完成させたところです。
ゲノム制御の方法（Devlin and Roeder、1999）は、現在、母集団構造のArmitage傾向検定を調整するためのソフトウェアで利用可能であり、EIGENSTRATは、特定の状況で力を増すため、含める価値のある選択肢と思われました。すべての興味を考えれば、JMP Genomicsでこのメソッドを実装することを余儀なくされています。また、JMP Genomicsの主成分分析プロセスで固有ベクトルを計算するためのコードがすでに用意されているので、作業の半分は完了です。
難しい部分は、ゲノムワイド関連解析から、500Kから100万個（以上）のSNPのそれぞれについて回帰係数をタイムリーに計算する最良の方法を考え出すことでした。最終的に、この場合REGプロセスよりもスピードが速いため、SASプロシージャーIMLがこの計算に使用されました。結果として得られた人口層別化プロセスのPCAは、JMP Genomics 3.1でデビューしました。
